對於種源學說的第一次重要挑戰來自於著名牛頓主義者皮埃爾·路易·莫利·德·莫伯丟（Bru，1929；Glass，1959a；Sandler，1983）。莫伯丟的觀點發表在他的那本流行的《金星物理學》（Maupertuis，1745，英譯本1968）中。在這本書中，他列舉了許多論據反對種源學說，包括從亞里士多德到哈維期間每一個觀察者所證實的胚胎生長是通過「漸成」（各個部分依次增加），而不是通過預成微型物的擴大的事實。莫伯丟還研究過生物的遺傳，尤其是多指畸形（完整的報告見Maupertuis，1768，卷II，信XIV）。如果一個人出生時一隻手上有六指，這是上帝在形成這個人的種源時的一種不正常設計嗎？還是多出的一個手指是由於生長中的偶然因素？唯一的解決辦法就是放棄種源學說，承認雙親對後代的貢獻相等的事實。莫伯丟認為，雙親都產生出液狀的精液，當兩種精液在母體的子宮混合之後，發育成胚胎。（在今天看來，雌性有精液的概念似乎很荒唐，但是這種看法有很長的歷史，一直可以追溯到亞里士多德。）精液中所含的顆粒來自雙親的身體，在牛頓引力的作用下，這些顆粒被拉向胚胎結構中的不同地方。
在《火星物理學》結尾，莫伯丟用他的發生理論來說明一個對於進化論很有意義的問題：人類的起源。因為這時使用雙親的精液來說明他們後代的形成，這樣一個個體中的性狀就有可能在後代中永遠保存下去。例如六指這個案例，一旦出現變異，它就可以成為物種的恆久特徵。在種族的性狀中，種族在最初的地方是如何形成的？他們如何聚集成為具有明顯特徵的人群？莫伯丟提出了兩種可能，這兩種可能比起自然選擇來要粗糙些，而且後來成為了拉馬克主義的組成部分。也許黑人黑皮膚的產生是由於生殖過程中的某些偶然原因，然後隨著黑人被迫生活在環境不太宜人的熱帶地區，與其他人種造成了隔離，這種黑皮膚的性狀便保存了下來。或者是因為熱帶的氣候使生活在這裡的人們產生了黑色素，然後這種性狀隨著遺傳長久地固定下來。無論接受哪種假設，這種發生理論都會使人們動搖物種結構永遠不變的普遍信念。全新的性狀可以產生，並且可以通過遺傳過程保留下來。
在《自然系統》中，這些設想擴展成涵蓋更廣的生命發展理論，這本書是莫伯丟1751年化名出版的（再版於1768年，卷II）。這時他完全採取了唯物論的觀點，攻擊了終極的生命起源問題。或許當地球最初覆蓋著水時，一些物質顆粒可以通過有效的作用，排列成最初的生命結構，而無需子宮來發育。於是，通過自然原因的自然發生便取代了神創。莫伯丟還注意到，最初的生命形式可以通過自然轉變分化成我們今天觀察到的不同物種，這是對人類種族起源假設的擴展，新物種的形成可以通過小的變化在遺傳過程中的積累。
通過提出自然發生的可能性，莫伯丟的矛頭直指他在寫作《火星物理學》時費解的問題。在胚胎髮育中，精液中的顆粒怎麼能「記得」它們應該佔據的位置？依然令人困惑不解的問題是，假如可以通過自然發生由無機顆粒產生出生命結構，其中所含的就不止是「記憶」了。物質顆粒一定有些基本的組成傾向，莫伯丟這時提出，這其中所含的不止是純粹的物質力量。物質顆粒一定有一種「意願」或「省悟」，可以認識到它們可能要表現的功能。這裡我們看到了啟蒙運動時期唯物論傾向的一種明顯結果，哲學家被迫將生命的特徵歸結為物質顆粒本身！
莫伯丟後來的一些假設很難被視為是科學的，但是他的發生理論卻啟動了前達爾文時期喬治·路易·居維葉和孔德·德·布豐關於生命變化的更全面的研究。當塞繆爾·巴特勒（Butler，1879）試圖詆毀達爾文時，他的做法是提出進化論的所有要點都由布豐預先想到了。隨著時間的變遷，一直有史學家重複他的觀點（例如Guyenot，1941）。在布豐的眾多著述中，無疑有些觀點似乎是預先涉及到達爾文理論的某些方面，但是從根本上，布豐的自然圖景有著截然不同的基礎。
更相關的問題是，布豐的觀點在多大程度上屬於啟蒙運動時期無神論的唯物論。他當然探討過關於地球及地球上生命現存結構的因果解釋。正如沃爾（Wohl，1960）指出的那樣，布豐並不是一個簡單的唯物論者，他實際上實行的綱領不僅局限於用牛頓的觀點探討物質的機械起源。羅吉爾（Roger，1963）提出，布豐是無神論者，無神論者試圖拋棄上帝規定了宇宙運作的觀點。當然，他不是基督徒，或許他是個典型的自然神論者，最終他拒絕接受自然的運作完全是隨機的激進唯物論觀點。生命的起源是一個純粹的物質過程，但不是「試錯」事件，因為物理世界的運作有著嚴格的限制。
1739年，布豐被任命為巴黎皇家公園（現在的植物園）的負責人，他開始計畫出版一部關於自然的全面論述（Hanks，1966）。他的《自然史》前三卷出版於1749年，隨著後幾卷的相繼出版，他確立了作為法國著名博物學家的地位。假如說林奈分類系統的勝利是由於它的實用性，那麼布豐的勝利是由於他為那些相信人類可以發現萬物自然原因的人提供一個流行的框架。
布豐在［《自然史》的］第一卷中直接攻擊了林奈及所有人將自然史簡化為探討抽象關係的觀點。使許多史學家一直困惑的是，在這一點上，他甚至否認物種是真正的實體。布豐提出，物種以及由物種組成的屬，只不過是分類學家想像的產物。實際上存在的只是個體，而且我們有時可以發現兩個所謂區別明顯物種之間的類型。這樣根據自然界存在的只是完全連續的形態的觀點，就可以反對建立任何分類系統。然而，在1749年出版的另外兩卷［《自然史》］中，布豐又寫道，物種是固定不變的、區別明顯的實體，他在以後一直接受這種觀點，只不過略有改變(Wilkie，1956；Lovejoy，1959a；Farber，1972；Eddy，1984)。菲利浦·R·斯勞恩(Sloan，1976)曾經指出，布豐的立場並非變化不定。他當然反對林奈建立物種之間抽象關係、並認為這種關係已經存在於造物主內心的綱領，但是他並不否認個體之間存在有意義的聯繫。必須要把這種聯繫看作是物理關係，是隨著時間存在的：如果我們能表明一群個體屬於一個由生殖維持的群體，那麼我們就可以確定它為一個真正的物種。
在布豐的發生理論中，非常強調物種是通過生殖維持的類群的定義。他提出，只有從物質（即牛頓觀點）的角度解釋生命的產生，才能恰當地解釋生命。種源學說不能真正解釋發生，因為它將所有事情都歸為上帝的最初創造。布丰采納了莫伯丟的觀點，認為胚胎的形成是由於雌性精液在子宮中的混合。含有「生命顆粒」的精液來源於多於生物營養需求的食物。關鍵的問題是：這些顆粒怎麼「知道」如何在胚胎的複雜結構中排列自己？這裡布豐引入了一個「內在模型子」的概念，假設有一個實體可以指導顆粒到達應該到達的地方。這種模子是物種的特徵，也就是說有某些基本的限制力使得顆粒按照一種特定的結構排列。當然這樣就能使物種的形態代代保持下去，但是布豐並沒有明確解釋這種模子到底是什麼，或模子如何利用純粹的物理力引導生命顆粒到達應該到達的地方。這種概念上的含糊不清表明，要想創造出一個令人滿意的說明構建胚胎需如何提供必要信息的理論、同時又不像種源學說，是很困難的。
然而麻煩的是，模子的概念使得布豐開始按照物種固定不變的框架描述動物界。他在關於驢的文章中（Buffon，卷IV，1753），有意提出了像馬和驢這樣關係密切的物種是否有可能來源於共同的祖先這樣的問題，不過他的答案是否定的。他的否定有時被人們當作是一種偽裝，但是他的觀點的論據非常詳細，很難想像布豐不是在認真考慮這個問題。又過了十幾年，布豐確信相關的物種具有共同的祖先。在「論動物的退化」（Buffon，卷XIV，1766）一節中，布豐公開支持他在1754年曾經反對過的立場。到了這時一定的林奈式物種的相互關係被認為是真正存在的，這種關係來源於隨著時間由一個祖先的趨異過程。然而，布豐的合作者，解剖學家多本頓並不贊成這種觀點（Farber，1975）。
這時的觀點認為，所有按林奈的屬（或現代的科）排列屬於關係密切的類型，都來自於原先的一個群體，這個群體通過遷徙到世界的不同地方，分化成不同的類群。然後每一個類群受到所在地區的氣候影響，它的類型發生了逐漸的變化。布豐提出，通過聚集在生物生殖系統中不同性質的生命顆粒的作用，可以產生出外界影響的效應。然而布豐仍然堅持認為物種是絕對固定不變的，而且顯然他現在是根據單一的模子看待每一個科（不是林奈式的種）。所謂林奈式的種並不是〖HTH〗真正〖HTSS〗