如果說最高當局在意識形態上作繭自縛，那麼，開明的洋務派則受困於官民之爭。這在輪船招商局一案中淋漓體現。
1872年，李鴻章為了在長江航運中抵抗外國輪船公司的勢力，決意創辦輪船招商局。籌備之初，面臨缺錢少人的困境，李鴻章授意盛宣懷擬定章程，提出「官督商辦」的企業制度，「由官總其大綱，察其利病，而聽該商董等自立條議，悅服眾商」。這是近代中國第一個規範意義上的公司章程，意味著政府與商人在資本的意義上第一次實現了對等。在李鴻章、盛宣懷的感召下，唐廷樞、徐潤、鄭觀應等著名買辦相繼入局，投資並致力於公司的經費。經過十年左右的經營，輪船招商局在長江航運業務中擊敗美國和英國船務企業，取得驕人業績，李鴻章視之為從事洋務事業後的「最得手文字」。
在民間資本和人才的熱烈參與下，十多年的時間裡，從造船業、採礦業、紡織業到航運業、保險業等，出現了許多「中國第一」的新興企業。從1882年到1887年，在《申報》上刊載過股票買賣價格的共有36家企業，它們是近代中國的第一批股份制企業。這是洋務運動的第一個小陽春。
然而，便在此時，官商矛盾出現，唐廷樞、徐潤、鄭觀應等人認為「官款取官利，不負盈虧責任，實屬存款性質」，如今企業已上軌道，政府自應退出，三人聯名呈報李鴻章，希望將官款「依期分還」，政府不必再派官員，招商局的盈虧責任從此由商人承擔。
這一建議在李鴻章看來是無法接受的。這裡面潛藏著洋務運動的一個內在邏輯衝突。
洋務派辦洋務的唯一目標是「強兵富國」，因此在李鴻章看來，政府若從事商業，必須握有經營的主導權，並成為最大的獲益者。引進民間資本及買辦人才，都是資源缺乏情況下的權宜之計。然而，當民間的經濟能量被激活後，又一定會提出放鬆管制的市場化要求。在這種情形之下，政府與民間的矛盾定會交織爆發。整個洋務運動時期，這一矛盾從來沒有被化解。
1884年，上海爆發金融危機，房價大跌，徐潤、鄭觀應等人曾利用主管招商局財務之便，私自挪用巨款炒作房地產，這時醜聞東窗事發。李鴻章乘機將這些買辦「凈身出局」，盛宣懷以官方代表身份，兼任督辦和總辦。徐潤等人成為第一批因體制衝突而「犧牲」的「國營企業經理人」。
在後面的講述中，我們將看到，在百年現代化歷史上，先後出現過六次重要的「國進民退」事件，1884年的輪船招商局事件乃是第一起。美國華裔學者郝延平將此視為「官僚資本主義產生的轉折點」，他在《中國近代商業革命》一書中評論道：「1883年以後，不幸以盛宣懷為首的官僚緊緊掌握了官督商辦企業（他們是中國工業化的早期先鋒），在中國工業發展中，官僚主義開始比企業家精神起著更重要的作用。」 楊小凱在《百年中國經濟史筆記》中，更是從制度建設的角度進行了反思：洋務運動是在政治、法律、制度、意識形態不能根本變革的約束下進行的，因此以堅持清朝政府的政治壟斷，沒有司法獨立和保護私人企業的法律制度為基礎。洋務派官員堅持官辦、官商合辦、官督商辦的制度，以此為基礎來模仿發達國家的技術和工業化模式。這種方法使得政府壟斷工業的利益與其作為獨立第三方發揮仲裁作用的地位相衝突，使其既是裁判，又是球員，因此利用其裁判的權力，追求其球員的利益。這種制度化的國家機會主義使得政府利用其壟斷地位與私人企業爭奪資源，並且壓制私人企業的發展。
輪船招商局事件後，洋務派官僚與新興企業家階層的「蜜月期」就此結束。在以後十餘年中，洋務官僚為工業企業籌集資金變得更加困難，當時清政府的財政來源十分有限，全部稅收僅占國民純收入的2.4%，民間資本的失望，使得洋務派的投資手筆越來越小。