宋祥興三年十二月，冬，北酋忽必烈突然對幾個支持乃顏的遼東蒙古部族下了滅族令，頃刻間，草原上血流有聲。
這是自成吉思汗將蒙古諸部整合成一個統一民族後，數十年來第一次發生在蒙古族內部的大規模仇殺。自此，蒙古人不再是一個完整的概念，而是被政治派彆強行分割開來，兄弟姐妹之間以白刃相向。
還沒等軍中諸臣們從震驚中緩過神來，忽必烈又下達了第二道聖旨。命令軍需官給漢軍大面積換裝，儘力滿足他們的糧草與裝備需求。宣布從此之後，與北方反叛者之間的戰爭，以漢軍和探馬赤軍為主力，將不肯對乃顏下重手的蒙古軍從主力的位置上撤下來，改為策應。同時，宣布諸探馬赤、漢各軍中，凡立下斬將奪旗大功者，皆可「升等」為蒙古人，本人及其子孫後代永遠享有與蒙古人相同的特權。
受到激勵後的漢軍與探馬赤軍奮勇爭先，一個月內，接連三次重創乃顏，打得十字軍連連敗退。
在屠刀面前，很多支持乃顏的部族不得不重新屈服在忽必烈旗下。祥興四年正月，忽必烈重新奪回遼陽。乃顏與哈撒兒（成吉思汗弟）後王史都兒、合赤溫（成吉思汗弟）後王勝納哈兒、別里古台後王哈丹禿魯乾等退守東寧與合蘭。（今平壤北側一帶）
也許是想起了當年窩闊台汗的承諾，忽必烈沒有將遼陽城拆毀。而是命人四處徵召、劫掠工匠，在遼陽城建立了百工營。以南方降將黎貴達為統帥，將行動不便的重炮重新融鑄成規模大小不等的野戰小炮。同時，應丞相呼圖特穆爾之請，將乃顏勾結南方漢人，試圖將遼東草原併入殘宋版圖的罪證，「騎兵弩」、「轟天雷」、「虎蹲炮」等公之於眾。
這些物品都是乃顏以戰馬、黃牛等草原上各部相約不向南方輸出的戰略物資從文天祥手中交換來的。公示之後，幾乎毀滅性打擊了乃顏的聲譽。誰都知道，最近一個半月來對草原各部族大開殺戒的是一夥漢人，而乃顏偏偏與漢人聯手，在兩個方向上與蒙古人的帝國交戰。
二月，忽必烈大會遼東各部族，當眾立誓，宣布如果各部族重新歸降於大元，自己將原諒他們一時被奸人蒙蔽而犯下的錯誤，既往不咎。並且鄭重申明，自己這麼大的年紀了，還領軍親征，不是想讓蒙古人之間自相殘殺，做這種親者痛、仇者快的慘事。而是不忍看見乃顏藉助異族的勢力分裂草原。從窩闊台到自己，蒙古人經歷了數十年才將南宋征服，而乃顏為了一己私利發動叛亂，卻讓幾十萬將士犧牲換來的戰果化為烏有。
「朕今天於此，重申成吉思汗的誓言，兄弟們打天下，戰果共享之。全天下蒙古人榮辱相連，福禍與共。凡與外族勾結者，天下蒙古人皆可誅之。那些支持乃顏的，棄械而來，或殺了上司而來，朕將用黃金與牛羊回報你們的功績。那些給乃顏提供馬匹、炒米的，斷絕你們的供應，朕將忘記過去發生的事情。那些與乃顏稱兄道弟反對朕的，帶著你們的部族離開，朕將重刻你們的金印，片甲不入你們的封地。那些高舉者十字的僧侶，如果重新支持朕，你們的教義將可在大元境內自由傳播。如果長生天叫你們繼續支持乃顏，那一定魔鬼是塗改了上天的旨意，你們要自己分辨清楚。朕不喜好殺戮，但為了蒙古族的興亡，朕不介意流更多的血……。
這份用蒙古語寫成，用漢語記錄下來的，檄文不像檄文，盟約不像盟約的東西，很快在草原上流傳開來。一些逐水草而居，向來沒有固定支持目標的小部落在鐵血重壓下快速倒向了忽必烈。一些大的部落也開始反思，自己這樣支持乃顏會落得什麼結果。從雙方最近幾場戰鬥結果來看，乃顏幾乎沒有勝利的希望。與其讓整個部族給乃顏殉葬，最後還落個勾結南人，毀滅草原的罪名，是不是不如向忽必烈認錯合算？
乃顏大急，連忙傳檄到遼東各部，駁斥忽必烈的謊言。所控制地區人心初定，但與忽必烈的交戰依舊毫無起色。雙方的蒙古將領和士兵之間都是骨肉至親，隔著疆場，就能用蒙古長短調攀上親戚，彼此之間依舊無法狠下心來痛下殺手。而忽必烈麾下的探馬赤軍和漢軍卻與乃顏這方沒任何瓜葛，他們動起手來毫不留情。特別是那些探馬赤軍，都是些被蒙古人亡了國的契丹、党項、女真遺族，心中對蒙古人的怨恨不敢向忽必烈這樣的強者發泄出來。乃顏所部蒙古人，正好成了他們的出氣筒。
三月，乃顏再敗，丟棄東寧路、合蘭府兩個出海口，退向興凱湖一帶。十字軍軍糧不濟，哈撒兒（成吉思汗弟）後王史都兒、合赤溫（成吉思汗弟）後王勝納哈兒、別里古台後王哈丹禿魯乾各自撤回封地就糧。各部背靠兀水（黑龍江），被忽必烈大軍壓縮成一條折線。
從此，乃顏與南方的交流物資的航路大大加長，弩箭、手雷、炮彈等重要物資更難接濟得上。在兵力和武器都不佔優勢的情況下，已經沒有還手餘地。但出人意料的是，忽必烈親自率領的北伐大軍卻在開元萬戶府停了下來，不再繼續向前推進。
「感謝主的仁慈，您終於聽到了忠實奴僕的呼喚。」乃顏如垂死之人抓住最後一根救命稻草般，對著十字架連連叩首。感覺敏銳的他預料到，南方出大事了，否則忽必烈也不會把握不住對東北諸王發起致命一擊的機會。他派快馬與納哈兒等人聯絡，很快，從盟友處得到兩個不確定的信息。
第一條消息是，文天祥遣張唐率領大軍北進，在江南西路與福建路交界處再次擊敗了達春，江西行省岌岌可危。
第二條消息比第一條消息更令人震驚，忽必烈的大軍斷炊了，五十萬大軍正在分頭徵集糧食、牛羊。
這不可能，蒙古軍與探馬赤軍有肉食與乳酪就能活，來犯之時，他們帶著足夠的牛羊。那些漢軍雖然必須吃乾糧，但有阿合馬這個刮地皮的能臣坐鎮大都，軍需供應絕對不會發生問題！
乃顏對第二條消息不敢相信，認為是忽必烈故意放出虛假情報，引誘自己與他決戰。於是，他快馬回書納哈兒等人，勸大家小心謹慎。幾個盟友也紛紛做出類似判斷，決定暫時按兵不動，待部屬補充完整後，再與忽必烈決一死戰。
一個月後，當文天祥的物資輸送船隊繞過高麗，抵達莫溫河口之時，乃顏才知道自己錯過了多麼好的一個反攻機會。但那時，一切為時已晚。
開元萬戶府，忽必烈像一頭獅子般在帳篷內咆哮著。呼圖特穆爾、葉李等蒙、漢大臣面色鐵青，不敢出一言相應。桑哥等色目系臣子則跪倒在地上，叩頭如搗蒜。（桑哥是維吾爾人。元代色目人主要包括西域諸族、西北各族以及歐洲人）
四十餘萬大軍，糧草已經斷了三日了。而大都方面還沒有運糧隊出發的消息。忽必烈認為是理財第一能臣的平章政事阿合馬送來書信解釋說，去年大元在兩浙顆粒無收，而今年卻要同時應付南、北、西三個戰場糧草開銷，所以調度一時出現混亂。他請忽必烈先就地籌措一部分糧食來緩解燃眉之急，待從兩湖緊急徵調的糧食一到，立刻運往開元。同時，阿合馬向忽必烈提出兩個要求，第一，讓達春或伯顏兩人之中任何一人，暫時以守為攻，降低糧食消耗。第二，請忽必烈將他的長子忽辛從大都路總管，提拔到「同僉樞密院事」的職位上，以便威懾那些不按期向大都交糧的地方官。（同儉樞密院事，地位相當於國防軍副司令）
阿合馬在信中還振振有辭地說，自己舉薦兒子為「同僉樞密院事」實在是萬不得已。自從大汗北狩後，大都城中，總是有人試圖找自己的麻煩。特別是張易、崔斌、不忽不等人，整天對自己的事情指手畫腳，導致各地糧草稅銀徵收機構運展不靈。諸位倉庫使、轉運使們既要完成為國家籌集糧草的任務，又要面對御史們的誣告，左右為難。
忽必烈最擔心的事情終於發生了，臨北征之前，他把軍隊調度大權交給了太子真金，就是擔心有人趁他不在時，窺探皇位。但是，他沒想到，窺探皇位的人，居然是自己平素最為信任的能臣阿合馬。
眼下，平叛工作已經到了最緊要關頭。如果貿然撤軍，乃顏等人必將尾隨而來，軍心大亂之下，自己連葬身之地都尋不到。但堅持與乃顏決戰，就要面臨大戰之際，軍糧斷絕，三軍將士餓著肚皮與敵軍交手的危險。
人是鐵，飯是鋼。再強大的軍隊，餓上五天肚子，也會喪失戰鬥力。況且在開元周圍，各部族都是剛剛倒戈過來的，態度極其模糊。一旦讓他們發現大軍面臨斷糧窘境，這些部族肯定會再次與乃顏勾結到一處。
「就會磕頭，就會磕頭，你們這些忘恩負義的東西，說說，朕到底哪點對不起你們！」忽必烈大聲咒罵著，蹣跚幾步，走到桑哥面前，將幾個色目系臣子一一踢翻在地，踏著他們的脊背質問道。
「陛下待我等恩重如山，我等願肝腦塗地，以報陛下之恩。求陛下息怒，息怒啊！」桑哥在忽必烈腳下苦苦哀求。唯恐激得忽必烈下殺手，他不敢用力掙扎。心中暗罵阿合馬鬼迷心竅，這個接骨眼上給自己的兒子爭什麼權位。
平心而論，色目諸臣在元庭之中受到的尊崇