兵敗金門，使葉飛將軍清醒地說：要是僅僅靠木帆船橫渡台灣海峽……
（金門，1949年10月24日—27日）
已經四十來年了，葉飛至今都在後悔，要是那時還未攻金門島，他不將第十兵團指揮部從同安縣搬到廈門市去就好了。那樣，他就可以掌握全局，認真做好解放金門的準備工作。
十月二十四日這天，廈門剛剛解放了一個星期。廈門城裡，掛著「廈門軍事管制委員會」木牌子的大院門前，穿軍裝或者幹部列寧裝的人們，急急忙忙地進進出出，步子都格外匆忙。解放軍第十乓團指揮部剛剛從同安縣遷到廈門來了，就設在這座院落的洋樓里。對外掛著軍管會的牌子。新中國成立前後，中共中央強調要把工作重心轉至城市，第三野戰軍首腦陳毅也出任了上海市市長。葉飛將第十兵團指揮部從同安縣城遷到廈門城裡，這是客觀環境的要求，是無可指責的。
廈門解放以後，像中國大陸所有剛解放的大中城市一樣，是亂麻一團。廈門是海內外有名的中國五大通商口岸城市之一，如今二十萬居民的油鹽柴米，十分吃緊。存糧已經告罄，葉飛剛才還責成兵團後勤部向泉州、漳州求援。燃料奇缺，甚至出現了拆地板當柴燒的現象，也是葉飛操心的事情。城市接管工作，涉及理家治財、國計民生，千頭萬緒，真好像比打仗還忙還頭疼。
這一天，他和中共廈門市委的同志研究接收的問題還沒完，就接到第二十八軍電報報告當晚要向金門發動進攻。時間緊迫，他胡亂吃了幾口中飯，馬上召集兵團作戰處長、情報處長和有關人員開會，分析情況。葉飛在回憶錄里記述了當時開會及他批准攻擊金門戰鬥的情景——
當時我們已經知道蔣軍十二兵團（胡璉兵團）已乘船撤出潮汕，去向不明。我查問胡璉兵團是否已到達金門？參謀人員回答說，胡璉兵團在海上徘徊，尚未到達金門。就在這時，機要人員送來一份情報，是胡璉向台灣蔣介石請求撤回台灣。可惜這份電報是昨天的！蔣介石的回電是嚴令胡璉按照命令執行。但蔣介石的這份回電，我們當時沒有截到。我分析胡璉兵團的行動有兩種可能，一是增援金門，一是撤回台灣；可能是蔣介石命令胡璉增援金門，而胡璉不願意，所以打電報給蔣介石要求撤回台灣，因而在海上徘徊。趁胡璉尚未到達金門之時，發起登陸，攻取金門，是最後的一個戰機，如再延誤，金門情況就可能發生變化。我經過反覆考慮，最後批准了二十八軍開始攻擊金門的戰鬥。
二十四日中午，葉飛召開作戰會議拍板批准當晚發起攻擊金門作戰。當時，金門島上國民黨軍的守備情況已經有了很大變化，蔣介石已經連續指令往金門島增兵。
與廈門島相比，金門當時只是一個並不知名的小島。主島大金門面積為一百二十四平方公里，小金門為十五平方公里。金門島位於廈門以東十公里處，北距大陸也是十公里。該島狀似啞鈴，東半部為山地，西半部為丘陵，北部岸灘地段便於登陸。島西部有金門縣城，島上居民約四萬人，多是華僑家屬，島上十分荒涼，無重要出產品，居民多靠農漁業及僑匯維生。傳說唐朝中原人陳淵來金門野島牧馬，島才有耕稼漁鹽之利，後人在島上建有「陳牧馬侯祠」。這個荒僻的小島在一九四九年新中國成立以後，被蔣介石看重，主要在於它的地理位置。控制了金門，就可以封鎖福建主要港口廈門的出海口。蔣介石明白中共如渡海攻台，廈門港將是重要的船隻集結地，控制了金門對於屏護台灣能起到重要作用。蔣介石很清楚，在陸地上已經無法抵擋解放軍橫掃千里的攻勢；可是，他知道中共沒有空軍和海軍，他依恃自己並沒有受到損失的海空軍優勢，可以著意經營福建沿海的幾個島嶼作為台灣海峽的第一道防線，也作為將來反攻大陸的第一道跳板。金門對於蔣介石來說，太重要了！廈門丟失後，他讓湯恩伯退守金門，還連續給金門島增強守備力量。國民黨軍原負責防守金門的第二十二兵團，即李良榮兵團，加上剛從台灣調來的青年軍第二零一師，師長是鄭果。兵力總數不過二萬餘人。解放軍第二十八軍的攻金計畫，就在廈門戰鬥前根據金門島上這二萬餘兵力制定的。
廈門戰鬥後，蔣介石立即調整了部署，將胡璉兵團第十八軍的兩個主力師第十一師及第四十三師，從汕頭調到金門來增援。十月二十日左右，蔣介石又下令讓從汕頭調往舟山群島的胡璉兵團第十九軍，中途改航金門。蔣介石還考慮到湯恩伯自從長江防線及京滬杭守備，直至廈門防衛，連遭敗績，深恐金門島也會為湯斷送；因而決定及時換馬。蔣介石在胡璉的十二兵團從汕頭調往閩浙沿海途中，電召胡璉去台北，宣布胡璉以十二兵團司令官名義，替代湯恩伯擔任福建省主席，要胡死守金門。胡璉不敢怠慢，於二十四日晚間冒著風浪搭上一艘補給船駛往主門。胡璉兵團十九軍改航金門的船隊於二十三日已經駛近金門島外的海面，因遇颶風警報，風大下船不便，延遲至二十四日，轉船到大小金門之間避風，同時用駁船登陸。
對於金門島國民黨軍守備力量的驟增，解放軍第十兵團事先已有所了解。十月十三日，第二十八軍攻佔金門北面的大、小嶝島時，就抓獲了國民黨第十八軍主力第十一師的俘虜，其中包括第三十一團團長。經審問，知道胡璉兵團第十八軍的兩個師已經全部抵達金門。這一重要情報本該引起高度重視，可是部分領導主觀認為國民黨軍是要逃跑，而對這不合乎主觀意向的客觀情報未予重視，還懷疑俘虜供詞不可靠。
第二十八軍負責指揮作戰的肖鋒副軍長聽到俘虜供詞後，對原作戰意圖有了新的考慮，其他一些領導也提出疑問。問題反映到華東野戰軍主管作戰的粟裕副司令員那裡。粟裕立即感到金門作戰不可輕敵大意，曾特別指示：
（1）以原敵二十五軍一零八師一萬二千人計算，只要增敵一個團也不打；（2）沒有一次載運六個團的船隻不打；（3）要求蘇北或山東沿海挑選六千名久經考驗的船工，船工不到不打。可惜粟裕的這些指示事後並沒有落實。部隊登船時，已隨隊登船的副軍長肖鋒又接到兵團領導電話，告知金門守敵已增加了兩個團，並要肖鋒本人留下指揮。肖鋒因對原作戰意圖有新的考慮，當即對按原攻金計畫行動提出了疑問。肖鋒得到的回答是：決心不變。葉飛還堅持說：只要上去兩個營，肖鋒掌握好第二梯隊，戰鬥勝利是有希望的。
這天晚上的九點鐘，攻擊金門的第一梯隊三個主力團分別於澳頭東北海灣及大嶝島、運河一帶登船完畢，在夜幕的掩護下，隱蔽著向金門開進。這場解放軍步兵用輕武器乘木船，向有國民黨優勢兵力加上現代化海、陸、空立體防禦的島嶼進攻的金門之戰，開始了。
事後看來，登船和起航時間太晚了。既沒有制海制空權，又不能抓緊時間使部隊早些起航，以爭取到較多的夜間時間鞏固和擴大灘頭陣地，並爭取使船隻返回，在當晚運送第二梯隊。三個團從三處起航，組織不善，起渡地區又狹窄，船隻大半在午夜才開航，起航後又要到大嶝海面會合，再一起向金門開進，這就延誤了時間。雖然在開航後遇到有利的三四級東北風，但部隊登陸後不到四個小時就已經天亮。不僅船隻來不及返航運送第二梯隊，已上岸的部隊也未能有足夠的時間整頓建制、鞏固和擴大灘頭陣地，就面臨和國民黨軍聯合兵種的反撲作殊死的搏鬥。
當時解放軍部隊中只有第四野戰軍裝備有較多的遠射程炮，第三野戰軍缺乏遠射程火炮，登陸作戰中隔海擔負火力掩護的僅是八十餘門美製一百零五毫米榴彈炮和七十五毫米山炮，射程勉強達到金門北岸灘頭，準確性已經很低。第一梯隊的三個團，來自三個不同的建制師，沒有一個師指揮員隨同前往統一指揮，出現了各部不相統轄的現象，特別嚴重的問題，是部隊於二十五日二時登陸時，正值漲潮，國民黨軍設在海灘的鐵絲網和許多水下障礙物都被潮水覆蓋，許多登陸船隻船底被掛，船隻一時動彈不得，部隊只好下水前進；此時，船隊仍有返航的可能。然而第一梯隊沒有統一指揮，只在每船派有押船的幹部戰士各一名。這些幹部戰士見前面的船隻未返回，在海邊猶豫等待。部分新船工見炮火猛烈，自己就棄船跳海。無人組織船隻返航，錯過了漲潮高峰，海水退潮使已經搶灘的船隻和海邊其它船隻因未及時返航，全部擱淺在沙灘上。二十五日天大亮時，所有的木船都暴露在無遮無掩的沙灘上。國民黨軍指揮反撲的第十八軍軍長高魁元，除了用炮火轟擊船隻，還專門派了兩個團去執行燒船任務。經過激戰，國民黨軍逼近了船隻，他們朝木船傾倒帶去的汽油、花生油，放火燒掉了所有的木船。隔海看到的是沙灘成列的木船在海風中起火燃燒。沒有了船隊，使在岸邊待命的第二梯隊四個團無法增援！原定的作戰部署已不可能實現。這就造成了已登陸的第一梯隊在金門島上孤軍浴血奮戰。當時在大陸岸邊指揮的第八十五師師長兼政委朱雲謙一輩子都無法忘記他看到的情景。朱雲謙後來回憶說——
我們眼看著船隻被燒