趙新先一直被關在看守所里，從未被投入監獄。2007年6月27日，他因「國有公司人員濫用職權罪」，被深圳市羅湖區人民法院一審判處有期徒刑一年零九個月。由於抵扣羈押時間，趙新先的刑期至2007年9月20日到期。也就是說，只要他認罪，在宣判兩個月後就可以獲得自由。面對一審判決結果，他「在綜合考慮之下」，決定不上訴。
一年後，趙新先以顧問身份加盟南京小營葯業集團。該集團前身為南京小營製藥廠，隸屬南京軍區空軍司令部，於2005年被永泰投資控股有限公司採用溢價方式收購改組。此外，他還受聘擔任深圳清華大學研究院中藥、天然藥物研究中心主任。
據熟悉他的人稱，趙新先一直「心有不甘」。他認為，自己當年以不到5億元的價格買入大龍健康城項目，並因此獲「濫用職權罪」，而到2009年地價已升至20億元，「足證這一決策的正確」。趙新先自稱是「中國最老的農民工」、「三無人員」。因為軍轉民銜接不暢，趙新先的退休手續一直辦不下來，沒有退休金、醫療保險，沒有產權房，還在深圳住著三九集團的職工宿舍。年近70歲的趙新先在大連尚有九十高齡的父母，自謂仍須打工以盡孝養。
沒有了趙新先的三九醫藥卻呈現完全不同的命運。在被央企華潤集團重組後，公司更名為「華潤三九醫藥股份有限公司」。2008年，華潤三九獲評中國上市公司價值百強企業，被列入滬深300指數、深證100成分指數。2009年，公司實現營業收入48.53億元。