在日軍進攻南京之前，守軍和國民政府為了防止日軍轟炸而利用各種設施挖掘了大約5000餘個防空掩體。這些掩體有軍事用途的，也有的純粹為躲炸彈所設，更多的是民間百姓自己在院子和房屋下自挖的地洞，大的可藏幾百人，小至一家幾口人所用。
一日，日軍進城後發現，一些國民黨政府和軍事部門皆有堅固的地下工事，開始他們以為是蔣介石等珍藏寶藏的地方，因為這些洞穴一般不易被發現，皆有地表掩蔽物，有的深不可測，有的是水泥鋼筋大門緊鎖，有的曲徑通幽，更有地堡式的軍事設置。日軍對此十分懼怕，乾脆見到這樣的建築，就用炸藥爆破或直接掩埋。
「有人！我們這兒有幾十個活人哪！」日軍某聯隊把重磅炸藥放在一處地下工事的出口處實施爆炸。「轟隆」一聲巨響後，只聽倒塌的洞穴內傳來幾聲乞求的哀嚎聲，稍後見幾個渾身血肉模糊的「泥人」從殘洞口滾出來，舉著雙手。
「死啦死啦的！」日本兵見狀，迅速後退幾步，端起衝鋒槍和步槍，一陣掃射。
洞口平靜了。後來幾個膽大的日本兵進去一看，裡面躺著幾十具屍體。有軍人，也有百姓，他們都是中國人。
在原國民政府交通部的防彈掩體里，日軍搜出100多名放下槍的中國軍人，然後讓他們站在一起，用坦克上的機槍掃射，不足3分鐘時間，100多具肉體全部倒在血泊之中。有位日軍坦克手覺得射殺的時間太快，一點兒不過癮，於是他把同伴拉到一邊，自己拿機槍，再度對準已經躺倒的屍體，猛烈地射擊了2分鐘，直到把幾串機槍子彈打光。他一邊打，一邊看著機槍子彈掃射下的中國軍人的屍體血肉橫飛的情形，哈哈大笑，這就是他們玩的「砸西瓜」。
後來日本兵對這樣的防空掩體不再採取進洞搜索，一律用炸藥將掩體轟塌封死，不管裡面有多少人，也不管是死是活，統統掩埋。
百姓的小掩體太多太雜，這是日本兵非常討厭和無奈的。但他們也有辦法——夫子廟附近有個澡堂，澡堂的大門口有個地洞，日軍進城時，十幾個來不及逃跑的守軍傷員和幾個老百姓與5名孩子躲在裡面。日本軍進入澡堂，發現了地洞，對準洞內就是一陣掃射。怕還有人活著，於是在澡堂澆上汽油，一通大火，燒個精光。房子和地洞一起被掩埋在火海之中——不可能有活著的人存在。
李秀華，住在城郊西干長巷的倖存者。11歲那年，除她父親外，所有的家人都藏在家裡旁邊空地下的防空洞內。日本兵來搜索，不見大人，便給小孩發糖，讓小孩告訴他們大人藏在何處。小孩不敢吃糖，於是日本兵又繼續搜索，結果發現了李秀華家的一個防空洞。日本兵威脅裡面的人再不出來，就堵住洞口，用火燒，用煙悶死裡面的人。李秀華的哥哥當時19歲，剛剛結婚沒幾天，衣服穿著整齊，頭髮也理得有模有樣，他第一個從洞里出來，日本兵一見，便認定李秀華的哥哥是「中國兵」，於是便用軍刀砍死了。第二個出洞的是李秀華的堂哥，也是19歲，這回日本兵用刺刀將其捅死。第三個出來的是李秀華的堂叔，命運同樣。日本兵將3個男人殺害後，似乎仍不解氣，「他們把屍體扔進洞內，又放進黃顏色、四方塊的像肥皂一樣的東西，然後點著火……」幾十年後，李秀華回憶說。
第一批日本兵走了不到2個小時，第二批鬼子也來到李秀華家，這回日本兵逮到了李秀華的嫂子，將其強姦。李秀華的另一位親戚大娘，以為五六十歲了，日本兵不會拿她怎樣，結果還是被野獸們姦殺了，並且還將扒光衣服的屍體「展覽」……
長白街頭條巷18號，住著魏廷坤一家。日本兵進城後，魏廷坤的父親帶著老婆躲藏在成賢街的一座尚未竣工的樓房底下的地下防空洞內。當時的洞里已經藏了三四十人。一位炸豆腐乾的老鄉聽到外面有動靜，便在洞口張望，結果只聽「嘭」的一槍，炸豆腐乾的人就死了。日本兵這下發現了地洞，用槍逼著裡面的人一個跟一個地走了出來。就在大人往外走時，人群中有個小機靈鬼趁人不備，鑽進了牆邊的一個煙囪里，這個小機靈鬼就是魏廷坤。躲進煙囪內的魏廷坤不一會兒，便聽到外面一陣陣槍聲……深夜時分，魏廷坤從煙囪里悄悄探出身來，暗淡的月光下，他看到自己的父母和30多個人全都躺在地上，已經被日本兵統統槍斃了。
日本兵對待這樣的零星掩體，他們總結為「掘洞、打洞、埋洞」的「三洞」戰術。首先在市面的商店和市民家裡，發掘有掩體的地洞，倘若見是男人便就地槍斃或刺死，倘見是「花姑娘」就進行強姦——這叫「打洞」，然後把強姦、輪姦後的婦女扔進洞內，用手榴彈或炸彈，將洞穴掩埋。這就是所謂的「三洞」。
多少市民和俘虜被日軍處死在防空掩體里，無人統計過，這僅僅是日軍實施大屠殺的一個形式而已。