洋務運動的第二個小高潮出現在1894年。
甲午戰敗給全體國民以極大剌激，梁啟超嘗言：「喚起吾國四千年之大夢，實則甲午一役始也。」從此，以知識分子為主的維新派取代以中高級官吏為主的洋務派，成為變革的新主流，而工業化運動也由政府推動進而變為民間崛起。據汪敬虞在《中國近代經濟史》中的統計，從1895年到1898年的4年中，全國各省新開設的資本萬兩以上的廠礦共62家，資本總額1246.5萬兩白銀，遠遠超過甲午前20餘年的總數，從增長速度來看，平均每年設廠數超過甲午前的7倍，平均每年的投資數則超過15. 5倍。
對於四大利益集團中的有產階層而言，劃時代意義的變化是出現了高級知識分子集體下海經商的景象，這其實意味著中國資產階級作為一個有獨立思考能力的群體的正式出現，其標誌性的事件有二。
一是南通人張謇創辦大生紗廣。這位1894年的恩科狀元以「捨身喂虎」的勇氣下海經商，並在短短几年內創建十餘家關聯企業，成為全國最大的紡紗工廠和民資集團，其對社會的激蕩效應難以估量。費正清在談及「張謇現象」時指出，19世紀末，其實中國還沒有資產階級，「相反，正是這些維新派首創了資產階級，或者可以說是發明了資產階級。像張賽等士紳文人在中日甲午戰敗以後之所以突然開始投資辦現代企業，主要是出於政治和思想動機。他們的行動是由於在思想上改變了信仰或者受其他思想感染所致。……中國的資本主義長期以來具有某種出於自願的理想主義的特點」。
二是商人在「東南互保」中扮演重要角色。1900年，北方爆發反對帝國主義列強的義和團運動，慈禧試圖借勢驅洋，貿然對列國開戰，八國聯軍攻入北京， 慈禧攜光緒西逃，是為「庚子國變」。為了防止戰火南延，李鴻章、張之洞、劉坤一及袁世凱等南方四大總督對列國提出「自保疆土，長江及蘇杭內地的外國人生命財產，由各督撫承諾保護，上海租界的中外商民生命財產，則由各國共同保護」的「東南互保」方案，張謇、盛宣懷、湯壽潛和沈曾椬等人以民間身份斡旋於四大督撫和八國公使之間，最終達成妥協。在近現代史上，這是新興的企業家階層第一次公開參政，在政治上展現了自己的智慧和能力。同時也意味著中央政權至高無上的權威已經瓦解，皇權隕落，只是一個時間和方式問題。
「庚子國變」後，清廷簽下了喪權辱國的《辛丑條約》，向列強賠款4.5億兩白銀，分39年付清，本息共計9.8億兩，當時清政府的年財政收入約為8800萬兩，也就是說，條約規定的賠款相當於11年的全國財政收入總和，中央財政已實質性破產。代表朝廷簽約的李鴻章被國人視為「千古罪人」，過去30餘年致力於實業興國的洋務派在民間信用盡喪。
此後，慈禧突然「激進」地推動制度建設和經濟開放。1903年7月，朝廷設立商部，成為中央政府制定商事法及相關法律的主要機構，1904年1月，頒布《欽定大清商律》，包括《商人通例》9條和《公司律》131條，這是現代意義上的第一部公司法。之後又相繼頒布《破產律》和《試辦銀行章程》、《大清礦務章程》等。這些法律的擬訂和發布，建立了第一套比較完整的商法體系，意味著在中國沿襲千年的特許主義，被現代商業的準則主義取代。在政策推動下，「民之投資於實業者若鶩」，公司創辦數量超過了洋務運動30年國家投資的總額。日本的中國問題專家安原美佐雄因此斷定，1905年是中國現代工業發展的新起點，即從「國家興業時代」進入到了「國人興業時代」。
同時，商部還仿照西方國家和日本的商會模式，頒布實施《商會簡明章程》，倡導各地商人設立商務總會和分會。在此後的數年內，各地商會如火如荼，其而控制產業及輿論，甚至部分地承擔了政府的經濟管理功能，成為一股活躍於民間的獨立力量。1907年，全國80個重要的城市商會代表聚集上海，倡議成立了華商聯合會，全國商會息息相關，聯成一體。到1911年，全國各種商人組織近2000所，會董2.3萬人，會員達20萬人之眾。
在商人階層壯大及獨立的同時，知識精英也被「釋放」到體制之外。在1905年，最重大的國內事件是廢除有1300年歷史的科舉制度，其決策過程非常匆忙，9月，張之洞、袁世凱等人會銜上奏，當月慈禧就下旨准奏。廢除科舉制一方面比中國精英階層從落後、刻板的孔孟儒學中徹底解放出來，在知識體系和思想體系上向現代文明靠攏；另一方面，也意味著集權者失去了對全民思想及精英階層的控制。科舉制的廢除，熄滅了一代知識青年對帝國的最後一絲眷戀，精英階層從科舉的既定軌道中散溢出去，很快衍生了一股反對的、無從把控的力量。一個可比照觀察的事實是，1977年，中國進行改革開放之初，最早的一個變革措施就是恢複高考制度，將潛在的不滿及反對力量納入統治體系之內。在 敏感的社會轉軌時期，一廢一復，頗可參研。
當商人與知識精英在體制的大門外「會師」之後，對既有權力結構的挑戰便成為必然。