朱鎔基上任之後，即以霹靂手段整頓經濟秩序，他採用銀行注資周轉和政府直接干預的方式，解決了國有企業之間的「三角債」難題，快刀斬亂麻的手法讓人耳目一新，隨即他兼任中國人民銀行行長，對民間融資行為進行嚴厲打擊，在爭議頗大的沈太福集資案中，力排眾議，將沈太福處以極刑。1993年，中國經濟再度出現投資過熱，上半年全國固定資產投資增長69%，生產資料價格總指數上漲44.7%。國務院出台「國十六條」緊急「降溫」，其中包括：提高存款和貸款利率，全面削減基本建設投資，重新審査地方批准的經濟開發區，整頓海南、廣西北海以及上海的房產投資熱。這些措施呈現出行政主導、積極干預的明顯特徵，並迅速取得成效。
在這一過程中，中央政府形成了新的改革思路，在決策層看來，走過了15年的漸進式增量改革之路後，應該進入整體改革的新階段，經濟體制乃是一部配置資源的機器，長期在體制外打「外圍戰」會帶來一系列的問題，因此必須把改革的對象與重點放在體制之內，使之與蓬勃發展中的、市場化的體制外力量形成制度性的匹配。1993年11月14日，中共中央十四屆三中全會召開，會議通過了《中共中央關於建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》，明確提出 「整體推進，重點突破」的新改革戰略，宣布未來的改革將不只在邊緣地帶進攻，而且要在國有部門打「攻堅戰」。
在這一戰略的引領之下，吳敬璉等人提出的整體配套體制改革方案被接納，中央政府圍繞價格、財政和稅收三大主題，實施了一系列的重大變革，主要政策安排包括以下五個方面。
其一，建立新的財政稅收體制。將沿用多年的財政包干制改造為新的分稅制，從而改變中央政府與地方政府的財政及稅收關係。
其二，啟動金融—銀行體系的改革。建立在中央政府領導下獨立執行貨幣政策的中央銀行體制，推進現有國有專業銀行的商業化經營和商業銀行的多元化。
其三，進行外匯管理體制改革。宣布取消雙重匯率制，自1994年的1月1 曰起，兩種匯率實行並軌，實行「以市場供求為基礎，單一的、有管理的浮動匯率」，人民幣兌美元的匯率定為8.72：1，比之前的官方匯率5.7：1貶值33%。
其四，推進國有企業的改革。建立以股份制改造為目標的現代企業制度。
其五，建立新的社會保障制度。實行社會統籌與個人賬戶相結合的城鎮職工養老和醫療保險制度。
這些政策中，最為引人矚目的是分稅制的提出，它對後來的中國經濟格局影響最大，同時，也最具有爭議性。
以分稅製取代財政大包干制，目的就是改變中央政府在收入分配上的被動局面。在朱鎔基和他的幕僚們看來，中央與地方政府的財權和事權必須進行重新的「合理設置」，否則，宏觀調控將缺乏堅實基礎。如果中央政府在改革中行動遲緩，地方則積極試點和力求擴展，那麼，加快改革很容易被理解為自下而上地衝破中央的領導和管理。
1993年7月23日，朱鎔基在全國財政會議上首次正式提出分稅制的想法，一個多月後，分稅制改革的第一個方案出台，中央將稅源穩定、稅基廣、易徵收的稅種大部分上劃，消費稅、關稅劃為中央固定收入，企業所得稅按納稅人隸屬關係分別劃歸中央和地方；增值稅在中央與地方之間按75：25的比例分成。為了說服各省，朱鎔基在隨後的兩個多月里，奔波全國，一一說服，其間頗多拉鋸、妥協。那段時間，朱鎔基壓力非常之大，到處都是反對之聲，他首站去的就是在財政大包干制度下得益最大的廣東省，自謂「不入虎穴，焉得虎子」。朱鎔基成功地說服了廣東省，作為「代價」，他同意將土地出讓收入部分歸於地方政府，這為日後的「土地財政」埋下伏筆。
分稅制的實施成效非常顯著，在這項制度執行的第一年——1994年，中央的財政收入比上一年猛增200%，在全國財政總收入中所佔的比重由上年的22%急升至56%，但財政支出在全國總支出中所佔的比重比上年只增加2%。
分稅制的推行是改革史上一個轉折性的事件，它帶來的最重要的結果，是中央在經濟權力和利益的分配中重新獲得主動權。從1995年到朱鎔基退任的2004年，中央財政收入平均占國家財政總收入的52%，但財政支出平均只佔國家財政總支出的30%。
在制度原理上，分稅制是一項聯邦財稅制度，世界上大多數市場經濟國家均採用不同形式的分稅制，然而這一制度在中國卻發生「變異」，成了中央實現經擠集權的手段。作為分稅制的首倡者之一，吳敬璉在晚年對這一制度的實行現狀非常不滿，在他看來，推行分稅制的前提是必須清晰地劃分中央與地方的事權和支出分配，然而這兩項都被刻意地「迴避」了。
首先是事權不清，特別是中央政府，將公共服務部分的大部分支出轉嫁到了縣以及縣以下的政府頭上，以2004年為例，地方財政收入在全國財政總收入中約佔45%，但財政支出卻約佔全國財政總支出的約72%。在教育事業費上，中央財政支出219.64億元，而地方財政支出3146.30億元，是中央的14倍多；社會保障補助方面，地方財政支出是中央的近7倍；支農支出是中央的10佶。在中央上收省里的部分稅權的同時，地方也上行下效。省里上收地市政府的財政稅收，而地市一級就上收縣鄉財政稅收，其結果是，省級以下地方政府的財權只餘下不到17%的水平，卻要負擔80%的民生和絕大部分公共事務的支出。由於「支出責任」的過度分散化，逼得地方政府不得不把自己變成「企業」去賺錢。
其次是轉移支付制度不完善，中央將大部分稅收持於手中，卻不公開財政支出細目，拒絕建立對話協商機制，應轉移到地方的那部分從來不與地方討論，不接受監督，而是以「項目建設」的方式落實，投資及決策權力集中於國務院的發展改革委員會及各大部委，地方政府毫無話語權，只好在北京設立「駐京辦」，出現了所謂「跑部錢進」的惡劣局面。地方一「跑部」，中央的權威當然就至高無上了。
這兩個問題，直白地說就是：地方把大部分的錢交上去了，但要花的錢卻越來越多，中央把大部分的錢收上來了，但怎麼花卻從不跟地方商量。C.E.林德布洛姆在《政治與市場：世界的政治—經濟制度》一書中指出，政治權力制度在更宏觀的層面上為經濟運行規定了一種基本環境，形成了所謂的「統率性規則」。 基於聯邦政體的稅制在中央集權政體的中國發生「變異」，正是這一規則的生動體現。