對作為侵略者的日軍來說，佔領南京是他們「自建國以來第一次佔領他國之首都」的「千載盛事」。為了迎接這一「千載盛事」，佔領軍遵照上司的指令，從進城的13日開始的數日內，便開始了所謂的「整治市容」和消滅「殘敵」的掃蕩軍事行動。
原定的入城式是在15日。據說因為司令長官松井石根大將那幾天身體欠佳，常卧床難起，加之「城內秩序尚未穩定」的緣故，就決定拖到17日。
13日到17日，這也是日軍實施南京大屠殺人數最多的幾天時間。在軍事用語中，「掃蕩」是非常清楚的字眼，那就是見敵人便消滅之意。「整治」這樣的詞是對外面說的新聞辭令，其實對拿槍的人和殺紅了眼的人來說，連日軍的將士後來也都認為，這就是「屠殺」的同義詞。
掌握和了解這方面的史實，有個意外的發現是：筆者基本上看到的是日軍方面的史料。
因為中國人——處在生死邊緣的守城軍人和百姓，在那些日子裡但求能夠保住一條命，不太可能還有誰能心平氣和地記錄身邊所發生的每一個細節。只有愛記日記的日軍將士倒是非常認真和清楚地記錄了當時他們自己每天幹些什麼事——這也從加害者的角度讓我們清晰地看到了南京大屠殺的真相。
比如在進城前的12月7日最高指揮官松井，就在向部隊發布的命令中專門提到了在進城後要「各師團以一個聯隊為基幹部隊掃蕩城內」這樣的明確指令。13日進入南京城後，各部隊下達的關於「掃蕩」的命令就更多更具體了。如佐佐木的第30旅團在14日就下達了「掃蕩」命令的十條內容，其中有「旅團於本日（14日）要徹底掃蕩南京北部城區及城外」、「各部隊至師團有指示前，不得接受俘虜」和出動「獨立輕型裝甲車」等內容。顯然這樣的「掃蕩」對平民和放下武器的中國守城軍人來說，就意味著被屠殺——「不得接受俘虜」的話很清楚：你即使是投降者，我也不接受你的投降，其結果當然是「死啦死啦」的。
進城的日軍下屬聯隊在13日後，也都相應作出了更具體的自己的「掃蕩」命令。比如筆者看到一份《日步兵第38聯隊戰鬥詳報第12號》報告，這份標明「昭和十二年十二月十四日」出籠的軍情報告，詳細記錄了該聯隊14日下午下達「掃蕩」命令的具體任務分配和全天戰況及其「掃蕩」結果，簽名的是聯隊長助川大佐。在這份14日的「掃蕩」報告後面還附了3個表，其中第二個表中列出了該聯隊當天出動的兵力和消耗子彈的情況，共消耗步槍機槍手槍子彈3097發。在第三個附表的「備註」一欄里有一句話非常特別和醒目：「第10中隊奉命守衛堯化門附近而駐守該處。但14日上午8時30分左右，幾千名敵人舉著白旗來到該地。下午時解除武裝後護送7200名俘虜到南京。」
關於這第10中隊在14日所「接受」的7200名俘虜，另一個日軍士兵的「日記」里清楚地告訴我們，這些俘虜後來迅速被押至下關的江邊，全部被槍殺了。
在日軍「步兵第7聯隊戰鬥詳報」中，筆者還看到了出動山炮和坦克的內容，如「步七作命甲第105號（絕密）步兵第7聯隊命令」中有「應使用三分之二左右兵力」、「坦克中隊（配合工兵小隊長指揮的兩個小隊）應負責掃蕩有特殊標記的道路」。這聯隊在之後的15、16、17號等日子裡，都有相關的「掃蕩」命令。也就是說，在那些日子裡，進城的日軍，基本上有三分之二的兵力主要用於在城內外「掃蕩」——參與屠殺。
期間日軍借「掃蕩」之名到底屠殺了多少放下武器的中國軍人和平民百姓，還是日軍「軍情」報告和他們的將士「日記」透露了部分內容：
國崎支隊，是日第10軍的王牌部隊，用我們的話，它是一支劊子手特多的「魔鬼部隊」。在這個支隊的12月14日「軍情報告」中有這句話：「了解到江心洲上有不少殘兵敗卒，就讓該守備部隊在獨立山炮第10聯隊的協助下負責掃蕩該島。掃蕩隊這夜到達該島開始掃蕩。島上解除武裝的人大約有2350名……」也就是說，這一天他們打死了俘虜2350名——「解除武裝」緊接著的結果就是槍殺，沒有掩飾，日軍將士自己多次這樣記述。
15日的國崎支隊「軍情報告」中又這樣「報告」道：「……江心洲還有不少殘敵，又派出第3大隊再去該島掃蕩。」這份「報告」沒有具體說當天他們「掃蕩」了多少中國軍人和百姓，只是提到了存留的「敵軍番號及兵力」：（一）江浦附近：以第58、78師為主，以及第18、80、85、88、138、178師各一部，總兵力約3000人；（二）浦口附近，以第78、88師為主，以及第10、18、73、80、85、117、178、181各一部，總兵力5000人。上面這兩個地方新發現的「殘敵」共8000餘人，後來被俘後都到哪兒去了？自然只有就地被殺，血染長江……
拉開大血幕之後的悲慘情景，本章前面已有所敘述——但多數講到的有關「掃蕩」是在下關長江一帶和城內，其實在南京廣大的市郊的「掃蕩」行為，也是不勝枚舉。
這裡有一名參加南京城郊村莊掃蕩的日軍回憶：
有一次，我們因為懷疑某村莊有游擊隊潛入，於是就放火將它燒毀，一戶也不留。另一次，單憑直覺認為村莊上有敵情，就將村莊燒毀，村民全部殺光，不留一個活口。
對居民而言，這實在是無妄之災，但是，日軍卻單憑自由心證，在無重大理由的情形下，做出這種喪盡天良的事。
我首次犯下燒毀民房的大罪，是在入侵南京的途中，一處名為「句容」的鄰近村莊。當時我所屬的大部隊，以預備隊的姿態跟隨在第一線部隊的後面。
隨著接近南京，中國方面的抵抗也愈來愈頑強，在句容前方不遠之處呈現膠著狀況，於是部隊就暫時停留在當地。在那一段短暫的停留期間，分隊中的野呂一等兵夥同其他分隊的士兵一行五人，不知前往何處去徵收食物。
當時在附近仍有許多戰敗的敵兵潛伏著，他們少數人到離開街道的地方去行動，實在很危險。而且在戰況不明，不知何時就要前進的情況下，他們竟然忽視這個道理，私自外出行動。
我心中突然有一種不祥的預感。如果他們平安無事地回來還好，萬一發生問題，事情就鬧大了。不巧的是，總攻擊的行動正要開始，大岳隊也接到了前進的命令。
此刻我再也無法隱瞞了，於是懷著恐懼心向中隊長報告。雖然中隊長非常憤怒，但事情既已發生又不能不處理。
如果是不懂人情的隊長，也許會以「大事為重」的理由，不理會他們而率隊出發，但是很體諒部下的大岳中尉，卻立刻召集幹部商量後，派出搜索隊。
這個臨時的搜索隊，是由發生問題的本分隊和丹羽分隊的隊員組成，由身經百戰的三宅班長擔任指揮。
僅兩個分隊的兵力，就敢進入敵方和游擊隊潛伏的地區，實在很危險。途中經過兩三個小村落，未發現任何跡象，再繼續前進約八公里後，看到一座周圍用土牆圍成的村莊，約有五六十戶人家。
「這個地方很可疑。」說著班長就在村莊前方下令停止前進，然後自己帶著三名士兵不知要前往何方，約三十分鐘後就抓回三名狀似當地居民的男子。
班長似乎打算從他們口中探出消息。結果不出所料，他們一回來就叫翻譯人員溝口一等兵進行問話。
「你們有沒有在附近看到幾名日本士兵？坦白說，他們到哪裡去？現在又怎樣？如果有任何隱瞞，你們就沒命。」
那三個居民看到班長拔刀在恐嚇，可能是驚嚇過度，一時竟答不出話來。班長卻以為這是無言的反抗，而大聲呵斥道：「臭傢伙，你竟敢不合作，我要你的命。」同時高舉軍刀，做好砍首的準備姿勢。
也許是因為我不認為他會真的砍下去，所以當我看到他那把鋒利的軍刀掠過居民的頭部時，我的確吃了一驚。
鋒利的刀鋒不偏不倚地砍斷其中一位居民的首級，滾落在草叢中，從切口噴出的鮮血染紅了附近的草木。其他兩位居民此刻非常害怕，於是就將自己所知道的一切道出。根據他們的說詞，住在前方那座村莊的都是普通老百姓，但最近有幾十名中國游擊隊員潛入。今天白天里，突然來了幾個日本軍人。不久就響起一片槍聲，但是因為事情發生在村莊內，他們不知詳情，也不知道那幾個日本士兵的下場如何。
聽到這裡，大家都判斷野呂一等兵可能是因為徵收而遭到殺害。下一步只需前往確認，然後準備收屍。但是不超過30名的兵力，想要從正面挑戰實在太危險，一不小心很可能全部被殲滅。
於是班長就決定等到入夜村民全部熟睡後，放火燒毀村莊，趁居民們狼狽逃亡之際，一舉將他們全部消滅掉。班長是一位沙場老將，作戰經驗豐富，他的作戰策略從未失敗過。
等到深夜，認定村民都熟睡時，我們就