戰國時期「百家爭鳴」，對後世影響最大的兩個學術流派，一是儒家，一是法家。
被儒家尊為「亞聖」的孟子，與商鞅是同時代人。當商鞅在秦國大行變法之時，孟子正在東方各國遊說，而商鞅被處死後，孟子還在齊國和梁國之間奔波，他很可能耳聞了商鞅的整個變法過程。比較兩人的治國及經濟思想，可以看到截然的差異。
在《孟子·梁惠王》中，齊宣王向孟子求教「王政之道」，孟子給出的答案是「耕者九一，仕者世祿」，也就是說，他堅持恢複井田制，並擁護貴族世襲體制。孟子特別嚮往那種各守其職、疾病相扶的公社生活。在另外一次與滕文公的交談中，他還特別設計了一套混合的土地制度：給每農戶五畝宅、百畝田，使民「仰足以事父母，俯足以畜妻子，樂歲終身飽」。稅賦政策上，孟子提倡實施富民政策和減輕賦稅，「易其田疇，薄其稅斂，民可使富也」。他的「薄稅斂」包括：商舍不徵稅，也不征貨物稅、房地稅和無職業者的人頭稅，只征單一的、九分抽一的農業稅。很顯然，商鞅的「廢井田，開阡陌」以及廢除世襲、實施軍爵的政策與孟子的主張背道而馳。
孟子常年在東方各國遊走，那裡的政治文明呈現百花齊放的自由化狀態，與西北的鐵血秦國形成鮮明的對比。相對於商鞅的嚴苛管制和強調中央集權，孟子則強調仁義治國，「國君好仁，天下無敵焉」。他更提出民眾比國君更為重要的民本思想，「民為貴，社稷次之，君為輕」。這些在商鞅聽來，肯定是可笑的無稽之談、禍國妖言。
商鞅與孟子的思想迥異，是思想史上一個特別值得研究的景象，這兩人對歷史的實際影響也耐人尋味。
孟子終其一生，鬱郁不得志，對時局衍變幾無作用，但是他所主張的儒家道統在西漢之後被尊為國家學說。
相對比，商鞅在後世的名聲卻非常之差，可以用「狼藉」來形容。在很長的時期里，知識階層以談論商鞅為恥，連說到他的名字都會「口臭三日」。秦朝滅亡後，世人對之多有反思，其中最出名的是賈誼的《過秦論》，他將秦亡的原因歸結於「仁義不施而攻守之勢異也」。宋代王安石推行變法，反對派、當世文豪蘇軾上書宋神宗，以商鞅為前車之鑒，認為「惟商鞅變法不顧人言，驟至富強，亦以召怨天下，雖得天下，旋踵滅亡」。這都是典型的儒家視角。
然而，商鞅卻又如同一個神秘的「黑色幽靈」，飄蕩在每一個廟堂之上和治國者的心裡。他的施政手段雖然暴烈，但真正達到了強盛國家和統一天下的目標，被證明是有效果的和成功的。蘇軾在批評商鞅的同時也不得不承認一個事實：「自漢以來，學者恥言商鞅、桑弘羊，而世主獨甘心焉，皆陽諱其名而陰用其實。」客觀地說，商鞅徹底改變了戰國乃至後來中國的政治和經濟生態，甚至，以兩千年的歷史跨度而論，他的基本治國理念頑強地延續了下來，核心理念被眾多獨裁者所沿襲。在中國的統治術里，貌似水火不容的儒家、法家其實誰也沒有淘汰誰，在很多朝代，實際上呈現出「半法半儒」、「儒表法里」的景象。美國學者約瑟夫·列文森在《儒教中國及其現代命運》一書中便論證道，中國的皇朝體制有著一個「自相矛盾」的運行規律：儒教君主制的基礎恰恰是反儒教的法家原則。 余英時在《反智論與中國政治傳統》一文中也論證道，儒家到西漢董仲舒時已出現「法家化的傾向」，此後「它幾乎貫穿了全部中國政治史」。 法家的「不允許思想」與儒家的「只能有一種思想」，本質上都是要「統一思想」。
商鞅學說從陰暗之處重新回到明亮的主流舞台，是在19世紀中葉的鴉片戰爭之後。
其時，中華帝國遭遇前所未有的外辱，強國禦敵成為了時代的唯一主題，儒家的抱殘守缺以及懷柔學說不再適用，因此年輕人喊出「打倒孔家店」的決絕口號，而商鞅的強國之道煥發出讓人難以抵抗的魅力，於是，舉國爭說法家，國家干預主義成為意識形態的主流，如梁啟超所言及的，圖國家生存發展為第一要務，圖人民個人的幸福則次之。倘若個人的幸福與國家的生存發達不相容，則毋寧犧牲個人以裨益國家。其時的大政治家及知識分子，無論改良派或革命者，從孫中山、陳獨秀到康梁、胡適，無不推崇國家主義和計畫經濟。
在所有政治人物中，對商鞅最為尊崇的正是毛澤東。早在1912年，就讀於湖南省立一中的19歲少年毛澤東寫作《商鞅徙木立信論》一文，這是他留存至今的最早文稿，在這篇500餘字的作文中，毛澤東寫道：「商鞅之法良法也。今試一披吾國四千餘年之記載，而求其利國福民偉大之政治家，商鞅不首屈一指乎？」他的國文教員柳潛讀後贊其「才氣過人，前途不可限量」。及至晚年，沉迷於「將革命進行到底」的毛澤東對儒學嗤之以鼻，而獨尊法家，他最欣賞的兩位政治改革家，便是商鞅和王安石。1973年8 月，毛澤東創作《七律·讀〈封建論〉呈郭老》一詩，將孔孟儒學貶為「秕糠」並公開替秦始皇「焚書坑儒」翻案，全詩曰：「勸君少罵秦始皇，焚坑事業要商量；祖龍魂死秦猶在，孔學名高實秕糠；百代都行秦政法，十批不是好文章；熟讀唐人封建論，莫從子厚返文王。」
「百代都行秦政法」，實際上是毛澤東對兩千多年前的商鞅前輩的一次遙遠的致敬。