商鞅變法的第一階段花了三年時間，把秦國改造成了一個百分百的農業國。
商鞅頒布的第一條變革法令叫《墾令》，其主題只有一個：把全國人民都變成農民。商鞅認為，治國之要就是讓民眾「歸心於農」，大家都去耕地了，民風就樸實而純正，國力就可強大，他把所有不願意從事農業的人統統歸類為「惡農、慢惰、倍欲之民」。在《墾令》中，有二十種具體的辦法鼓勵及資助農耕。
在農業政策上，對後世影響最大的是以「廢井田，開阡陌」為主題的土地改革。
井田制是一種土地國有制度，自商時就有文字記載，西周盛行。後世史家對之解釋不一，按《孟子·滕文公上》 中的記載，國家以九百畝為一個計算單位，把土地分隔成方塊，形狀像「井」字，周邊為私田，中間為公田，各家分得百畝私田，同養公田。耕作之時，先要把公田的農活幹完，才能各治私事。由此，春播秋割，守望相助。這一制度頗類似原始人民公社制。
到戰國中期，隨著人口的增加，井田制度已經敗壞，公地私有化成普遍事實。當時的知識界對此分歧很大，道家、儒家都視之為「禮崩樂壞」的根源，強調要恢複井田制。商鞅則反其道而行之，宣布廢除井田制，允許民眾開荒耕作、買賣土地，這自然大大激發了民眾的生產積極性，使變法的「農本思想」更加得以光大。顯然，在先秦時期，糧食是最為重要的戰略物資，商鞅的一切變法都以此為根本，這可以說是典型的「唯生產力論」。
「廢井田，開阡陌」是中國土地史上的重大變革。從此以後，土地私有化成為中國歷史上最主要的土地所有制度。各朝代也有各種形式的公有土地，但數量上都遠不及私有土地。
在古今中外的所有變法或革命中，土地從來都是政治力量與人民進行交換的最重要的籌碼。就近世而言，列寧發動蘇維埃革命的承諾是「和平、麵包、土地」，孫中山推翻帝制的經濟承諾是「平均地權」，毛澤東上井岡山宣傳「打土豪，分田地」，即便是最近的改革開放，也是以「包產到戶」政策率先穩定了農民。商鞅是第一個在土地改革上嘗到了甜頭的政治家。
要讓國民都去種地，就必須堵住其他的出路。商鞅說：「無裕利則商怯，商怯則欲農。」如果工商業沒有過高的利潤，那麼從商的人就沒有什麼興趣了，而如果不去經商，那就只有去務農了。在歷代治國者中，商鞅也許是最仇視商人及商業流通的一位，他視之為「國害」，並出台了眾多限制商業的法令，其中不乏極端之舉。下面試列舉四條。
其一，控制糧食買賣和礦山國有化。在商鞅看來，只要不允許糧食交易，商人就無從得利，家家必須去種地，由此，糧食產量必然提高，而國家則控制了最大宗商品的定價權和交易權。他把「山澤之利」全部收歸國家，這既可以增加國庫收入，又阻擋了一條非農的發財之道。按他的說法，把礦山收歸國有了，那些不願耕作、懶惰刁鑽、追求暴利的民眾就丟掉了飯碗，不得不重新回到田裡去種地。
其二，對工商業堅持重稅政策。中國歷代思想家，無論哪一學派，一般都主張輕稅，唯有商鞅獨樹一幟。他認為，只有「重關市之賦」--加重商品的流通稅，才能讓商人產生「疑惰之心」。秦國的租稅有多重，迄今已無完整記載，不過商鞅曾提出，大幅提高酒肉的價格，按原價征課十倍的捐稅， 由此類推，工商稅率之高可以想見。
其三，推行戶籍登記，限制人口流動。商業之繁榮，關鍵在於流通，商鞅深諳其中奧秘，所以，他針對性地出台了幾條極其嚴苛的法令。他下令在全國進行戶籍登記，命令百姓不得擅自遷居，這是中國戶口登記制度的開端；此外，他還出台法令禁止私人經營旅館，其目的是嚴格限制人口的流動。現代社會講人有「四大自由」，其中之一便是遷徙的自由，然而，中國人的這個權利從商鞅變法開始就受到了限制。
其四，取締貨幣，實行以物易物。商鞅對貨幣抱持敵視的態度--這是古今中外所有計畫經濟主張者的「傳統」。他對貨幣和糧食有一種很奇特的看法，在他看來，這兩者是互相排斥的，「貨幣活躍了，糧食就萎縮了；糧食豐裕了，貨幣就沒有用了」--「金生而粟死，粟生而金死」。在他變法的二十餘年中，秦國一直是以物易物，直到他死後三年，秦國才開始鑄幣，由此可見，秦國的商業流通在各國之中是非常落後的。
從商品經濟的角度來講，商鞅所推行的這一整套經濟變革，與三百多年前的管仲相比，無疑是大大的倒退。但是，這些政策卻能在很短的時間裡聚集國力，讓國民經濟充滿紀律性，並因專制而產生高效率。《史記》記載：「卒用鞅法，百姓苦之，居三年，百姓便之。」也就是，變法實施之後，民怨沸騰，三年之後，居然大見成效。說到底，這就是專制的力量。