1994年8月，以吳炳新為首的濟南大陸拓銷公司和其子吳思偉的南京克立科工貿有限公司合併，成立了濟南三株實業有限公司，三株口服液同時宣告研製成功。
1994年，三株第一年的銷售額即達到1.25億元。
1995年，三株利用其四級營銷體系挺進農村市場。同年，三株在《人民日報》上刊出了第一個「五年規劃」，吳炳新提出的目標是：1995年達到16億元—20億元，1996年達到100億元，1997年達到300億元，1998年達到600億元，1999年爭取900億元。
1995年5月，三株口服液因在《珠江經濟信息報》上刊登的藥品廣告超越了《藥品廣告審批表》中審批的內容，而被廣東省衛生廳吊銷了三株口服液的藥品廣告批准文號，暫停在廣東省的廣告宣傳。
1996年，三株公司的銷售額達到了80億元，而農村市場的銷售額佔到了三株總銷售額的60％。在鼎盛時期，三株在全國所有大城市、省會城市和絕大部分地級市註冊了600個子公司，在縣、鄉、鎮有2000個辦事處，各級行銷人員總數超過了15萬，與此相應的是，公司內部部門林立，層次繁多。
1997年上半年開始，三株公司開始向醫療、精細化工、生物工程、材料工程、物理電子及化妝品等行業發展，一口氣吞下20多家製藥廠，投資資金超過5億元。
1997年，三株的全國銷售額比上年銳減10個億。吳炳新在年終大會上痛陳三株「15大失誤」，首次把三株危機曝光於天下。
1998年3月，湖南省常德市中級人民法院在一消費者訴三株公司的案件中，一審判決三株公司敗訴，要求三株公司向原告賠償29.8萬元。此事有20多家媒體進行了密集的報道，其標題均為《八瓶三株口服液喝死一條老漢》。
1998年4月下旬開始，三株的全國銷售額急劇下滑，從4月到7月全部虧損，生產三株口服液的兩個工廠全面停產。
1998年5月，社會上傳言，三株已向有關方面申請破產，由於欠下巨額貸款，其申請最終未被批准，吳炳新否認這一傳聞。
1999年，常德事件二審三株勝訴。但此時，三株的200多個子公司已經停業，幾乎所有的工作站和辦事處全部關閉。
2000年，三株企業網站消失，全國銷售近乎停止。