當時，舉國上下普遍認為這是「愛國的正義行動」，出手的民眾是「民族英雄」，大家堅信能激起如此多人憤慨的事情絕不會是捕風捉影，外國人一定是幹了不法的行為。
政府不敢管民眾來管！反對任何退讓！反對任何安撫！這就是來自民眾的聲音。
憤怒的不只民眾，還有列強，他們認為自己的國民死得太憋屈。相關列強把艦隊開到了天津，並派出使者向慈禧母子提出強烈抗議，要求懲罰兇徒，賠償損失，不照做就開戰！
慈禧母子夾在洋人與民眾之間，左右為難。因此，如何處理這個事件，成了考驗慈禧母子執政能力的一項重大課題。
此時慈禧想到了曾國藩。畢竟天津屬於直隸總督的管轄範圍。她對曾國藩說：曾愛卿，這滿朝文武，就屬你辦事我最放心，我就把這件事交給你處理，不過我送你一句話：「持平辦理，順民情而維大局。」
既要不失去民心，又要不得罪洋人，難哪！
可曾國藩有選擇嗎？沒有！
曾國藩帶著慈禧的最高指示來到了天津。
他打開卷宗，開始審查整理案件。在這個並不熟悉的地方，他動用了所有能用的資源，在孤燈下艱難地工作，經過半個月的努力，他最終完成了這件看似無法完成的任務。
1870年7月21日，曾國藩頂著群情洶湧的壓力，據實上奏慈禧《查明天津教案大概情形折》，奏摺回答了三個問題：
一是教堂墓地埋葬的那些兒童的由來。
這一年是災荒之年，瘟疫流行，許多家庭無力養活孩子，家長就將孩子丟在道旁或直接扔進河裡，許多孤兒便只能自生自滅。
後來，育嬰堂的修女、教士發現了孩子們，但他們大都已奄奄一息。這些孤兒被收留進教堂後，一部分孩子患病不治，死了之後教堂就送出去埋了。有些埋藏的位置較淺，就被野狗給刨了出來，「胸腹皆爛，腸肚外露」、「挖眼剖心」之說由此而來。
二是武蘭珍口供的蹊蹺。
有人的地方就有黑社會，天津當地有個民間黑社會組織叫「水火會」，首領叫徐漢龍，徐老大手下有七八百個古惑仔，這些人平時的娛樂活動主要是「替天行道」，代替政府私設公堂，審理案件，隨意處決他們所懷疑的人，「懲惡揚善」。
這個武蘭珍正是水火會「修理」過後交給縣衙的。曾國藩後來發現武蘭珍身上「跪傷」、「棒傷」和「踢傷」成片，那份蹊蹺的供詞其實是屈打成招的結果。
三是「教案」的深層次原因。
其一是教堂自身的問題。
在老百姓眼中，教堂神秘兮兮的（終年緊閉，過於秘密，莫能窺測底里），人們對於透明度不高的神秘之地總會有一些妄自猜測。而且教堂也表現得很酷，根本不出面解釋。所以教堂與老百姓就被人為地隔作了兩個世界。當老百姓根本不能理解教堂推出的慈善項目（收留被遺棄的病重孩童為其洗禮）的時候，自然會懷疑教堂殘害兒童。
其二是心理落差。
經歷了鴉片戰爭的中國人從八荒六合、唯我天朝獨尊的優越地位驟然跌落到唯洋人之命是從的屈辱之境，仇洋之心日益洶湧。
其三是教會藏污納垢。
百姓中有信洋教的，也有痛恨洋人不信洋教的。不信洋教的百姓由於痛恨洋人，自然很鄙視信洋教的百姓。問題是信洋教的教民中有少數地痞流氓，仗著洋人的勢力欺男霸女，尤其熱衷於誘拐小孩、誘姦婦女。一旦這些敗類被告到官府，官府卻總是因為這些人的洋人背景而大事化小、小事化了，搞得幹群關係非常緊張。
在這種背景下，老百姓與洋人的矛盾就如同乾柴烈火，一點就著。
不管如何，「天津教案」的起因是不折不扣的謠言。
好在這一年的8月，曾國藩的主要對手法國人被突然爆發的普法戰爭（法德戰爭）弄得焦頭爛額，根本沒有精力去顧及死在遙遠東方的國民。
曾國藩跟洋人一番討價還價之後的處理方案是這樣的：以命換命，殺掉為首的煽動者；向各國賠銀五十萬兩；派遣專員去法國「謝罪」。唯一堅決不讓步的是不讓相關官員抵命，譬如知縣劉傑以革職充軍了事。
不談曾國藩的處理結果是否公允，但這種處理方案，註定了曾國藩的結局——「賣國賊」的罵聲洶湧而來，彈劾他的奏摺如雪片一般，均欲殺之而後快。
短短几個月，就毀掉了曾國藩數十年積聚的聲名。因為批評總是容易的，做事總是不容易的。
可嘆。