蔣介石在完成了政變的一切準備之後，於4月9日離開上海到南京去了。
4月12日，反革命政變就爆發了。
政變是由楊虎、陳群出面策劃，利用上海青幫頭目黃金榮、杜月笙、張嘯林等力量組織打手，又聯合洪幫，成立秘密的「共進會」及公開的「工界聯合會」，組織幫會群眾數千人，自備武器，臂纏白布，上書「工」字為號，在取得國民革命軍及租界當局總領事費信淳的同意後，由原任寧波炮台司令張伯歧任總指揮，向工人糾察隊進攻。
前一天晚上，由杜月簽出面設宴，請上海總工會委員長汪壽華赴宴。工會的另一位負責人李泊之勸其不要去，汪考慮後認為還是應該去：「我過去和青洪幫流氓經常打交道，他們還講義氣，去了或許可以把話談開，不去反叫人恥笑！」他去了，就再也沒有回來。
當日凌晨，祁齊路上的北伐軍司令部內響起了軍號聲，上海灘內的炮艦也拉響了汽笛，被僱傭的流氓打手冒充工人，向閘北、南市、滬西、吳淞、浦東等 地的工人糾察隊進攻，至12日，雙方發生槍戰；繼由東路軍總指揮兼戒嚴司令白崇禧，第二十六軍軍長兼戒嚴副司令周鳳歧，以「調解工人內訌」為名，對雙方實行繳械。2700名配有1700支長槍和幾十挺機關槍的工人糾察隊在幾小時內就被解除了武裝。工人糾察隊有的來不及反抗，有的雖拚死抵抗也不能倖免，幾百名工人糾察隊員被殺害。
4月12日是歷史血染的一頁。也是歷史大轉折的一天。
周恩來原來往在商務印書館俱樂部，領導工人糾察隊的整頓和教育工作。11日晚上，反動派動手前，先由第二十六軍第二師師長斯烈出面，裝作無事似地邀請周恩來到師部議事。周恩來想到第二十六軍也需要做工作，就去了。
30年後，周恩來回憶此事時，清楚地記得：「敵人是怎樣騙我們的呢？一個駐在閘北的國民黨師長叫斯烈，他的弟弟斯勵是黃埔軍校出來的，是我的學生。斯烈就利用這個關係和我們談判。我們就迷糊了，認為可以利用他。我們認為他不會對我們動手。其實我們這時重點放錯了，重點應放在保持武裝。當時我的副指揮也去了。」他們一去，斯烈的態度仍然很客氣，但拖著不讓他們再離開，同時就對工人糾察隊下了手。
12日凌晨，羅亦農得知周恩來被扣的消息，立刻要原來同第二十六軍黨代表趙舒熟識的共產黨員黃澄鏡找趙舒營救。黃澄鏡到了第二師司令部，見周恩來正雙眼怒視斯烈，抗議他們的反動行為。房間里的桌椅已被推翻在地，茶杯、花瓶散碎在地上。
周恩來對著斯烈怒髮衝冠：「你還是總理的信徒呢。你們公然背叛革命的三民主義和三大政策，反對共產黨，反對人民，這樣做是絕無好下場的！」
斯烈低首喃喃：「我也是奉命的。」
經過趙舒同斯烈個別談話，斯烈開始改變主意，向周恩來表示：「事情已經過去了，請您來談談，並無其他意思，誤會，誤會。」
周恩來氣憤至極，不再理睬他，轉身同黃澄鏡一起坐上汽車，衝過重重關口，回到北四川路東四卡子橋附近羅亦農的辦公室。
從周恩來的回憶和當時報刊分析，斯烈的欺騙能夠得逞，與當時中共領導機關（包括周恩來本人）對二十六軍政治傾向的估計失誤有關。
周恩來在3月30日的特委會上曾認為，斯烈可以指揮周鳳歧，如斯死，二十六軍則可完全為蔣所用；羅亦農也認為二十六軍左派居多。因此，總工會在4月11晚接到流氓將來襲擊的密告後，仍把希望寄托在二十六軍保持中立甚至支持革命上，特備函該軍，請求他們在萬一發生不測時，給予援助。在這種整個領導機關的估量出現偏差的情況下，不能即時識破那種以談判為名把指揮員 與隊伍隔離的精巧騙局，無論如何是可以理解、無權苛責的。
收繳工人糾察隊槍支的事件發生後，上海各界紛紛起來指責白崇禧等人的反叛行為。連《時報》也在吶喊：扶助農工為孫中山首定的政策，工人糾察隊為民眾武裝自衛的表現，今受此橫暴摧殘，何以自解於革命民眾？何以對總理在大之靈？
4月13日上午，閘北工人群眾在青雲路廣場集會，抗議帝國主義和上海軍事當局的反動行徑，要求收回工人武裝，懲辦破壞工會的軍官，撫恤死難工人的家屬。
會後，群眾前往第二十六軍第二師司令部請願，當遊行隊伍行至寶山路時，早已埋伏於此的第二十六軍第二師士兵，竟開槍掃射徒手群眾，槍擊歷時十五六分鐘，死者血流街道，傷者紛紛倒地，呼喊啼哭之聲慘不忍睹，當場受擊斃命者達百人之上，傷者更不可數計。反動軍隊製造血案之後，即實行清街，用大車將死者拖至荒郊埋藏，每車堆裝10餘人；尚有重傷不及死者，亦被橫拖倒拽放置車上，送入土窟。南市方面，也發生了反動軍隊向遊行工人群眾開槍事件，當時立斃10餘人。
南京政府成立後，蔣介石派楊虎為上海警察廳長，更加瘋狂地逮捕共產黨員和工人領袖。楊虎和東路軍前敵總指揮部政治部主任陳群甚至公開發布命令，以金錢懸賞捉拿共產黨人：如查獲首要者，每名賞給大洋1000元，附從者每名賞大洋500元。自14日開始，被拘捕至龍華總指揮部的共產黨人有千餘人。上海狼虎（楊虎）成群（陳群）而出——這種流行一時的說法形象地描繪了籠罩上海的白色恐怖。
資產階級對蔣介石的舉動大加讚賞。上海商業聯合會和銀錢兩業公會分別發出了擁蔣清黨電：對於當局清黨主張，一致表決，願為後盾。
帝國主義的報紙一致讚頌蔣介石處置適當。日本報紙一馬當先。《朝日新聞》謂此次舉動「可造成更穩之空氣而終止上海仇外騷亂」；《日日新聞》則稱：上海方面之行使非常手段，一面表示蔣介石一派與武漢派決裂固不待言，同時亦表示驅逐在武漢派後面之鮑羅廷以下之俄國勢力，此點與北方軍閥之主張實屬一致。
蔣介石自己好生得意：共產黨聲勢從前何等浩大，但吾人一言清黨，青天白日旗下各領域，或遲或早，一致起而剷除。彼等終於無尺寸立足地！
蔣介石是4月9日進駐南京的。
這天下午，本來公共體育場正在召開迎汪復職大會，未料蔣介石不期而至。為了給蔣一個面子，迎汪大會臨時改為迎蔣大會。蔣介石還沒露面，他的打手們已先登場，他們手持木棍、鐵棒、手槍等兇器，先沖入市黨部，將辦事職員捕去10餘人；又到省黨部將各部長及職員捕去20餘人，喊打1小時之後，又搗毀了市總工會。
10日上午，南京10萬之眾集會，向蔣介石請願，提出保護省市黨部、工會組織，將反動分子交人民審判。蔣介石不肯答應，憤怒群眾誓死不離總司令部。僵持數小時之後，「南京勞工總會」的數百名流氓打手，手持竹棍等兇器，衝進群眾隊伍亂打一氣，並開槍打死數十人。群眾向東轅門擁去，壓死、踩傷、打傷者難以計數。當時，中共南京地委召集緊急會議，由於不慎走漏了風聲，反動軍警包圍了會場，參加會議的中共黨員侯紹裘、謝文錦、劉重民等10餘人被捕，先後遇害。
這是先於「四一二」的南京「四一零」血案，同為蔣介石幕後策劃，是為其在南京另立中央掃清道路而為。
在這個信號之下——
廣西：留守南寧的黃旭初、伍展空等人接到黃紹竑的清黨電令後，立即行動，於4月12日逮捕了中共在廣西的領導人梁六度等13人，並通緝黃家楨等人。之後，不僅共產黨人被殺害，連傾向革命的人士也未能倖免。多年之後，李宗仁在憶及這段歷史時曾感嘆：其實，廣西當時共產黨人甚少，省黨部委員之中，只有少數左傾分子，沒有真正的共產黨。誰知電到之後，廣西留守人員竟將這些左傾的省委槍殺了，同時各縣黨部中的極少數共黨也被捕殺。在桂林縣黨部中，我的一位年輕的表弟李珍鳳也被殺。珍鳳是我外婆家的侄孫，其父為有名的凜生，住居兩江圩西嶺村，也是個世代書香之家。珍鳳矮小精悍，能說會講，幹勁十足，可說是個有為的青年。北伐前曾隨我去廣州，大概就在那時加入了共產黨。他對我從不諱言其為共產黨。有一次，他竟大膽地頑皮地對我說：「表哥，中國20年後便是我們共產黨的天下！」我回答說：「不要胡說！」這樣活生生的一個青年，也在清黨運動中被殺了。
廣東：屠殺之慘，共產黨人犧牲之多，除上海之外，以廣州為最甚。李濟深由滬返回廣州後，於4月14日晚間，召集上層軍官舉行緊急會議，討論 反共計畫，決定於翌日開始對共產黨人採取行動，由錢大鈞出任戒嚴司令， 負責指揮一切。4月15日凌晨2時，廣州城實行戒嚴，市內軍警密布。他們仿照上海「四一二」同樣的伎倆，先由偽工會組織的地痞流氓襲擊工人糾察隊駐地和各革命的工會團體駐地，錢大鈞、李福林則派出軍警隨後協助。工人糾察隊藉助兩輛機車做堡壘，堅守在住所內，開槍還擊，一直持續到中午