隆美爾攻佔多布魯克之後，馬不停蹄向潰退的英軍迅速發起追擊。1942年6月25日英軍第8軍團退守梅爾沙馬特魯一線陣地，是夜，奧欽烈克趕到前線，親自接管第8軍團指揮權，他決心後退到阿拉曼一線陣地同隆美爾打一仗，因為梅爾沙馬特魯的地形對防禦一方不利。6月23日晚，非洲軍團的前鋒越過埃及國境線，在一晝夜內前進了160多公里，它們切斷梅爾沙馬特魯英軍來不及撤走的部隊，俘獲6000人。6月28日黃昏，隆美爾的裝甲矛頭攻佔弗卡，30日黃昏抵達阿拉曼一線，距亞歷山大港只剩60英里路程了，隆美爾已站在開羅的大門前。
此刻，德、英雙方的實力已發生根本變化，非洲軍團只剩下44輛坦克，凱塞林的大部分飛機已撤往西西里，德軍已不再享有制空權，而英軍在阿拉曼有8個完好的旅和159輛坦克，其中有美國提供的60輛「格蘭特」型坦克。更為重要的是制空權轉到了英國人手中。6月24日、25日兩天里，德軍的進攻沒有遇到英軍地面部隊的抵抗，但卻遭英國空軍的猛烈襲擊，這種情況過去還沒發生過。德軍之所以取得馬特港的勝利，一是因為雙方暫時還沒有意識到這一點，勝負雙方仍被過去的慣性所支配，二是因為英軍部署失當，兩翼強、中間弱，隆美爾正好打擊在中間，促使兩翼潰退。以後才搞清楚，當時英軍的實力完全能夠全殲進攻的德軍，但英軍指揮官被失敗的陰影所籠罩，不僅失掉殲滅冒險進攻的德軍之良機，而且還遭到慘敗，這倒應驗了福煦元帥的觀點：如果你認為打輸了這場戰鬥，這場戰鬥就算是輸了。
6月30日，隆美爾擬定了突破阿拉曼防線的計畫，並佔領了阿拉曼車站西南16公里處的陣地。他決定像進攻馬特魯防線那樣，插到英軍第13軍的後方，促使英軍再一次崩潰。事實上，德軍的攻勢已成強弩之末，前鋒不過2000多人，主力遠遠落在後面。德軍已沒有進行激戰的能力了，但仍有能力實施機動，如果德軍插入英軍後方，使之再來一次潰逃是完全有可能的。7月1日，非洲軍團的第90輕裝師在進攻迪爾西茵時，戰鬥銳勢被徹底挫敗，迂迴英軍後方的企圖破滅了。7月2日，德軍又同英軍在魯瓦伊薩特山嶺，打了整整一天的消耗戰，第90輕裝師無法突破英軍陣地，英國空軍牢牢掌握著戰場制空權。7月3日，隆美爾改變突入英軍第13軍後方的計畫，集中非洲軍團第90輕裝師和意軍「里托里奧師」，對阿拉曼據點實施突擊。但結果證明，只有26輛坦克的非洲軍團，是無法達到目標的。當晚，隆美爾給凱塞林發報，他被迫停止進攻。具有諷刺意味的是，這時英國艦隊正逃離亞歷山大港。
7月4日，奧欽烈克指揮英軍第8集團軍反攻，被德軍擋住。7月10日拂曉，英軍澳大利亞第9師沿濱海公路再次進攻，在取得一些進展後又被德軍阻止。7月13日，德軍第21裝甲師在空中支援下向阿拉曼據點猛攻，被英軍南非第3旅擊退。以後，雙方互有攻勢，隆美爾的夏季攻勢以及第一次阿拉曼會戰，在8月才告一段落。
1942年8月，北非戰場上，軸心國和同盟國軍隊在阿拉曼一線出現僵持，雙方都感到如果沒有進一步的補充，誰也無法在近期取得決定性的勝利。雙方的情形是：英軍馬爾他島基地已恢複元氣，一支潛艇部隊和遠程轟炸機部隊已進駐該島，德意方面的運輸船隊從7月開始屢屢被擊沉，在8月最後一個星期里，英軍獲得50萬噸補給品，德意軍隊只獲得1萬噸補給品。隆美爾意識到只有兩條路可供選擇：要麼退出埃及回到昔蘭尼加，固守利比亞，在北非維持一個長期僵局；要麼立即發動攻勢，乘英軍還沒有強大到堅不可摧之前，將其擊潰。在柏林的希特勒當然決不允許把北非的地盤白白讓出，決定繼續進攻。但隆美爾的燃料已不足以發動一次像樣的攻勢，於是意軍參謀總長卡伐里羅向他保證，當他在8月30日月圓時發動進攻後幾小時，一艘載著6000噸汽油的油輪將抵達北非，凱塞林也向他保證，在所有努力都失敗之後，他將提供700噸汽油。所以，隆美爾在發起第二次會戰（也稱阿拉姆哈勒法會戰）時，對其部下說：「在戰役發起後，我們能走多遠將取決於後勤——燃料和彈藥。」
英軍的情況正相反，時間越往後拖，實力對比就越對他們有利。由於加查拉防線的崩潰和多布魯克的陷落，丘吉爾壓力很大，他需要一次勝利以應付國內外輿論，他不斷催促奧欽烈克發動進攻。但奧欽烈克堅決要等一切準備好才肯發動進攻，於是丘吉爾將他罷職，由亞歷山大將軍接任中東軍司令，原第8集團軍13軍軍長戈特將軍升為集團軍司令。但戈特因飛機失事身亡，於是調任蒙哥馬利中將任第8集團軍司令。蒙哥馬利和奧欽烈克一樣拒絕丘吉爾立即發動進攻的要求，他也要等一切準備好，有了必勝的條件後，才發動對德軍的打擊。後來事實證明，這是蒙哥馬利的一貫作風。
當隆美爾發起第二次阿拉曼會戰時，雙方實力對比是：隆美爾有440輛坦克，其中義大利軍的200輛是老式陳舊的。蒙哥馬利擁有760輛坦克，其中有美國最新式的「格蘭特坦克」300輛，英軍空軍對德軍空軍的戰場比例是5：1，占絕對優勢。英軍火炮占很大優勢。在人數上，隆美爾9.6萬人，蒙哥馬利10萬多一點。因為是沙漠坦克戰，決定勝負的主要是制空權、坦克、火炮、海陸補給線的暢通，人數上略有差異，不足以影響大局。
隆美爾的進攻計畫是：由北向南依次布置德軍第164步兵師、意軍第21軍、1個德國傘兵旅和意軍第10軍中的「布里西亞師」，在北面海岸地區發動佯攻並在中部作一個牽制性攻擊；他親自率非洲軍第15、21裝甲師、第90輕快師、義大利第20軍（包括阿里提、里托里奧2個裝甲師）、突斯提步兵師，組成主力突擊集群，在阿拉曼英軍防區南端的地雷場實施突破，然後北上攻取阿拉姆哈勒法山嶺，直撲阿拉曼英軍防線後方，並且在那裡全殲第8軍團，此外還有3個義大利師留在梅爾沙馬特魯、巴爾地區充當總預備隊。
隆美爾的計畫是建立在德軍高度的戰術技巧、指揮官靈活機動的應變能力，以及英軍反應遲鈍這三個條件之上的。但是，英國人再次啟用艾尼格馬機，破譯了德軍全部作戰內容。隆美爾進攻計畫的每一個細節，蒙哥馬利都一清二楚，他在防線南端隆美爾的必經之路，埋下大量的地雷，然後又在阿拉姆哈勒法山脊周圍設下陷阱，將火炮、坦克、地雷布置得密密層層。
8月30日夜晚，隆美爾帶著他的「突擊群」開始了一場巨賭，他的汽油只夠突破地雷場，進到海岸公路的英軍後方，所以他無力像在加查拉那樣，繞過阿拉曼防線的頂端，而不得不硬著頭皮從英軍地雷場闖開一條通道。他不知英軍已嚴陣以待，他的非洲軍團「突擊群」已被釘死。德軍工兵在前面拚命排雷，「突擊群」在布雷區擠作一團，英軍照明彈把夜晚照得如同白晝，轟炸機群在非洲軍團頭上狂轟濫炸，卡車、裝甲運兵車、坦克一輛接一輛起火。
第二天上午8點，隆美爾驅車趕到第一線，被通過地雷場的戰鬥之艱難所震驚，因為按計畫，非洲軍團的先頭部隊應於夜間通過地雷場，在第二天拂曉，攻下阿拉姆哈勒法山嶺。而此刻非洲軍的參謀長拜爾萊茵上校向他報告，第15、21裝甲師剛剛前出至地雷場的盡頭。前進通道已打開，但時間表已被打亂，隆美爾對繼續進攻猶豫不決，他的參謀長拜爾萊茵認為，既然已付出這樣大的代價，就應毫不猶豫繼續按計畫進攻。於是，隆美爾斷然下令，繼續進攻。下午6時，隆美爾的「突擊群」抵達阿拉姆哈勒法山脊，已面對132高地。非洲軍團的「突擊群」在此之前穿越了一片軟沙地帶，消耗了大量的汽油，現在他的「突擊群」所剩汽油只能行駛48公里，無法實施戰場機動，只能放棄東進迂迴阿拉姆哈勒法山脊後方、迫使守軍放棄防禦的計畫，只得向英軍正面發起攻擊。
隆美爾「突擊群」被阻擊在阿拉姆哈勒法陣地前，英國空軍完全掌握了制空權，夜以繼日地轟炸，使隆美爾處於進退兩難的困境。卡伐里羅答應提供的6000噸汽油，在31日被英國人在多布魯克悉數擊沉。凱塞林提供的700噸汽油，也在運輸途中被車隊自己消耗掉了。9月1日，隆美爾「突擊群」既遭英軍地面部隊頑強之阻擊，又遭英國空軍狂轟濫炸，損失慘重，9月2日早晨，隆美爾決定撤退，但汽油已耗盡，不能大規模行動。他的「突擊群」只能就地挨炸了一天。9月3日，隆美爾對燃料補給已絕望，被迫扔掉50輛坦克、50門野戰炮和反坦克炮、400輛卡車，全力以赴向東撤退。到9月6日，隆美爾且戰且退，通過了原先出發時的英軍南端的那個地雷場。由於蒙哥馬利的過分謹慎，沒有全力封死這個「口子」，否則極有可能困住隆美爾的「突擊群」。
第二次阿拉曼會戰以隆美爾失敗而告終。它是第二次世界大戰中，北非戰場的轉折點，德軍進軍開羅，跨過蘇伊士運河，穿越中東與蘇