武帝變法所造成的負面效應也是顯著的。
自實體產業及流通被國家專控之後，「文景之治」所形成的民間經濟大繁榮的格局被徹底扼殺，漢朝再難出現司馬遷在《史記·貨殖列傳》中所記載的那種大商巨賈，商品經濟從此趨於衰竭。
算緡令及告緡令的實行，更是導致了兩個後果：
第一，社會財富被強迫「清零」，中產階層集體破產，工商動力喪失；
第二，更嚴重的是，政府在這場運動中幾近「無賴」，對民間毫無契約精神，實質是政府信用的一次嚴重透支，從而造成社會財富觀念的空前激蕩，民眾的儲蓄和投資意識從此銳減，據《史記·平準書》記載：「民偷甘食好衣，不事畜藏之產業。」--「民眾有好看的衣服馬上就穿，好吃的馬上吃掉，不再願意儲蓄投資。」 其歷史性後果耐人尋味。
而國營事業在「辦大事」的同時，也體現出了與生俱來的劣質效率。各地鐵官監造出來的民用鐵器質量低劣，而且非常昂貴，還強令民眾購買，導致怨聲載道。
在知識界，武帝的改革遇到了眾多反對者，其中最為激烈的，包括當世最著名的兩個知識分子--大儒董仲舒和《史記》作者司馬遷。董仲舒是漢代儒學的奠基人物，他明確地反對國營化政策，認為應該使「鹽鐵皆歸於民」，他還提出享受政府俸祿的官員和貴族應該退出商界，不應該與民爭利。 司馬遷的經濟觀點與董仲舒近似，相對的，他對商人階層給予了更多的同情和認可，稱那些大商人是「當世千里之中，賢人所以富者」，有不少史家甚至認定《平準書》和《貨殖列傳》實際上是司馬遷為了反對官營工商業政策而寫的兩篇專題論文。
從變法的長期執行效果看，到後期確乎出現了重大的政策後遺症。
因國營化政策而增加的財政收入，大多用於國防軍備，平民階層因此而得到的實惠少之又少，這再一次證明，在國家主義的政策之下，國強易得，民富難求。到武帝晚年，出現了「天下困弊，盜賊群起」的景象。公元前89年，68歲的漢武帝頒布《輪台罪己詔》，內稱「本皇帝自即位以來，所作所為很是狂悖，使得天下百姓愁苦，我現在追悔不及，從今往後，凡是傷害百姓、讓天下人勞苦的政策，全部都要停止」。他提出，「當務之急是停止苛刻粗暴的政策，減少賦稅徭役，恢複重視農耕和畜牧的政策，減少軍備開支」。 這是中國歷史上第一份記錄在案的皇帝檢討書。以武帝的雄才偉略，早年不可一世，晚年黯然罪己，也算是歷史的一個諷刺和警醒。此後，中央政策趨於寬鬆，民間稍得喘息，終於避免了更大的動蕩，司馬光在《資治通鑒》中就尖銳地說，武帝「有亡秦之失，而免亡秦之禍」。