上文說到的武漢軍校，前身就是原來在廣州的黃埔軍校。國民黨中央撤銷了蔣介石的校長職務後，後來改成的委員制由國民黨方面的鄧演達、譚延闓、顧孟余、徐謙，共產黨方面的惲代英等5人組成，以鄧、譚、惲為常委。國民黨方面的常委們不肯管學校的實際工作，校政實際上由揮代英政治總教官負總責。陳毅是5月由中央軍委正式分配到軍校來任黨委書記的，但他的公開身份只是個「芝麻官」：校政治部的准尉文書。生性活躍的陳毅有時不免流露出不像個准尉文書之處。
當時的秘書後來為蔣介石代筆寫《中國之命運》的陶希聖，就當著陳毅的面說過：「共產黨真正的領導人是站在幕後的，我看你就是。」「職務」雖小，陳毅那股影響人的氣勢卻不小：政治部組織科長葉鋪是國民黨員，專門監視共產黨人。
葉鏞找陳毅，說：「你在我們四川是有名的，怎麼來當文書呢？你一定是C.P.！」
陳毅見他誠懇，承認自己是共產黨，並對他做工作。後來，葉鏞加入了中國共產黨，並參加了廣州起義，擔任工農紅軍的師長，在戰鬥中犧牲。
汪精衛不想保留革命的軍校，於7月25日將軍校改編為張發奎第二方面軍的教導團。軍校原有學生和教職員工1700多人，加上總政治部教導營有500人。一度在陳獨秀命令下繳了的槍械，也由張發奎發還了。但是，原來軍校炮兵4個連現在只剩下第四連為基礎的炮兵連了，連長郭化若是黨的支部書記。
陳毅要隱蔽在炮兵連里。大雨滂淪。陳毅打著光腳，一手拿傘，一手提鞋，高高地挽著褲管，步行10里，來到南湖營房，郭化若趕緊將陳毅領到他的房間里，叫勤務兵打水沏茶洗臉洗腳。他倆原先並不熟悉，陳毅就從內衣口袋裡取出組織介紹信。郭化若看了信，不禁皺起眉頭：「黨的書記躲在我連里，萬一出個差錯可怎麼辦？」陳毅說：「沒關係，我了解你們連里的情況，這裡比較合適。」郭化若不再說什麼。陳毅很高興，他對郭化若說，葉挺、賀龍的部隊現在都到了南昌地區，教導團不久也要開到那邊去。
黨中央已經批判了陳獨秀的右傾機會主義。從這些情況來看，可能會在那邊有所行動。其實這只是陳毅個人的判斷，他當時並沒有得到有關南昌起義的任何指示。南昌起義本身，也正在醞釀和爭論之中。陳毅在1952年也說過，當時的黨中央，對陳獨秀的右傾機會主義尚未清算（直到「八七會議」）， 因此，「對於八一起義，既無布置，亦無定見，根本就沒有堅定的政策。」陳毅還要回武昌料理事務，郭化若要給他叫車子，陳毅不肯。「我們連有96匹馬，你騎馬回去吧。」「車來馬去會暴露我的身份。」陳毅還是不同意，撐起自己的傘，提著鞋，鑽進了風雨之中。但是陳毅到底沒能在炮連隱蔽成。因為郭化若隨即奉命到軍委轉調到前敵委員會去了，先一步到了南昌。
陳毅又改了地方，隱蔽在教導團團部的特務連。第二方面軍軍官教導團是8月2日早晨從武昌出發去九江的，名義還是「東征討蔣」。前一天中午，陳毅特意到他的好友陳夢雲處告別。
陳夢雲和妻子胡蘭畦都在軍校女生隊工作，現在女生隊解散了，陳夢雲要回四川工作。胡蘭畦知道陳毅會來，已經準備了酒菜，包括陳毅愛吃的回鍋肉，打算為他餞行，還請了范英士，一起再聚聚。
喝起酒來，4個朋友話就多了，談得最多還是政局。
「張發奎會同你們合作幹下去嗎？」陳夢雲有些擔心。
「有可能，要爭取，可是不一定。即使張發奎不幹，我們也要幹下去。」陳毅答道。
「你們單獨干能成功嗎？」范英士手裡舉著酒杯，眼睛望著陳毅的嘴。
「接受了教訓，會成功。」
「什麼教訓？」 性情潑辣的胡蘭畦目光錐子一樣盯著陳毅。
陳毅倒被盯得「緊張」起來。他並沒有準備好的條文，邊想邊說，開始竟有些結巴：「什麼教訓？教訓就是我們的領導者不敢，哦，也不懂得把中國革命，革命的武裝鬥爭的領導權掌握起來。北伐軍的指揮權，主要的是在國民黨手裡。我們有實權能指揮得動的部隊就那麼幾個，太少了。共產黨員，左派，大都只是黨代表、政治部主任、指導員，人家說我們是『賣狗皮膏藥的』。」
一搭上「熟語」，陳毅頓時口齒伶俐，一瀉如註：「刀把子在人家手裡，兵在人家手裡，一朝翻臉，就掉腦袋，『禮送出境』算是客氣之至。以後，要麼不幹，要干，就要有自己的槍杆子！」
「當現代的李自成、張獻忠？」胡蘭畦富有靈性的雙眸閃動著。
「對！以前的清朝政府罵孫中山是土匪，現在國民黨又罵我們是土匪，好，我偏要去當這個『土匪』！朱元璋、李自成都能搞成功，有馬克思主義的共產黨搞不成功？」
朋友們的酒杯在笑聲中都朝陳毅的杯子碰去，都念叨一個詞：「祝馬克思名下的大將馬到成功！」
8月2日拂曉，軍官教導團集合出發。從南湖營房到武昌江邊15里，部隊到達文昌門、平湖門等處碼頭時天已大亮。武漢國民政府警衛團已提前來到江邊，這也是一支共產黨員成分很多的隊伍。他們也是打著「東征討蔣」 的旗號，準備開赴九江去的。警衛團已經上船了，只等教導團登船啟航。江面被幾艘大小客輪拖駁和百十條帆船蓋住了一半。
不料，一件小事惹出大亂。教導團的槍械，一般的都比較破舊，惟獨機槍連的6挺重機槍，比較新，在初升的太陽下閃著青光。在碼頭名為「維持秩序」實為監視的十三軍陳嘉佑部隊，本來對這些「學生軍」心存忌意，現在被重機槍的烤藍映刺得好生心煩，怒沖衝上來就要扣人。事情報告到軍官教導團團長候連流那裡，他便讓副團長楊樹松去交涉，並要特務連連長肖勁帶幾個人保護。這幾個人都是共產黨員。隱蔽在特務連的陳毅，見勢也就和楊樹松一同去提抗議。十三軍既然下了手，也決不會輕易放手，這一爭執竟耽誤開船近兩個小時。如同一顆露珠滴到了天平上；歷史常因一件小事而改變命運。
這件事竟一下改變了不少人的道路。
——警衛團的船開走了，這支武裝後來參加了秋收起義；晚出發的陳毅在路途中卻趕上了南昌起義的隊伍。他們將重機槍要回來的時候，警衛團的大客輪早已不見蹤影。教導團趕緊拉笛啟航。他們的船都不大，為首的是一艘客輪，其餘是些木船和拖船。
陳毅和特務連都在團部客輪，他想開個黨的會，但沒有地方，到處都是人頭濟濟。另外，雖然侯、楊都是共產黨員（後來轉入國民黨），但全團並沒組成黨委，因而整個團還說不上是黨領導的部隊。陳毅是黨內主要負責人，沒有兵權，和上級黨組織也缺乏可靠的聯繫。他心裡很著急，事先中央軍委並沒有告訴他八一起義的事，只是說中途可能會有變化，要有應變的準備。現在幾十個人擠坐在一條木船上，只有部分人員有槍，子彈也不多，要是有個半路「打劫」的，在這毫無屏障的江面上非全軍覆沒不可。船在走，陳毅在急。將近一天了，他們接近黃石港。
忽然聽見江南岸傳來一陣陣軍號聲。船上的人被這聲音吸引住了，一齊屏息在聽。這號聲是沖著他們來的，是停止前進的號音。陳毅和肖勁擠到船舷邊，探頭努力往江岸上看。漸漸看清了，就是警衛團的大客輪。甲板上站著一溜號兵，號音就是從那裡發出的。陳毅奇怪：按水運行軍計畫，警衛團和教導團都是直駛九江的，他們為什麼停在這裡，還要我們停下？岸上到底發生了什麼事情？天色已晚，看不清，也聯絡不上。楊副團長同樣擔心，他對陳毅說：「岸上的部隊，停下來肯定有麻煩，看來得闖過去。」陳毅點頭。船隊全速前進，警衛團的大客輪被越過去。前面便是黃石。忽然，黃石港方向連續鳴槍。這是強制停船的警告。
教導團的領導都支起望遠鏡朝著岸上觀望。部隊看見何鍵的士兵已進入工事，朝江面架起槍。如果打起來，船上的人肯定要吃虧。教導團的領導只好下令停船，他們上岸交涉。在交涉中才知道，南昌出事了。
對方的一個頭目說：「我們知道，此次乘船東下的全是共產黨的部隊，我們奉命予以全部扣留。」
楊樹松堅持說：「我們帶領的是第二方面軍的軍官教導團，奉張總指揮的命令去九江歸建；你們應該停止一切敵對行為，立即放行，否則發生衝突，一切責任都由你們負責。」
「不管怎麼說，你們的人必須離船上岸。」
楊樹松和陳毅商量。想趁部隊上岸從陸路走脫。可是，現在部隊經過洪山演習，都很疲勞，還有病員拖累，衝突起來， 很難擺脫圍堵和追擊。大家都堅持不能上岸。
楊樹松再去跟對方頭目說：「我們不上岸，你們可以發電報去問張總指揮，對你們這種阻撓我團行動的做法表示強烈抗議！」
對方退了一步：「好吧，我們打電報去問。但你們只能在船上活動，不能隨便上岸。」