與eBay的戰鬥勝負已定，但馬雲並沒有心情來回味成功的喜悅。
從2006年5月10日開始，馬雲一直如坐針氈，因為淘寶網正遭遇用戶鋪天蓋地的抗議與指責，甚至約定要在6月1日公開開展抗議活動。
用戶抗議的是淘寶推出的一項名叫「招財進寶」的活動。這個活動使得那些願意付費的賣家，能將自己的商品放在淘寶更加有利的位置。依靠免費戰略打敗了eBay的淘寶卻公然開始收費了，用戶紛紛質疑馬雲背棄了淘寶三年免費的承諾。
此時，淘寶網也滿腹委屈。張宇辯解道，「招財進寶」只是淘寶網生存模式的一種探索，淘寶網依然堅持免費模式，「我們確實是對所有的人都免費，我們也需要生存下來，我們也要探索，各種各樣我們可以生存下來的模式」。
5月31日凌晨，馬雲以「風清揚」的ID在淘寶論壇發表署名文章「擁抱變化」，希望能獲得用戶的理解——
沒想到這事搞得這麼大，我覺得我們確實有很多地方做得不夠好，產品本身也還不夠完善，溝通也不對，我在這裡再次向大家表示深深的歉意。
面對各種無法控制的變化，真正的創業者必須懂得用樂觀和主動的心態去擁抱變化！當然變化往往是痛苦的，但機會卻往往在適應變化的痛苦中獲得！
但是憤怒的用戶並不買賬。作為淘寶的老用戶，中國網商聯盟王先標說出了部分用戶的心聲，他認為用戶的這次抗議是對利益的捍衛，「淘寶有40萬家店鋪，我們不能允許淘寶拿著這40萬人的利益一意孤行」。
擅長從商業文明等形而上且宏大視角切入的馬雲，堅持強調，「招財進寶」只是一個理念，是為了規範淘寶網這個龐大繁蕪的市場，是為了滿足人們的需求，實現優勝劣汰，讓好的商品優勝劣汰。而用戶根本不理會馬雲的「良苦用心」，他們在憤怒中只看到了霸權、失信等一系列商業污點。
淘寶自誕生以來最大的一次危機正在快速發酵。
2006年6月1日，杭州陽光明媚，而馬雲的心跌到了谷底。從零點開始，超過三萬名淘寶網用戶如約開始了自己的抗議活動。他們從支付寶取走了所有存款，從淘寶網下架正在出售的商品。
用戶倒戈，對於電商是個非常危險的信號。對此，黃若深有感觸：「就是說任何一個平台，其實你是靠服務吸引了無數買家、維持了無數賣家生存，所以這個平台最大的噩夢是什麼？突然有一天人家不跟你做生意了。就是突然間所有人說我今天不開張了，不做生意了，你這個平台就一點價值都沒有。」
此時最讓馬雲揪心的不是用戶的網上罷市，而是一隻來自本土的企鵝——騰訊。2006年的中國，超過2億的用戶通過騰訊的QQ軟體在網上聊天。電子商務如火如荼，也讓巨無霸騰訊看到了商機，董事會主席馬化騰和騰訊電商控股公司CEO吳霄光認為，騰訊具備與電子商務完美嫁接的潛質，「隨著用戶花越來越多的時間在QQ，我們也發現，我們還是可以不斷地延伸這個平台，除了娛樂服務以外，生活化服務也是一個重要的市場。就是進入到電子商務這個領域」。
就在淘寶用戶群情激昂的節骨眼上，在騰訊新開張的拍拍網上，一項針對淘寶的「螞蟻搬家」活動正在如火如荼地進行。拍拍網的運營模式幾乎和淘寶一模一樣，但是馬化騰承諾將免費進行到底，來吸引淘寶商家的入駐。
「螞蟻搬家」對馬雲的威脅比用戶的抗議更大。DCCI互聯網數據中心創始人胡延平提醒電商，互聯網的便捷性大大削弱了電商與客戶之間的黏性，「對消費者來講，在互聯網上是高度遊離的，消費者的選擇權隨時隨地地掌握在消費者自己的手裡面」。而且，用戶「倒戈」無需大動干戈，只需動動滑鼠，用黃若的話來說，「電商對於所有的消費者來講都是等距離的，就是每一個電商公司，給你的距離就是一個滑鼠的距離」。
下午兩點鐘，隨著抗議活動愈演愈烈，馬雲將決定權交還給了用戶，通過投票來決定「招財進寶」項目的生死。10天過後，30萬淘寶賣家中61%支持廢除 「招財進寶」，而這距離淘寶開始收費，僅僅一個月時間。
對此，淘寶網亦百感交集。投票結束的時候，這些七尺男兒竟淚濕眼眶。電商希望能獲得忠誠的用戶，但忠誠本身就是一種交易。只有電商首先做出承諾，並且恪守承諾，才能換來用戶的信任。
淘寶承諾繼續免費，也讓拍拍網失去了趕超的機會。
騰訊電商控股公司CEO吳宵光並不掩飾拍拍網的高度複製性，「你要想刻意地說你跟別人不一樣的話，反而有可能讓你犧牲了用戶的價值，有些東西，用戶的需求，你繞不開，你應該去做同質化的競爭」。
黃若指出，缺乏創新是拍拍網的軟肋，「他們不溫不火最主要的原因就是，他們沒有從一個創新的角度，尋找一個新的行業格局的角度，而只是跟著淘寶走亦步亦趨。我覺得這種我還是很相信一句話叫開局決定結局」。
在淘寶與騰訊纏鬥之時，其他對手並沒有放慢追趕的腳步。從北京中關村脫穎而出的京東商城，2010年網上銷售額突破了100億元大關。在沃爾瑪的支持下，1號店每月用戶增長超過了20%。2013年初，eBay又殺馬回來，戰略投資深圳本地電商走秀網。
而更加現實的挑戰來自移動端，誕生才兩年的手機微信，迅速吸引了4億用戶，它甚至改變了用戶使用手機的姿勢。隨著微信開始涉足電商，騰訊收購易迅網，馬化騰又一次讓馬雲不安起來。
上一輪的電商大戰硝煙還未散去，新一輪爭奪用戶的競爭，又在一個全新的維度上拉開了帷幕。