自明入清，治國者由滿替漢，老百姓留起了辮子，可是治理邏輯則一以貫之，政治上愈來愈趨專制保守，經濟上愈來愈趨官商專營，對外「鐵桶陣」，對內散沙化，社會進步全然喪失動力。金觀濤和劉靑峰發明了兩個辭彙形容這一時期的中國——「超穩定結構」與「高水平停滯」，他們分別繪製了中國與西方的「科學技術水平累加增長曲線」，從這兩張圖中可以清晰地看出，到了15此紀之後，中國的增長曲線呈現長波段的水平停滯狀態，而西方則進入爆發性增長階段。他們因此得出了一個十分重要的結論：無論對於中國還是西方來說，科學技術結構和社會結構之間都存在著適應性。也就是說，制度大於技術，中國的經濟和科技落後首先體現在政治體制和社會制度的不思進取。
大清帝國前後延續了268年，其中，從1661年到1799年，凡138年，被稱為「康乾盛世」。盛世的標誌有三：一是人口的迅猛增長，由建國時約1億增長到3億；二是中央財政日漸豐腴，康熙去世時，國庫盈餘有800萬兩白銀，雍正留下了2400萬兩，乾隆留下了7000萬兩；三是百年太平使得民間生活安逸，商人階層由儉入奢，工商繁榮。在國史上，若以時間計算「康乾盛世」僅次於「貞觀——開元盛世」。
然而在社會進步的意義上，「康乾盛世」其實是大一統中央集權制度下的周期性復甦，中國社會仍然在超穩定的狀態下平鋪式地演進，在經濟制度、政治制度和科學技術上沒有發生任何實質性的突破。如果站在人類發展史的角度上，我們更會發現，這所謂的「盛世」實在是一個莫大的諷剌。在西方史上，17世紀是一個智力大爆發的時代，歐洲的思想家們在天文學、物理學、數學、社會學、哲學等多個領域進行了開創性的工作，並集體奠定了現代科學殿堂的基石。有人統計了全球最重要的369個科技成就，竟然有38%出現在歐洲宗教革命之初（1553年）到法國大革命初期（1789年）這段時間，比重之大，令人吃驚。正是在科技力的驅動下，歐美列國相繼實現了對中國的超越，從1700年到1820年，美國的人均國內生產總值增長率為72%，歐洲為14%，全世界的平均增長率為6%，而中國的人均國內生產總值一直是零增長。到19世紀30年代前後，中國的經濟總量仍然為全球第一，可是經濟總量的增加全部來自於人口倍增的效應。
觀察這一時期的中西歷史，可以得出兩個重要的結論：
其一，在工業革命中，一個國家的財富水平和財富總量，與其工業化的時機、速度以及成功之間並不是簡單的對應關係，也就是說，既有的經濟總量絕不是唯一的決定因素。與之相比，技術革新構成了工業化進程的核心，然而在明清時期的中國，總體上缺少推動生產方式發生根本性變革的激勵機制。
其二，工業革命和西方式的資本主義是以一種非常突然的方式「空降」到東亞地區的，它在社會和經濟制度上都與原有的「基因」格格不入，作為被接受方，中國乃至東亞各國在心理、制度上所遭到的打擊都是巨大而慘烈的，甚至是毀滅性的。
這一超穩定狀態在19世紀初被打破，其原因仍然是外患和內憂。
先是因鴉片的非法輸入，帝國在1826年第一次出現了貿易逆差——這一事實可以被看成中國經濟被西方超越的標誌性事件，白銀大量外流，決策層試圖通過禁煙的方式遏制外貿和貨幣狀況的惡化，激烈、信息不對稱的貿易摩擦導致了1840年的鴉片戰爭。關於這場戰爭，中西史界有不同的判斷，中國學者大多將這場戰爭看成是徹頭徹尾的侵略戰爭，是導致中國衰落的罪魁禍首。而西方學者則傾向於將戰爭看成是中國衰落的結果，而不是原因，正是這場戰爭讓中國「擺脫」了閉關鎖國的狀態。卡爾·馬克思在給《紐約每日論壇報》寫的一篇文章中便認為：「在英國的武力面前，清王朝的權威倒下，成為碎片；天朝永恆的迷信破碎了；與文明世界隔絕的野蠻和密封被侵犯了，而開放則達成了。」 進入當代之後，即便是一些非常同情中國的學者，也從經濟史的角度提出了這場戰爭的「不可避免性」。
對國家治理造成的更大傷害來自內部。從1800年開始，北方地區爆發了白蓮教運動，朝廷為鎮壓這一運動花去一億兩白銀，國庫為之半空。到1851年，南方爆發了規模更大的太平天國運動和捻軍起義，戰爭前後持續十四年，國家財政為之支出約七億兩白銀，相當於十年財政收入的總和。戰爭時期，由滿蒙八旗和綠營組成的中央軍屢戰屢敗，朝廷不得不允許下層漢族官員組織地方武裝力量抵抗，曾國藩、左宗棠、李鴻章等人乘機崛起。這些地方軍閥為了籌集軍餉，在各商業市鎮「設局勸捐」徵收「厘金」。地方武裝的壯大及厘金制度的出現，實為地方自治力量強大之始，自宋太祖之後九百年不復出現的「藩鎮現象」 死灰復燃。
在內外交困之下，治國者又走到了必須變革的懸崖之畔，此時的中國，雖然中央財政已瀕臨破產邊緣，白銀的穩定性遭遇挑戰，西風東漸造成人心思變，但是維持大一統的基本制度卻未遭到致命的挑戰，在體制內進行改革的動力和空間仍然存在。很可惜的是，後來的改革者一次次作出了不可寬恕的「最劣選擇」。