1996年，三株集團宣布完成銷售額80億元。自此，三株便患上了一種十分典型的「綜合紊亂征」。
這種「綜合紊亂征」，表現為企業與政府、與傳媒、與市場以及內部管理的種種不協調。以「利益共同體」為理念構築起來的企業與政府的生物鏈是十分脆弱的，一旦在市場上出現或大或小的動蕩，政府必然會以自我保護、規避嫌疑為前提而退出合作；三株與相當部分傳媒的關係也是通過高額的廣告投放來維繫的，如果市場發生波動，廣告款項一旦出現拖欠，一些傳媒會立即「翻臉不認人」。而在市場方面，由於十多萬人、數千個大大小小的指揮部在前線作戰，種種誇大功效、無中生有、詆毀對手的事件頻頻發生，總部到最後已疲於奔命而無可奈何。單在1997年上半年，三株公司就因「虛假廣告」等原因而遭到起訴十餘起。吳炳新曾明文要求各地「帶療效的廣告宣傳倒給錢也不能幹，我們這樣做，等於給別人送炮彈來打我們」。可是，儘管三令五申，卻已經無法轉變近乎失控的市場局面。
這種綜合性、多方位的紊亂並發，其實與三株的經營思想、組織結構及公共關係的理念設定等等均有十分密切的關係，換而言之，其獨特的思想、結構和理念促成了三株的暴髮式的增長。可是到了某一階段，它們又必然會對企業自身造成如此種種的反作用。
在內部管理上，「恐龍結構」所帶來的弊端尤為突出。到1997年，三株在地區一級的子公司就多達300多家，縣級辦事處2210個，鄉鎮一級的工作站則膨脹到了13500個，直接吸納就業人員15萬以上。
看上去，三株的營銷鐵流浩浩蕩蕩，實際上卻是機構重疊，人浮於事，互相扯皮，在下屬機構甚至出現一部電話三個人管的怪現象。
三株所崇尚的高度集權的管理體製造成了種種類似「國有企業病」的癥狀。為了統一協調全國市場，總部設計了十多種報表，以便及時掌握各個環節的動態。但具體到一個基層辦事處，哪來那麼多變化需要填，上面要報，下面就造假。在一次總結會上，吳炳新氣憤地說：「現在有一種惡劣現象，臨時工哄執行經理，執行經理哄經理，經理哄地區經理，最後哄到總部來了。吳炳傑（註：吳炳新的弟弟）到農村去看了看，結果氣得中風了，實際情況跟向他彙報的根本是兩回事，他在電話中對我說，不得了，盡哄人呀。」
為了避免重蹈巨人、飛龍集團後期資金失控的覆轍，制止日益呈現的官僚主義、貪污和浪費現象，吳炳新可謂想盡辦法。他對三株的全國營銷網路實現了計算機聯網，試圖用現代化手段促成總部的「現場管理」。同時，他把三株各級機構的開戶行確定為中國銀行一家，以便借用金融網路監控資金走向。此外，他還在三株的西方化的組織框架中，注入了中國傳統企業管理的某些精髓，諸如「鞍鋼憲法」、「三老四嚴」、「四個一樣」的「大慶經驗」。他還建立了山東省第一家民營企業黨委，借鑒毛澤東「把支部建在連上」的經驗，在每個有黨員的基層單位都設立了黨支部，總部增設政治工作部，各級政治工作人員主要在部隊轉業幹部中聘請。為反腐倡廉，三株公司一律不準買進口轎車，一律不準配女秘書。吳炳新還多次在企業內部開展「全員洗澡」、「三查三反」（自下而上和自上而下查、自我查、互相查，反對浪費、反對非組織活動、反對貪污受賄）、「一打五反」（嚴厲打擊經濟犯罪活動；反貪污，反腐敗，反浪費，反非組織活動及反軟、懶、散）等活動。然而，儘管吳炳新不斷地亡羊補牢，仍未能力挽頹勢。1997年，三株的全國銷售額出現大幅度滑坡，比上年銳減10個億。吳炳新在年終大會上做了一個他稱之為「刮骨療毒」的報告，痛陳三株「15大失誤」，首度把三株危機曝光於天下。
到這一年年底，在中國企業圈，一個懸念已經幽靈般地浮出了水面，人們都好奇地想看到謎底：誰將是三株「帝國」的終結者？
可是沒有一個人會想到，這位終結者竟會是湖南鄉下的一個叫陳伯順的老漢。