謊言是人類獨特的語言，卑鄙的秘密構成了這個世界。
全日本地底下，有無數條理也理不清的快速鐵路與秘密車站，並沒有出現在地圖上任何一個地方，傳說那些鐵路配置位於一般地鐵層的更下方，也有傳說聲稱那些鐵路配置與一般系統其實是平行、相互連通的。
許多試圖研究日本、尤其是東京地底祌秘的地下鐵世界的地理學者與於神秘學作家，在比對了城市區域用電量、實際的城市區域發展狀況，老舊的都市設計圖後，都言之鑿鑿：有個世人所不知的地下世界，以非常誇張的姿態蓬勃著。
如果存在，那個地底世界意味著什麼呢？
「肯定是武裝嚴密的巨大倉庫。」一個東大教授在靈異談話節目中高談闊論。
「倉庫？」主持人。
「沒錯，二次世界大戰後，日本的經濟能夠快速復甦一躍成為亞洲經濟首強，那些偷偷藏在地下，從東亞、東南亞各國劫掠而來的貴重物資發揮了不小的作用。」東大教授壓低聲音，嚴肅說道：「根據我曾看過的秘密資料指出，在戰爭尾聲我方軍部與麥克阿瑟的談判里，保留這些巨額搜刮是日本同意投降的背後主因。」
「所以地底城的存在，就是政府用來藏放大量黃金、寶石的庫房羅！」主持人順勢結論。
「對不起！我實在無法同意！」另一個特別來賓，搞笑歌手手丸山大夫打斷。
「喔？」東大教授皺眉。
「哪有這麼多的金銀財寶可以堆滿地底城啊！地底城如果真這麼大……」丸山大夫雙臂一展，看著鏡頭誇張說道：「肯定是政府正在製造可怕的武器！例如無敵鐵金剛、鋼彈之類的超級人形武器！所以才需要那麼大的地底城安置研究人員跟奇奇怪怪的高科技實驗啊！不然哥吉拉真出現的話，誰來保護地球啊！」
主持人與所有來賓哈哈大笑，邊嚴肅的東大教授也不禁莞爾，輕鬆的氣氛下，大家開始說起不負責任的玩笑話來。
「這麼說起來，在地底城裡研究外星人的飛碟也是不無可能的啊！」
「研究外星人科技？的確是見不得光的機密啊！」
「地底不見光，說不定是政府研究吸血鬼的最好場所喔！」
「吸血鬼？搞不好終日見不得陽光的地底下，還真有個吸血鬼的大帝國……」
在那一瞬間，節目畫面突然中斷，卡進了賣飲料的廣告。
……足足卡了十七分鐘的廣告。等到廣告結束，早已換成下一檔節目。
對於地底層的存在，「否認」是當局唯一、也是理所當然的政策，就如同美國政府長期否認「51區」與外星人科技的關係。在當局以無可奈何的苦笑拒絕回應這些「謬論」的同時，那些「言之鑿鑿」的學者專家無一不離奇失蹤，或死於可怖的意外。
首屈一指的動畫大師宮崎駿一，原本用「東京的翻轉：地底城」當作生平監製的最後一部動畫的主題，卻在發布消息的記者會舉行到一半時，突然大叫一聲：「這是什麼！這個世界上怎麼可能會出現這種怪物！天啊！別過來！別過來！你們全都沒有看見嗎！」記者瞠目結舌，卻也沒忘記拿起照相機對準失態的宮崎駿一。就在鎂光燈此起彼伏落打在宮崎駿一驚恐的臉上時，宮崎駿一開始在記者會上狼狽逃命，完全沒有大師風範。最後放在報紙頭條上的照片，是宮崎駿一衝破玻璃帷幕，從三十五層樓高的大孤天空之城躍下的瞬間。
最後那部什麼「東京的翻轉：地底城」的消息也無寂而終了。
冥冥中，祌秘的力量主宰著日本地底的種種，但關於由無數意義不明、龐大複雜鐵道構築而成的地底世界傳說，並沒有因此銷聲匿跡，反而透過那些怪異的慘劇更加活絡，形成一股地下謠言文化的勢力。
「涼宮，你聽說過在日本的地底下，有個恐怖的黑暗世界嗎？」
「嘖嘖，久美，你在胡說什麼啊？」
晚上七點。
京都，鳥丸線，鞍馬口地鐵站。
月台上人說多不多，說少不少。
一個高中女生看著車站隧道的深處，另一個高中女生則專註地玩著手機。
「告訴你哦，我最近參加一個網路上的秘密論壇，是關於日本地底城的傳說的網站，裡面的討論每天都很熱烈，還有人想成立探險隊到廢棄的隧道看看呢。」女孩若有所思。
「拜託！那些都是可笑的謠言吧！」她還是專註的玩著手機。
「……喂。」女孩小心翼翼。
「嗯？」
「那網站昨天被抄了耶！」女孩壓低聲音。
「所以呢？」她不解。
「如果不是真的，怎麼會平白無故被關站呢？」女孩瞪大眼睛。
「你的邏輯好奇怪喔。」她還是滿不在乎，眼中只有兩寸半的手機屏幕。
「不過我已經報名了探險隊！」
「你瘋了嗎？探險隊里有帥哥嗎？」
「才不是這樣呢。」
兩個高中女生有一搭沒一搭聊著天。
男孩站在後頭，豎起耳朵聽了幾句。
「是假的啦。」
兩個高中女孩同時回頭，只見一個帥氣的男孩咧開嘴，拉拉肩上的背包帶笑道：「高中女生有這麼好騙嗎？用屁股想也知道根本沒有什麼地底城，隨便參加神秘的探險隊，會被壞壞的男生拖到沒有人的隧道里做色色的事喔！」
什麼啊？這傢伙用不純正的日語在胡說八道什麼啊？
「看過《二十世紀少年》嗎？」綁著馬尾的男生嬉皮笑臉說道：「不要捲入這種——普通地活動下去，也是非常重要喔。」豎起大拇指。
長得帥卻是個ACG宅男……不要理這種人的搭訕。
兩個女孩互相看了一眼，有了共識。
一隻蜜蜂停在涼宮的手機上。
「討厭。」涼宮嫌惡的搖晃手機，脖子一縮。
蜜蜂嗡嗡飛向男孩。
男孩輕輕吹氣，氣流震得蜜蜂差點暈落。
隧道裡頭的空氣嗚咽著。列車進站。月台上人不多，車廂卻已半滿了下班下課的考勤族，大家只有盡其所能將自己塞進裡頭。
緊跟著兩個高中女生，男孩也面帶笑容擠了進去。
列車關上門時，蜜蜂從將閉的縫中鑽進。
男孩勉強靠在兩個女生的前面，單手抓著吊環。沒多久兩個高中女生就發現男孩身上的背包出現奇怪的蠕動。
是什麼東西？偷偷帶著寵物嗎？不會悶死嗎？
還是別多管閑事吧。
兩個女孩互相看了一眼，又有了第二個共識。
列車在隧道里前進著，不知是否錯覺，列車速度好像比平常要慢許多？久美胡思亂想著，頭開始有點暈。是人太多了，所以過濃的二氧化碳讓她感到不舒服嗎？久美靠著身邊的涼宮，涼宮也是昏昏欲睡地看著手機里的簡訊。
嗡嗡嗡嗡，久美看見剛剛那隻迷途的蜜蜂也在電車上，飛著飛著，最後停在涼宮的頭髮上……大概是涼宮今天擦的香水是玫瑰花香的關係吧，哈哈，久美逗趣地想著，懶得幫涼宮揮手驅趕無害的蜜蜂。
列車進行著，行進著，行進著。
車上有不少人開始睡覺，站在前面的古怪男孩甚至誇張地流出了口水。
久美也好睏。今天實在不宜再熬夜玩電腦了。
列車的速度好像越來越慢了。
喀喀，喀喀。
底下軌道發出奇怪的機械聲，隱隱一震，久美哆嗦了一下。
說也奇怪，這麼久了，車子不是應該經過今出川站，然後停下嗎？
還是已經停過了今出川，但自己太想睡所以恍神沒注意？
勉強睜大疲倦的眼睛一看，這隧道的「感覺」好像跟平常不大一樣？
但哪裡不大一樣，久美也說不上來。
意識逐漸朦朧中，久美眯成一線的眼睛看見黑色的車窗倒影里，所有人，站著的，坐著的，全都朝向右邊微微斜傾。
一股強烈的不安從心裡浮起，搔弄著久美。
不行，她一定要弄個清楚。
「涼宮？車子好像往下……往下耶？」
「……」
「你感覺到……嗎？」
「……」
「涼宮？」
「……」
久美沒有問第四次，因為她也睡著了。
原本停在涼宮頭上的蜜蜂，也勾夾在頭髮中一動也不動了。
列車突然緩緩加速，在行駛了三分鐘後規律減速，停在奇怪的黃昏月台邊。
月台上的LED燈牌，顯示「KYOTO''s B7」字樣。
月台上，早就有幾個戴著防毒面具的紅衣人員在等待著。
列車車門打開，紅衣人員迅速走進列車，對乘客進行某種標準的「挑選」。
只要是年輕，看起來挺有活力的乘客，就會被紅衣人員有條不紊搬