黃子澄和齊泰準備動手了，但他們在目標的確定上起了爭論，齊泰認為先拿燕王開刀為好，而黃子澄卻認為，應該先剪除其他各王，除掉燕王的羽翼，然後才對燕王動手。
我們今天回頭來看這兩個計畫，似乎都有道理，後人評價時往往認為齊泰的做法是正確的，但我看來，這樣的論斷似乎有成王敗寇之嫌，黃子澄的計畫是有其合理性的。畢竟先挑弱者下手還是有一定作用的。
這是一盤決定天下命運的棋局，對弈的雙方是朱允炆和朱棣，現在身為皇帝的朱允炆猜到了先手，他在棋盤上下出了自己的第一著。
周王朱橚是燕王朱棣的同母兄弟，在朱允炆看來，他將是朱棣的有力助手，也正是因為這個原因，他成了最早被清除的人。奉命執行這項任務的就是我們之前介紹過多次的李文忠之子李景隆。
事實證明，這位仁兄打仗可能不在行，抓人還是有一套的，他突調大軍奔赴河南周王府，把周王的老婆孩子加上他本人一骨腦的押到京城，朱允炆對他的這位叔叔並不客氣，把他從國家一級幹部直接貶為老百姓，並遷至雲南，當時的雲南旅遊資源還沒有充分開發，算是半原始狀態的荒蕪之地，周王就被放到這個地方去當人猿泰山了。
此時，建文帝才登基一個月。但他顯然沒有到新單位上班的羞澀和謙虛，開始收拾起他的那些叔叔們，周王是第一個，但絕不是最後一個，而且周王很快就會發現與後來者的遭遇相比，去雲南旅遊未嘗不是一件好事。
同年十二月，有人告發代王「貪虐殘暴」，建文帝表現出了強烈的正義感，毅然履行了皇叔犯法與庶民同罪的法律原則，把他的叔叔遷至蜀地看管起來。
第二年五月，建文帝又一次大義滅親，以「不法事」罪名將岷王朱楄逮捕，並貶成老百姓。說到底，這個「不法事」是個什麼事也沒說清楚，和那句著名的「莫須有」有一拼，這樣看來，在歷史上，要整人實在不需要找太多理由。
還沒等大家反應過來，建文帝又以破壞金融罪——私印鈔票，對湘王朱柏下手了，其實那個時代的鈔票本來就沒有什麼計畫可言，亂印最多的就是建文帝本人。當然這只不過是一個借口而已，隨後朝廷就派使臣至湘王封地去抓人，他們以為這次會像以往一樣順利，但意想不到的事情發生了。
湘王朱柏不愧是朱元璋的子孫，甚有骨氣，他在得知有人要來抓他的消息後，笑著對自己的手下說：「我親眼看到很多在太祖手下獲罪的大臣都不願受辱，自殺而死，我是高皇帝的兒子，怎麼能夠為了求一條活路而被獄吏侮辱！」
他沒有開門迎接使臣，而是把老婆孩子都召集起來，緊閉宮門，自焚而死。
這樣的慘劇，並沒有停滯建文的行動步伐，他以迅雷不及掩耳之勢又連續抓獲了齊王朱榑和代王朱桂，此二人皆被廢為庶人。
真是乾淨利落，毫不留情！到了這個地步，就是傻瓜也知道建文帝想幹什麼了。
大家可能會奇怪，為什麼這些藩王們毫不反抗呢，其實原因很簡單，一方面他們並沒有燕王那樣的反抗資本，而另一個更為重要的原因是，他們沒有反抗的理由。
在那個時代，皇帝是最高的統治者，所有的藩王都是他的屬下，別說你是皇帝的叔叔，就算你是他爺爺，只要他是皇帝，你也得聽他的。說句難聽點的話，削藩問罪還是客氣的，算是給足了面子，如果藩王不服氣明著來的話，自然也有大刀大棍伺候。
至此，建文帝已經完全違反了他自己向朱元璋做出的承諾，什麼以德服人都被丟到九霄雲外，他就像是一個剛上擂台的拳擊手，疾風暴雨般揮出一輪王八拳，看似痛快凌厲，效果卻有限。
這是一場殘酷的政治鬥爭，也是一場拳賽。
天真的朱允炆不知道他要參加的這場拳賽並不是三個回合的業餘賽，而是十二個回合的職業賽。在這樣的比賽中，想要亂拳打死老師傅是根本不可能的事情，獲得勝利的關鍵在於隱忍的耐心和準確的判斷。
朱允炆搶到了先手，卻沒有搶到先機。
朱棣即將作出自己的應對。
建文帝就要找上門了，這下子不由得朱棣了，要麼造反，要麼像他的那些兄弟們一樣被幹掉。此時的朱棣可謂處境艱難，他連當年的朱重八還不如，朱重八就算不去造反，還可以逃出寺廟，去當盲流，混碗飯吃。可是朱棣卻沒有這樣的好運氣。天下是朱允炆的，他還能逃到哪裡去呢？
道衍抓住了眼前的這個時機，繼續向朱棣推銷他的造反理論。對於這一點，朱棣是早已經習慣了，如果哪一天這位仁兄不說這些大逆不道的話，那才叫奇怪。以往朱棣對這些話還可以一笑置之，因為他很清楚，造反不是吃夜宵，說干就能幹的，這個唯恐天下不亂的和尚身無長物，一無所有，才會全身心地投入造反事業。可是自己是藩王，和這些窮光蛋有天壤之別。怎麼可能被這些人拖下水。
但是到現在他才發現，如果放縱這個侄子搞下去，自己會變得連窮和尚也做不了。
於是他開始了自己的準備工作，他招募大批強壯士兵為衛軍，並進行軍事訓練，地點就在自己的王府之內。所謂武器的批判不能代替批判的武器，要想造反，拿著木棍農具是不行的，這就需要大量的兵器，打造兵器的動靜很大，而當時又沒有隔音設備。朱棣在這個問題上充分發揮了想像力和創造力，他建造了一座很大的地下室，周圍樹起圍牆，並在附近開辦了多個養雞場，就這樣，地下室里叮叮噹噹的敲個不停，外面的人一點也聽不見。
此外，朱棣還吸取歷來農民起義戰爭中的先進經驗，虛心向農民兄弟學習，即在造反前要搞點封建迷信、遠古傳說之類的東西。為此他招募了一大批特殊人士。這些人被稱為異人術士，其實就是街上算命占卜的那些人，他把這些人搞來無非是為了給自己壯膽，順便做做宣傳工作，但他本人也不會想到，這一舉措在後來竟然發揮了意想不到的作用。
建文帝在解決其他藩王的時候，眼睛卻始終看著朱棣，因為他也清楚，這個人才是他最為可怕的對手。為了削減朱棣的實力，他先派工部侍郎張昺接任了北平市市長的職務，然後任命謝貴、張信為北平都指揮使，掌握了北平的軍事控制權。之後他還派宋忠（此名極不吉利）率兵三萬，鎮守屯平、山海關一帶，隨時準備動手。
刀已經架到脖子上了，朱棣似乎成為了板上魚肉，在很多人看來，他只能束手就擒了。
然而就在此時，朱棣卻做出了一件別人想不到的事情。
按照規定，建文帝登基後，藩王應入朝晉見皇帝，由於當時局勢十分緊張，很多人都認為朱棣不敢如期拜見新皇帝，但大家萬萬沒有想到，他不但來了，還干出了驚人之舉。
建文元年三月份，燕王入朝參拜新君，按說來到別人的地盤就老實點吧，可這位仁兄居然在眾目睽睽之下「行皇道入，登陛不拜」。可見朱棣囂張到了何種地步。
朱棣的無禮舉動引起了群臣的憤怒，戶部侍郎卓敬多次上奏，要求就地解決朱棣，建文帝竟然以燕王是自己的至親為由拒絕了這一正確提議。卓敬氣得跳腳，大叫起來：「楊堅、楊廣兩人難道不是父子嗎」？！
但建文帝仍然拒絕了他的提議。
朱棣就這樣在京城逛了一圈，風風光光的回了北平。而齊泰和黃子澄竟然結結實實當了一回看客，平日在地圖上運籌帷幄、決勝千里的所謂謀略家就是這樣的水平。
當然，建文帝手下並非都是一些如齊泰、黃子澄之類的人，事實證明，他還是有許多得力部下的。
在這場鬥爭中，建文帝並非不堪一擊，他也使用了很多權謀手段，特別是在地下工作方面，可謂卓有成效。
建文元年（1399）初，朱棣派長史葛誠進京城朝見皇帝，其實這個葛誠也是個間諜，他的真實目的是打探消息，但朱棣萬沒有想到的是，此人竟然被策反了，而策反葛誠的正是皇帝本人。
葛誠一到，建文帝便放下架子，以九五之尊對葛誠禮遇有加，估計也親切地詢問了他的家庭收入情況並鼓勵他好好工作之類。葛誠十分感動，皇帝竟然如此看重自己！他一時頭熱，就主動交待了燕王朱棣的種種不法行為和自己的間諜身份。然後他光榮地接受了建文帝地下工作者的稱號，表示回去後一定努力工作，並及時做好情報信息傳遞工作，爭取早日將燕王等人一網打盡。
一顆釘子就這樣紮下了。
如果說葛誠是一個小間諜，那麼下面要介紹的這位就是超級間諜，更具諷刺意味的是，此人並不知道自己做了間諜。
這個人就是朱棣的老婆，大將軍徐達的女兒。
將門往往無虎子，如常遇春的兒子常茂，李文忠的兒子李景隆都是如此。但事情總有例外，徐達之子徐輝祖就是一個例外。他雖然出生名門，卻從不引以為傲，為人謙虛謹慎，熟知兵法，而且效忠於建文帝。
他利用裙帶關係，走夫人路線，