恐怖專制的力量是強大的。變法啟動到第十個年頭，秦國出現了「道不拾遺，山無盜賊」、民眾「勇於公戰，怯於私鬥」的局面，舉國上下蔓延著極端功利主義的進取氛圍，每個人其實都成了國家的工具。全國民眾個個都是農民，人人皆為戰士，上陣奮勇殺敵，得勝封爵賞田。國家通過戰爭獲得土地和人口，將那裡的人民也都改造成秦民，繼續種地、殺敵，以獲得更多的土地和人口。這是效率極高、效益驚人的正循環。夏商周以來，從來沒有出現過這樣的國家模式，秦因此被列國驚呼為「虎狼之國」。
在將全國的戰爭機制都發動起來之後，商鞅開始實施第三輪變法，目的是要全面加強中央集權，其重要政策，就是統一度量衡和實行郡縣制度。
當時各國割據，從衡器到貨幣都極其混亂，即便在一國之內，也是標準不一。齊國稱霸時，管仲就多次會盟諸侯，統一各國稅率和稱重尺度。商鞅當然不與諸國商量，他直接規定之。他提出「平斗桶、權衡、丈尺」。斗桶指計算容積的衡器，權衡指計算重量的衡器，丈尺指計算長度的衡器。也就是說，他統一了全國的容積、重量、長度的度量標準。
而確立並推廣郡縣制度的影響尤為深遠。
西周建立之時，分封諸侯，一共有上千個國家，幾乎一個城池為一國。春秋初期，諸侯兼并劇烈，剩下160多國，到了戰國年代，天下滔滔，只餘十多個國家。國君出於統治及征戰的需要，紛紛加強中央集權，兼并進來的土地不再分封出去，而是建立新的地方治理制度。春秋後期，縣制開始推行，縣令為一縣之長，由國君直接任免，他們不再是世襲貴族，而是一批沒有血緣關係的職業官僚。
商鞅完善並推廣了郡縣制的地方管理體系。他把小鄉、邑合聚為縣，設立縣令、縣丞、縣尉等職務，組成縣署，後來每征伐下一塊土地，就增設一縣。與分封制最大的不同是，郡守和縣令都由君王直接任免，不得世襲，各地方長官於每年秋冬向朝廷申報一年的治狀，朝廷據此對其進行考核，獎功罰過。
郡縣製成為秦國的治國基礎。這一制度完全有別於之前的封建制，有效地加強了中央集權，是中國官僚制度的根本。明末清初的思想家王夫之在《讀通鑒論》中就說：「郡縣之制，垂二千年而弗能改矣。合古今上下皆安之，勢之所趨，豈非理而能然哉？」當代史學家唐德剛從國家管理模式角度分析認為，中國三千年可分為部落制、封建制和郡縣制三個階段，商鞅之後，幾無大變。甚至，一直到今天，中國的省市縣治理模式仍然沒有跳出其藩籬。
在推行變法22年後，公元前338年，秦孝公駕崩，商鞅隨後被秦惠公處以車裂的極刑，並誅滅全家。司馬遷說「惠王車裂之，而秦人不憐」，可是又承認「後世遵其法」。秦惠公車裂了商鞅並滅其全家，但並沒有株連到其他大臣，商鞅制定的主要法規被全數繼承下來。有人算了一下，從商鞅變法開始到秦始皇完成統一大業，前後凡141年，秦人共發動戰爭108次，天下果然是打出來的。