改革行至1984年前後，隨著權力下放及經濟復甦，各種新的治理難題層出不窮，在決策層和理論界發生了重大的爭論和分歧，其主題是：哪裡是改革的主戰場。在這一年月頒布的《中共中央關於經濟體制改革的決定》中，改革主題被描述為：「增強企業活力是經濟體制改革的中心環節，而價格體系的改革則是整個經濟體制改革成敗的關鍵。」 那麼，「中心」與「關鍵」哪個更優先，孰重孰輕，竟沒有明確定義。在這一問題上的猶豫及搖擺，導致了數年後的一次重大挫折。
一派意見認為，改革的主戰場應是企業制度的股份制創新，是為「企業主體改革派」，代表人物為北京大學的厲以寧教授。
在中國經濟學家中，厲以寧是最早提出企業改革必須走股份制道路的人之一，因此，他被稱為「厲股份」。在他看來，計畫經濟的最大弊端是剝奪了企業自主創新的動力，從而扭曲了資源的市場化配置，因此，全部經濟體制改革的核心，必然是企業制度本身的重新改造，即財產關係的改造，換而言之，只要把企業「還」給了市場，經濟體制自然將實現轉軌。1987年年底，厲以寧向國家體改委提交《1988—1995年我國經濟體制改革綱要》，給出了完成企業改革的「八年時間表」：1988年至1990年，完善與發展企業承包制，股份制繼續試點；1991年至1992年，承包制向股份制過渡；1993年到1995年，企業實行較全面的股份制，普遍建立控股制的企業集團。在這八年的時間裡，企業改革的重點應逐漸由承包制向股份制過渡，由低層次的經營機制與產權關係的改革向高層次的經營機制與產權關係的改革過渡。
另一派意見認為，中同的經濟改革靠企業制度的「單兵突進」難全其功，因此必須整體思考，配套進行，是為「整體協調改革派」，代表人物為國務院發展研究中心的吳敬璉。
在吳敬璉的構思中，改革不僅是一場破除舊體制的深刻革命，而且是一項建設新經濟體系的宏大工程。這個體系主要是由自主經營、自負盈虧的企業，競爭性的市場體系和主要通過市場進行調節的宏觀管理體系三者組成。這三個方面是相互聯繫、密不可分的。只有這三個支柱初步樹立起來，這種經濟體系才能有效率地運轉。因此，經濟改革必須在這三個方面同步配套進行。
1986年年初，吳敬璉向中央提出了一份改革路線圖，其中包括三個環節：
第一個環節，增強企業的自主權和經濟責任。國有小企業可以放開改革，大企業則逐漸實現市場化，取消行政性公司，實行股份制、資產經營責任制。
第二個環節，競爭性市場的建立和進一步完善。建立經營大規模批發業務的經濟實體，抓緊反對壟斷、保護競爭的立法，防止市場割據形勢的發展。
第三個環節，建設新的宏觀調控體系。包括改進財政稅收體系，將「分灶吃飯」的財政體制推進到「劃分稅種，核定收支」的新階段。
在以放鬆管製為改革主題、強調「充分放權」的20世紀80年代，吳敬璉的方案意味著中央政府必須加強宏觀調控的能力並擴大宏觀調控的範疇，因而帶有重新集權的色彩，這無疑觸及了中國經濟治理的一個古老的核心命題。在耶魯大學進修過的吳敬璉提出了一個很有技巧性的「集—放」分權理論。
他並不籠統地提倡放權或收權，而是分離出「行政性分權」和「經濟性分權」 兩個概念。所謂「行政性分權」是指中央把權力下放給省、市、縣，由地方行政機構管理經濟；「經濟性分權」是指將過分集中於行政主管機關的決策權下放給企業。吳敬璉認為，當前的中國改革，行政性分權步子邁得太快，而經濟性分權則遠遠不足，「行政性分權充其量只不過使企業從原來中央機關的附屬物變為地方行政機關的附屬物，並不能使企業成為獨立的商品生產者，也不能改善經濟機制。在命令經濟框架下實行層層分權，其結果只能是政出多門，使整個經濟 陷於混亂」。因此，他認為「分權的命令經濟是一種最壞的命令經濟」。由以上的理論闡述，吳敬璉得出了一個重要結論：不應當籠統地把改革的目標定為「分權」，而應當區分性質不同的「權力」，行政性權力需適當集中，經濟性權力則應充分下放。既然中國改革的正確方向是建立市場型經濟，應當追求的分權就只能是經濟性分權，而不能是行政性分權。吳敬璉的這一經濟結論與當時思想界頗為流行的新權威主義相當暗合。
對於「企業主體改革派」的意見，吳敬璉認為，單搞企業改革，無論什麼方案，都是不足夠的，因為「如果企業不是在競爭性市場的約束下進行經營活動，沒有競爭壓力，無論建立怎樣的產權制度，企業都不可能真正具有活力」。相反，厲以寧則對「整體協調改革派」表達了鮮明的反對立場。就在吳敬璉遞交了配套改革方案不久後的1986年5月，他面對上千名聽眾和眾多媒體記者說：「中國經濟改革的失敗可能是由於價格改革的失敗，而中國經濟改革的成功，則必須取決於所有制改革的成功。」
面對這兩種針鋒相對的改革意見，中央決策層表現得搖擺不定。 厲以寧被要求先在重慶、蘇南和上海進行股份制試點的實驗，而吳敬璉的方案在6月份的國務院會議上先被肯定，後遭擱置。兩大改革流派在20世紀80年代中後期的這場論戰，在改革史上影響深遠。中國的經濟改革如同一盤不得悔棋的棋局，誰也無法回到過去再次復盤，甚至，在後來的時間段里，即便再重新找回當年的思想，也因時空的斗轉、條件的變幻、民眾預期的不同而失去了現實的意義。
他們的方案可能都是走得通的。如果按厲以寧的思路堅決地走下去，企業主體在產權意義上被徹底解放出來之後，自然會對政策環境產生巨大的變革衝擊，宏觀經濟的市場化任務很可能因此完成。而如果按吳敬璉的思路堅決地走下去，通過行政性集權的方式推進宏觀環境的市場化和法治化改造，經濟改革的任務也很可能因此完成。
他們的方案也可能都是走不通的。因為，吳敬璉、厲以寧基本上都是在經濟體制改革的範疇內思考出路，而波蘭人布魯斯早在1979年就告誡過中國的同行們：經濟體制改革要以政治體制改革為條件，必須從制度上採取措施，才能保證不再回到舊軌道上去。歸根結底，改革是政治和社會問題。