法國思想家托克維爾嘗言：「對於一個壞政府來說，最危險的時刻通常就是它開始改革的時刻。」 洋務運動在實務層面取得了重要的成就，它全面重構了中國的產業格局，打下了一個基本完備的工業化基礎，洋務派修建了鐵路，架設了全國性的電報網路，建成了亞洲最大的鋼鐵聯合體和船舶製造工廠，創辦了銀行和保險公司，勘探及開發全國礦產，擬定了第一份股份制公司章程，催生了第一部《公司律》。但是，洋務運動的先天性缺陷使它無法讓中國真正地告別過去，我試從制度建設的角度提出它的四條缺陷。
其一，缺乏制度上的頂層設計。
與之前乃至以後的經濟大變革相比，洋務運動最特別之處是，它並非由中央政府自上而下地發動，而是由一些在地方任職的漢族官員自發地、缺乏組織性地各自展開，李鴻章、張之洞、左宗棠、袁世凱、盛宣懷等洋務派官員從來沒有真正執掌過朝政，而慈禧及滿族大臣則首鼠兩端，一味以「維穩」為第一要義。因此，洋務派無法從體制設計的高度來完成制度性的頂層設計，變革的隨機性很強，常常因人而異，非常容易變型或被打斷。
其二，從未涉及財政、貨幣和土地政策。
這三大元素是歷代經濟變革的核心命題，成敗得失俱因之於此。可惜的是，整個洋務運動時期，財政狀況持續惡化，白銀體系風雨飄搖，土地改革無從談起，所有的變革只密集地發生在工業經濟的領域裡，我們可以視之為「增量改革」，而增量對存量沒有形成根本性的替代效應，因此，變革雖然轟轟烈烈，卻無法造成社會機制的轉變，李鴻章晚年自嘲為風雨飄搖中的「裱糊匠」，確是實情。
其三，洋務運動不是一個普惠性的經濟振興運動。
從四大利益集團的獲益分配來看，洋務運動本質上是一次有利於地方和工商階層的分權式改革。對於億萬基層民眾來說，經濟改革如久旱聞雷聲，雷聲頗隆，卻滴雨未落，因此缺乏對改革的支持熱情。尤為關鍵的是，中央政府從來沒有在改革中得到經濟利益，在整個工業化過程中，朝廷的收入仍然依賴於農業稅、鹽稅和關稅，在最高執政集團看來，他們既要承擔改革的成本風險、制度風險，又要承擔道德風險，卻看不到政權因此鞏固的跡象，甚至到後期，改革訴求已儼然危及政權本身。所以自始至終，朝廷一直對改革抱持敵意和戒心，成為最被動的一個集團。相對的，那些啟動或參與改革的人倒成了最大的獲利階層，盛宣懷、李鴻章家族都因此富甲一時，成了權貴貪腐的典型。
其四，現代化有餘，現代性不足。
任何經濟變革都是政治理念在經濟領域的投射性體現，經濟制度是政治制度的影子，影子無法背叛本體。早在19世紀70年代，李鴻章就汄定「中國文武制度，事事遠出西人之上，獨火器萬不能及」。到1894年，張之洞仍然提出「中學為體，西學為用」，二十餘年思想幾無進步。因而，政治體制的改革嚴重滯後。等到民間喧囂於立憲之際，政府卻沒有任何的預備，一味拖延彈壓，導致溫和改革的「時間窗口 」猛然關閉。