朱元璋擊敗了張士誠後，便把主要精力放在對付徐壽輝身上，但他明白，自己真正的對手並不是那個虛有其表的徐壽輝，而是他背後那巨大陰影——陳友諒。
在這段時間裡，朱元璋做出的兩個決策使得他成為了最終的戰爭勝利者，第一個決策是高築牆、廣積糧、緩稱王，正是這個決定讓他避開了天下人的注意，當其他農民起義領袖帝王思想膨脹，扯張虎皮做大旗，鍋里沒幾兩米就敢開幾千人的飯時，朱元璋充分利用了時間，不斷發展自己的實力。
另一個決策是在陳友諒和張士誠兩個人中間拿誰開刀，當時大家普遍認為張士誠比較弱，希望先對付他，並利用佔據的江浙一帶土地擴張自己的勢力，從而與陳友諒決戰。應該說這個決策無論從哪個角度看都是正確的，但朱元璋在此時體現了他的天才的戰略眼光。
在實際決策中，不受他人，特別是多數人的意見的影響是很困難的，當許多人眾口一辭時，很多人都會從大流，甚至改變自己原來的看法，而朱元璋用他的智慧告訴了人們，真理往往是站在少數人一邊的。
朱元璋對他的謀士們說，你們的看法是有道理的，但你們沒有看到問題的關鍵，張士誠的特點是器小，陳友諒的特點是志驕，器小無遠見，志驕好生事。如果我進攻陳友諒，張士誠必然不會救他，而進攻張士誠，陳友諒就一定會動員全國兵力來救，我就要兩線作戰，到時就很難說了。
精彩！真精彩！
如此之見識，此人不取天下，何人可取！
無論怎麼躲避，決戰這一天終究會到來，這是朱元璋和陳友諒的共識。
至元十九年（公元1359年），陳友諒已經完全控制了天完國，他的兵比朱元璋多，訓練水平也比朱元璋的士兵高，更要命的是，他的長處正是朱元璋的短處——水軍。
陳友諒佔據了湖北和江西，也就是說，他佔據了長江上游，而朱元璋佔據的應天是下游，必須要仰首而戰，由於他們正好在一條水路上，水戰就成為不可避免的戰爭方式。朱元璋一再避免決戰的原因也就在於此。
雖然朱元璋不懂物理，但他也知道拿漁船去和戰船決戰於水上，無異於自殺。
恰在此時，一件事情的發生使決戰提前爆發了。這是朱元璋萬萬沒有想到的。
至元十九年（1359年）11月，常遇春率部攻克池州，陳友諒大為吃驚，準備安排部隊奪回，但事情泄漏，朱元璋有了準備，命令徐達與常遇春採用伏擊方式作戰，常遇春與徐達在九華山下設伏，打敗了陳友諒的軍隊，並俘獲了三千人。
此時，常遇春的老毛病犯了，他對徐達說，我要殺掉這三千人，徐達堅決不同意，並表示要上報朱元璋，但他沒有想到常遇春膽子大到驚人的程度，竟敢不經過請示，連夜將三千人全部活埋了！
常遇春殺降是有目的的，他留下了幾個人沒有活埋，讓他們回去給陳友諒帶去了一句話：
我是常遇春，是我打敗了你！
麻煩大了。
陳友諒真的憤怒了，自他從軍以來，沒有人敢再欺負他，在他面前總是畏畏縮縮的，常遇春何許人也，居然敢向自己挑釁！
他終於動手了，這次不再是小打小鬧了，打到應天，把朱元璋趕回去種田！
當然這是朱元璋所不願意看到的。
這次常遇春是真的把狼招來了。
至正二十年，陳友諒率領他全中國最強大的艦隊嚮應天進發，他的戰船名字十分威風，在此要詳細說說，分別是混江龍、塞斷江、撞倒山、江海鱉等，就差取名為驚破天了。
船名威風，那麼戰船呢，應該說戰船也很厲害，這些戰船大都有三層樓高，各種火炮齊備，用這樣的船來與朱元璋的漁船打仗是不用攻擊的，只要用撞就可以了。
陳友諒在攻擊前通知了張士誠，讓他夾攻朱元璋，然後他以迅雷不及掩耳之勢命令他的無敵艦隊嚮應天出發。
陳友諒指揮作戰有個很大的特點，這個人似乎從來不去仔細研究作戰計畫，而是率意而為，打到哪算哪，這個特點也一直讓他為軍事專家所垢，但客觀看來，這正是他的作戰特點，也是他的指揮藝術的精華之處。
連他自己都不知道要攻擊什麼地方，敵人能知道么？碰到這種不按常理出牌的人，誰能頂得住？朱元璋就吃了他的虧。
當朱元璋得知陳友諒率領大軍攻擊時，陳友諒的艦隊已經攻佔了軍事要地採石，速度之快，讓朱元璋咂舌，而應天最重要的屏障太平現在就孤零零的屹立在陳友諒的十萬大軍面前，由於沒有想到陳的漢軍攻擊如此迅速，城內只有三千士兵，由花雲任統帥，陳友諒在攻擊太平的戰役中充分顯示了他的艦隊的可怕實力。
他並沒有讓士兵去攻城，只是讓士兵將船隻開到太平城靠江的城牆邊，用短梯從容的爬上了城頭，一舉殲滅了三千守軍，當陳友諒的漢軍從城牆爬下來時，很多守軍還沒反應過來，獃獃的看著漢軍，他們無論如何想不通，這麼高的城牆，還有長江天險，難道這些人是飛過來的？！！
太平被攻破了，應天就像一個赤裸的孩子，暴露在陳友諒的利劍下，陳友諒已經殺了徐壽輝，成為了皇帝，現在他的目標只有朱元璋，僅有一萬水軍，看似不堪一擊的朱元璋。
天下已經在我手裡！
看來上天要拋棄朱元璋了，無論從哪個角度來看，他都沒有贏的希望，每次當他到玄武湖看到那些破爛的漁船時，總有想一把火把這些垃圾燒掉的衝動。
但事情總是有轉機的，就在陳友諒大軍南下之前不久，上天送了一份大禮給他，這份大禮是一個人。
至正二十年（1360）四月，朱元璋的部下胡大海攻下了處州，胡大海是一個愛惜人才的將領，他聽說附近有幾個隱士很有才能，便派人去請，所謂隱士，是指神龍見首不見尾，別人已經吃完午飯，他還在洗臉的那種人，未必真有本事，但不管如何，多拉一個人下水總是好的。
這幾位隱士的名字分別是葉琛、章溢、劉基。
前兩個人接到邀請，立刻就來了，可是最後的這個劉基是怎麼請都不來。
胡大海覺得此人架子太大，不想再去請了，可有人對他說，葉琛和章溢請不請無所謂，這個劉基一定要請，因為這個人懂天文。
今天的人們對天文學的興趣有限，可在當時，這可是一項了不起的本事，不是什麼人都能學的，屬於帝王之學的一種，地上的君王們覺得遼闊的土地已經不能滿足自己的慾望和虛榮，便把自己的命運和天上的星星聯繫在一起，出生的時候是天星下凡（一般要颳風下雨），即位時候是紫微星閃耀，被人奪位是異星奪宮，死的時候的是流星落地。
總而言之，都和星星有關，懂這門學問的何止是人才，簡直是奇才。
於是胡大海就上報朱元璋，朱元璋甚是感興趣，便派了一個叫孫炎的人來召劉基，但劉基就是不給面子，逼急了就回贈了一把寶劍給孫炎，這是一個不友好的舉動，而孫炎眼見使命不能完成，也急了，撕下了溫情的面具，對劉基說了一句意味深長的話：你這把劍應該應該獻給天子，天子用劍專門斬殺那些不聽話的人（劍當獻天子，斬不順命者）。
劉基明白了，這個眼前虧吃不得，乖乖的去朱元璋的手下幹活。但當時的朱元璋對他的真實能力並不了解，把他看成算命先生之類的角色。
金子總會發光的。
當太平失守的消息傳到應天后，朱元璋召集他的謀士們商量對策，在會議出現了不同的意見，大部分（注意這個詞）主張逃跑，另外一部分主張退守紫金山，但這兩部分人在一個問題上是一致的，那就是放棄應天。
這些平日自吹神機妙算的謀士在此時露出了他們的真面目，除了痛罵常遇春外，他們做的事情也只是吹噓漢軍的強大，太平如何失守，自己的軍隊如何差等等。
總而言之，言而總之，絕不能戰，戰則必亡。
朱元璋失望的看著這些人，他相信他們中的大部分人都打好了包裹，給老婆孩子準備了逃跑的車輛，隨時準備投靠新的老闆，然後在他摔跤倒地的時候再踩上一腳。落井下石、趁火打劫從來都是這些人的特長。
此時，他看到了臉色陰晴不定的劉基，似乎有話要說，他開口問道：「劉基，你有話說？說吧。」
劉基的那些同僚們停止了議論，看著劉基，自從這個人到了朱元璋手下擔任謀士後，沉默寡言，也沒有出過什麼主意，大家不怎麼瞧得起他，只是因為此人脾氣很好，從不發火，人緣倒還不差。
劉基站了起來，長時間的等待和傾聽已經消磨了他所有的耐心，他露出了自己的真面目，不再是一個好好先生，是上知天文，下知地理，運籌帷幄，決勝千里的劉伯溫！
他用輕蔑的眼光俯視著這些平日自視甚高的所謂才子們，用一種幾乎歇斯底里的語氣大聲說道：
「那些說要投降和逃跑的人應該