1985年8月7日，趙新先率14人上深圳筆架山，創辦南方藥廠。
1988年，趙新先首創計程車燈箱廣告和明星代言廣告。南方藥廠實現產值18億元，利稅4億元，居全國500家最大工業企業的第82位。
1989年4月，解放軍總後勤部向全軍作出了《關於向趙新先同志學習的決定》。9月，趙新先被國務院授予「全國勞動模範」的稱號。
1992年9月，朱鎔基視察三九集團。趙新先的「一人機制」轟動全國。
1995年5月1日，在美國紐約曼哈頓時代廣場，豎起了第一塊中國公司的廣告牌——「999三九葯業」的霓虹燈廣告。
從1996年到2001年，三九出手併購了140多家地方企業，平均每個月併購2家，迅速擴張成全國最大的中醫藥企業，總資產猛增到186億元。
2000年，三九集團的旗艦公司「三九醫藥」上市，同時併購江西和上海的兩家上市公司，趙新先成為國有企業資本運作的第一人。
2000年4月，創辦號稱全國最大醫藥健康網站999健康網。到2003年，三九名下共有13個公眾服務網站和29個企業網站。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情況下遭到中國證監會的警告。中國證監會公開通報批評三九大股東及關聯方佔用上市公司資金超過25億元，占公司凈資產的96％。通報還公開點名譴責趙新先。
2002年，趙新先提出在國際和國內兩大戰線同時出擊，分別實施「麥當勞計畫」和「沃爾瑪戰略」，後都中途夭折。
2003年5月，曼哈頓時代廣場上的廣告牌被悄然拆除。9月28日，媒體刊文《98億貸款：銀行逼債三九集團》，三九的資金危機全面爆發。
2004年3月，北京召開全國兩會，全國政協委員趙新先大膽逼宮國資委，聲稱：國有出資人是存在的，但卻沒有實際出資。他要求國資委為三九注資50億元，或讓三九產權明晰化。
2004年5月16日，國資委黨委書記李毅中親赴深圳，突然宣布免去趙新先的一切職務。
2005年，擁有500多家公司的三九集團呈現失控局面，「三九系」宣告瓦解。11月19日，趙新先涉嫌經濟犯罪，在北京被拘捕。
趙新先出局後，三九重組成為眾多重量級企業爭奪的目標。上海實業集團、復星集團、德意志銀行、華潤集團和新世界集團等參與競爭。2007年3月，國資委決定，由央企華潤集團重組三九。