人們常將赫胥黎與威爾伯福斯之間在英國協會組辦的牛津會議上的爭論看成是達爾文主義與宗教之間的衝突。迪斯累里著名的評論給了將人看成是猿或將人看成天使的人一個機會，他提出的「與天使同在一邊」這一看法點到了保守思想最恐懼的要害之處。流行書刊中大量的卡通畫使人們認識到，將人僅僅看成是一種改善的猿，有嚴重的不協調。然而應該從更廣的角度來看待由於人的進化起源觀所帶來的問題。大多數人最終接受了進化論和人類是進化來的觀點。單純這個問題還不是進化論造成的，因為心理學家也傾向於從唯物論的角度來解釋腦的功能（Young，1970a）。這時確定人類在自然中的地位已經成了中心的工作（Yo ung，1973）。探討人類是什麼自然系統中的產物這個問題比以往更令人關注。確切地說，導致生命發展的法則是如何運作的？這樣的法則能使人們有希望看到人類的心靈是自然活動的必然目的嗎？將進化論與傳統的神學和上帝設計的概念結合起來，成了那些試圖接受達爾文理論的宗教思想家的主要目的。
對於今天復活了《聖經》原教旨主義的世界看來，令人奇怪的是，那時很少有人因為達爾文主義向《聖經·創世紀》中的創世故事發出了挑戰而反對這個理論。19世紀初期地質學和古生物學中的大爭論，已經使幾乎所有人都相信必要從宗教的角度來理解《創世紀》，這樣才能去設想地球以及地球上的生物已經經歷了很長時間的變化。自然論的科學所帶來的挑戰遠比這深刻得多，並導致19世紀的思想向著更加世俗化的方向發展（Young，1970b；又見Mandelbaum，1971；Chadwick，1975）。達爾文主義恰好在一個微妙的時刻引起了爭論，當時維多利亞時代的教會正面臨著大量的內部問題（Chadwick，1966；Symondson，1970）。福音教運動要求回到心的宗教，而牛津運動在約翰·亨利·紐曼的領導下，則關注古代的傳統，至少是要恢複羅馬的傳統。更令人煩心的是，D.F.斯特勞斯的《耶酥傳》1845年英譯本激起了「高層批評」。許多人發現，出路在於將《聖經》視為歷史文獻，而不是視為引起爭論的上帝的話語。當《論述與評論》在1860年發表了英國人按照這種思路的一些觀點時，激起了激烈的爭論（Willy，1956；Brod MacLeod，1976）。從當時就神學教科書中關於神的起源是否保證了一定的有關精神真理的知識能夠當作真理接受的爭論中，達爾文主義獲得收益。
從最極端的角度看，對於傳統思想的挑戰，並不是由於達爾文理論的細節，而是一種更廣義的世界觀，甚至一些更激進的思想家也接受了這種世界觀。達爾文主義成了一種新的價值觀的標誌，這種價值觀更多的是來自赫伯特·斯賓塞的進化哲學。人們將普遍的進步看作自然法則機械運作的必然結果。人是進化過程的產物，而且由於缺乏道德價值的任何轉變根源，人不得不創立一種在自然本身引導下的新倫理（Greene，1981）。科學的力量在產生出一種關於宇宙的完整解釋方面信心的增強是這種新唯物論的重要組成部分，約翰·廷德耳在他1874年的「貝爾法斯特演說」中表達了這種看法（重印於Tyndall，1902）。當然，儘管達爾文的一些緊密追隨者不願意接受這種唯物論的綱領，但是達爾文式進化對於增強這種信心起到了一定的作用。科學家像許多其他的思想家一樣，通常發現，如果完全拓展進化的自然論，就會給生活帶來麻煩（Turner，1974）。例如，華萊士後來就相信人類進化的最後階段是在超自然力量的指導下進行的，而赫胥黎最後則成了進化倫理學的激烈批評者。
並非所有的科學家都贊同這種新唯物論，這一事實讓我們認識到，在研究達爾文主義與宗教的關係時，需要採取一種靈活的態度。這種複雜的情況常常被來自科學和宗教兩個方面的狂熱者弄模糊了，他們堅持認為科學與宗教一定要發生衝突。的確有一個激進的唯物論團體試圖充分探討達爾文主義的反宗教含義，不過這是一種極端的立場，它並不代表許多科學家和神學家的觀點（Greene，1961；Moore，1979；Durant，1985）。就如同生物學家願意接受的自然論世界觀不同一樣，神學家願意融合到他們思想中的進化論程度也不一樣。只有為數不多的人頑固地堅持不與一種新理論妥協。由於相信神奇力量創造出的物種是絕對固定不變的，因此他們堅持存在只有人的心靈可以感知的神定真理這個傳統的觀念。少數極端保守的生物學家，包括路易斯·阿加西和J.W.道森，一直在堅持這種觀點（OBrien，1971；ell，1983）。矛盾的是，少數虔誠的開爾文教人士卻願意完全採納達爾文的理論，包括自然選擇學說（Moore，1979）。對他們來說，一種其含義可能令人困惑的理論——認為在法則的嚴格作用下，並不確保進步——可以與基督教的人是墮落的生物、其救贖要依靠世界之外力量的觀點相吻合。
多數科學家和神學家試圖找到一條中間道路，他們修改了達爾文主義的結構，這樣就可以將進化看成是本質上進步的過程。達爾文自己的理論起源於佩利和馬爾薩斯的功利主義神學，按照這種神學，即使是罪惡也是以符合上帝設計的方式對最後的善有所幫助的。這時，達爾文本人發現，很難將自然選擇與上帝設計的觀點協調起來，而多數人則發現，自然選擇的機制太殘酷，也太自私，無法將其視為仁慈的上帝造物時所選擇的方式。只有在選擇被能夠體現造物主意圖的進步所取代的情況下，進化才能被接受為造物的機制。在早期關於《物種起源》的爭論中，許多科學家和神學家選擇了一種妥協的立場，認為在某些超自然力量的引導下，導致了向著適應和進步的進化。然而，這種有神論的進化概念對科學並不利，因為這種概念依然妨礙著生物學家對於自然現象作出完全自然的解釋。
在19世紀，隨著時間的推移，人們越來越將拉馬克的獲得性遺傳機製作為解決這個問題的方法，按照獲得性遺傳的觀點，個體動物的選擇可以決定整個物種的適應目標。對於許多宗教思想家來說，一種由生命指導其自己發展方向的普遍進化系統，似乎是拯救上帝設計論點的最好方式。這種浪漫主義的進化觀被稱作「達爾文主義論」，以區別密切追隨自然選擇精神的「達爾文主義」（Peckham，1959）。達爾文的名字的確常常與任何形式的進化論聯繫在一起，但是進化論這個詞的內涵太含混，多數採納拉馬克主義觀點的科學家清楚地認識到，他們與達爾文主義者之間存在著重大的分歧。有神論進化觀和拉馬克主義可以恰當地代表隨著有意識的反達爾文主義哲學的出現而經歷的一個連貫的階段，其意圖是要維護神的意志在自然中的作用。在許多方面，這種哲學是已經在錢伯斯的《自然創造史的痕迹》中勾勒出的發展觀點的直接延續。
人們之所以對達爾文影響程度的看法出現混淆，是因為唯物論者及其反對者儘管意圖不同、但都以相同的方式修正了達爾文的進化理論。幾乎所有的維多利亞時代有影響的思想家都只能容忍進化是一種本質上進步的系統：進化一定要有一個目的，其中人類的出現起到了關鍵的作用，而無論是否可以將這個目的追溯到超自然的造物主那裡。許多激進的思想家，比如斯賓塞，否定道德價值有任何先驗的來源，而是堅持認為應該遵從自然本身的法則。這樣不僅可以確保個人的幸福，而且可以確保種族的進步；進步之所以可以確保，是因為事實上自然進化本身是進步的。赫胥黎之所以批評斯賓塞的進化倫理學，主要是因為，在赫胥黎看來，真正的達爾文式宇宙中並不確保一定會發生進步，因此沒有必要提出要遵從自然殘酷的方式。斯賓塞通過倡導個人必須關心他自己利益的自由競爭系統，從而充分代表了維多利亞時代資本主義最糟糕的方面。赫胥黎則提出道德價值必須由人的意識來確定，而不是由自然來決定，他的思想更接近傳統的倫理學淵藪，雖然他無法確定人的意識是否反映出神的道德引導。
自由主義基督教徒們，則並不堅持認為道德價值一定要有先驗的來源，而是提出物質世界的進步性質是上帝精心計畫中的一個部分，上帝要教導我們如何去行動。他們可能不會同意斯賓塞的倫理學，但是他們想重新確保看到他們自己的價值得到了自然界的支持（Moor e，1985a，1985b；Livingstone，1987）。有些人試圖重新發揚傳統的價值，他們提出，進化本身的驅動力並不是鬥爭，而是要求生物之間進行合作。反達爾文主義者所採納的價值觀，常常與斯賓塞的價值觀沒有太大的差別。拉馬克主義者所信奉的個體生物的主動要求決定了進化成功路徑的觀點，與斯賓塞的觀點非常相似，但是這種思想並太不符合斯賓塞本人的獲得性遺傳是進化主要機制的思想。多數拉馬克主義者並不相信自由