清代商幫更發達於明代，著名者有十個，除了晉商、徽商和廣東十三行之外，還有陝西幫、福建幫、江西幫、洞庭幫、寧波幫、龍游幫及山東幫。
商幫流轉於大江南北，其聚居交流的場所，就是商人會館。
1560年（明嘉靖三十九年），兩位旅京徽商楊忠、鮑恩在宣武門外購得一地，建了一座歙縣會館，這是史料記載的最早的徽商會館。六年後的1566年，廣東商人在京集資建嶺南會館，此後，商人建館之風吹遍全國。
會館是「異鄉之家」，商人們在這裡議事、祭祀、娛樂、暫居。各地會館規模大小不一，有的只有幾間房子，有的則富麗堂皇，佔地上百畝，宛若一個精美宮殿，一般而言，會館內設有議事廳、神殿、戲台、客廳、客房、廚室等等，有的還有義冢，專門埋葬死於他鄉的商客。
一個地方有了某一商幫的會館，就好比樹木生下根來，從此花繁葉茂，自主成長。江西吳城鎮是清代重要的口岸市鎮，來此經商的廣東商人想要建立一個會館，當地商人勢力百般阻擾，不讓他們買到一磚一瓦，粵商只好在粵糖運贛的船里，每袋中均夾帶一塊磚瓦，不到兩年時間竟建成一座規模宏敞的會館，從此，其他商幫也紛紛建館，小小吳城鎮內先後出現了48個會館。河口鎮是江西省另外一個繁榮的口岸市鎮，該鎮有10萬人口，開設了16處商人會館。
沒有史料告訴我們，在明清兩代，全國到底有多少個商人會館。按全國1700多個城邑郡縣，加上三萬個市鎮，粗略計算，起碼不下一萬處。它們成為商人活動的重要場所，同時也因此形成了新的工商規範。
會館的功能有三個：「奉神明，立商約，聯鄉誼」。潮州的《汀龍會館志·館志序》曰：「會館之設，有四善焉：以聯鄉誼明有親也，以崇神祀明有敬也，往來有主以明禮也，期會有時以明信也。」從中可見，親、敬、禮、信，是會館存在的規範基礎，它與宗族社會的道德觀一脈相通。
各商幫所供奉的神明不同，基本上是出生於當地的歷史人物，晉商供的是關羽，徽商供的是朱熹，江西幫供的是許遜，福建幫供的是媽祖（林默娘），浙江商人供的是伍子胥和錢鏐，廣東商人供的是慧能六祖，雲貴商人供的是南霽雲，兩湖商人供的是大禹。也因此，很多會館以「宮」定名，比如，四川曰惠民宮，兩湖曰禹王宮，兩粵曰南華宮，福建曰天后宮，江西曰萬壽宮，貴州曰榮祿宮。這種祖先崇拜構成了一種鄉土特徵很重的集體象徵。
會館建成後，必須有商約予以約束，從而形成了各具特色的民間契約版本。1784年（乾隆49年），潮州商人在蘇州建潮州會館，確立以下約定：「會館專門聘請董事經理，三年更換一次，由潮州地區的七地商人輪流任職，會館所有的契據檔案都交由董事經理管理，前後交替，帳目必須清楚，這一規定，永世不改。」會館還對商業規則進行了公約，防止內部的惡性競爭。留存至今的「北京藥行會館碑記」就記載，所有在冊的會館成員都必須遵守相關的條規，有違犯者，不得參與會館舉辦的祭祀活動，會內成員也不得與其有生意往來。
商人會館數量的多寡，可以看出當地工商業的發達程度。乾隆年間，各省在京建立的會館多達182所，到了光緒年間，數量更增加到392所，其中，百分之二十為商人會館。而在蘇州，商人會館的比例則遠高於京城，總計48家會館中，有27家為商人出資興建，其餘21家為官商合建及合用，當地史料記載，各省在這裡做生意的商人無一不建立自己的會館。日後成為全國最大工商業城市的上海，在清初只是一個漁村小碼頭，在這裡出現的第一個會館始建於1715年（康熙54年），是由航運商人組建的商船會館，因此可見，上海之興起得益於長江及東海貿易。
市鎮經濟的崛起，是明清工商業的一大特徵，會館之盛在這裡體現得最為顯著。
廣東佛山鎮是明末清初發展起來的專業化市鎮，以鐵器鑄造著稱，與景德鎮、漢口鎮、朱仙鎮並列為「天下四大鎮」，此地的會館更是發達，呈現出專業化的態勢，僅在鑄造業，就有熟鐵行會館、炒鐵行會館、新釘行會館、鐵鍋行會館、金絲行會館、金箔行會館、土針行會館等等，其餘的各行各業都有會館組織，如鈕扣行會館、當行會館、綢緞行會館、顏料行會館、洋紙行會館、西土藥材行會館、參藥行會館等等。這些以行業為主題的會館已經超出了地域的特徵，而更多的帶有行業協會的性質，這是一個十分顯著的進步。
自康乾以來，一些地方甚至出現了由產業工人做成的會館，這是工會組織的雛形。枝巢子在《舊京瑣記·市肆》中記載，在京城從事泥瓦和木工的工人有一個「九皇會館」，這些工人大多是東部薊州一帶的人，有很嚴密的行規，凡是有徒工的地方，都有會館，其總會就叫做九皇，每當九皇誕生日，就一定要休假，名叫「關工」。另據史料顯示，道光年間，南京絲織業的機匠設立了數十個公所，蘇州的踹匠則有自己的踹匠會館，他們向資方提出了增加工錢的要求（「索添工銀」），還擁有自己的育嬰堂、普濟院，帶有鮮明的自助性質。
在會館專業化程度最高的佛山，甚至出現了東家行和西家行，前者由業主、作坊主組成，後者則是手工業工人的組織，很多勞資矛盾通過兩行的「通行公議」來解決，東家行和西家行還通過共同祭祀的方式來調適雙方的關係。
商人會館的興盛，意味著明清商人在組織化程度上已超越前代，其運作模式呈現出非常鮮明的自治特徵，是非政府組織（NGO）在中國的最早試驗，因此也有人將之視為中國進入近代化的一個重要標誌。到了二十世紀初期，隨著工業化運動的萌芽，各地商人開始打破地緣局限，組建新的商會組織，會館商人正是商會籌建的重要組成部分。譬如在1902年，上海創建商業會議公所（兩年後改名為上海商務總會，後又更名為上海總商會），在滬的60個會館就以團體代表的身份集體加入，成為「合幫會員」。
一個十分耐人尋味的現象是，數以萬計的明清會館在史書上很少有準確而詳盡的記載。曾對會館史做過深入研究的王日根在《鄉土之鏈：明清會館與社會變遷》一書中便說，商人會館不同於一般官方的公館或賓館，屬於民間的自發性組織，故在「正史」中無人論及，即使在明清地方志也都多有缺略。
會館在史書上的「缺席」，就如同它的主人們被刻意忽略一樣，是中國工商文明的一大特徵。