除了13日進城第一天日軍在下關一帶集體屠殺渡江不成的中國守軍官兵外，14、15日是日軍在南京城內屠殺中國俘虜最瘋狂的兩天，這樣的屠殺出於兩種目的：一是日軍害怕剩下的中國軍人抵抗他們，二是遊戲式的虐殺。故而出現了見年輕男人就殺的一幕幕慘劇——
14日，日軍一個大隊從紫金山上下來進城前，他們抓到了一位中國少校軍人，逼他帶路通過太平門進了城裡。這時突然迎面見一隊中國軍人，於是日軍聯隊迅速將其包圍。通過翻譯，日軍告訴中國軍人：你們的司令長官們都逃跑了，繳槍投降吧！中國軍人便紛紛把槍繳了。問這些中國軍人哪個部的，他們回答是剛從鎮江那邊撤退過來，以為南京城還有安身之地。日軍聽後大笑，以為這些中國軍人都成為他們的瓮中之鱉。但日軍聯隊很快有些緊張起來：自己才不足一百來人，「敵方」的俘虜卻漸漸多達一千多人！怎麼辦？開始日軍把俘虜過來的中國軍人用繩子一個個綁住，讓他們站在城牆一角，後來人太多，根本綁不過來，且一千多個人，吃什麼？請示上峰關於給不給吃飯的問題，回答：不給吃。不給飯吃倒不是大事，反正俘虜，餓幾天也不算虐待。但幾十個人要看守一千多人，什麼「好事」（指搶奸盜樂玩）都幹不成了，於是日軍聯隊的官兵再次向上峰反映怎麼處理俘虜？上峰迴答：「就地處理掉。」
「送你們走嘍！」日軍嘻嘻哈哈地把中國俘虜統統趕到城牆根下，讓他們排成隊，然後機槍、衝鋒槍、步槍一起上……
一千多人用了十幾分鐘全部「處理掉了」。這個日軍中隊便扛著濺滿鮮血的刺槍和太陽旗，洋洋得意地走向金陵城的大街小巷。
同一日，日軍的一個機槍中隊從紫金山往下走，一條鐵道沿著山谷向遠方延伸，警惕性很高的日軍既緊張又害怕，擔心有殘餘的中國軍人阻擊，於是機槍手們趕緊卧下身子，架上機槍。果不其然，不多時，只見一隊約一個旅的中國軍人從堯化門沿鐵道向日軍機槍中隊這邊逃亡而來。因為隊伍是舉著白旗，所以日軍沒有開槍掃射。
10000多人哪！怎麼辦？日機槍中隊請示上峰，回答是：將俘虜帶進城來。
「我們才幾十人，押送這麼多人不行呀！」日機槍中隊請求增兵支援。很快聯隊又派來一個中隊，並要求連夜將俘虜押進城裡。
200來人押10000多人，依然是個大問題，且已夜幕降臨。日軍儘管表面上氣勢洶洶，心頭小兔子直跳。
進城後，機槍中隊的日軍發現，他們押來的俘虜被塞進早已停在一塊空地上的一輛輛貨車中，說是分批送到一個地方去「處理」——俘虜們當然不知情。
這10000多俘虜就這樣被貨車運到下關的長江邊，然後再由那裡的日軍實施集體大屠殺。「處理」的方法各不相同，有直接用機槍掃射的，也有用另一種辦法——「那邊有個山坡，大家稍稍用力一推，貨車就會往下滾。上頭說：『把這些傢伙扔到江里去！』於是大家就把貨車連人一起推下了揚子江。」這是一個叫朝倉正男的日本老兵說的。
在城內搜索出來的中國俘虜越來越多，他們有的被貨車運到下關江邊直接「處理」了，有的是整編製的一營一團甚至一旅的俘虜，日軍也有些顧忌，所以先把俘虜押送到江邊的那些廢棄的倉庫里，騙俘虜要給他們「安置」，其實也是為了掩耳盜鈴地實施更殘暴的「處理」——「倉庫被塞得滿滿的。過了幾天，工兵往那裡點上火。雖然是命令，但還是可憐，全給殺掉或蒸烤死了。南京的倉庫是用磚和鍍鋅鐵皮做成的，所以從倉庫的窗戶里到處冒出滾滾黑煙。倉庫里全是中國人，再也沒有（裝人的倉庫）了，於是讓中國人排成4列，不是幾十米，而是更長。他們密密麻麻地排成隊，數量驚人。我們排好幾挺重機槍和輕機槍。隨著一聲『打』的命令，就『啪啪啪』地開始掃射了。不僅是我們中隊，是所有在那兒的聯隊都幹了。」原日第16師團33聯隊第3大隊老兵大田俊夫如此說。
日山炮兵第19聯隊8中隊伍長近藤榮四郎在他的《出征日誌》里也記錄了他參與12月16日的一次江邊「行動」：
……今晚兩萬俘虜收容所起了火。去和警戒中隊的兵換班。終於決定今天把俘虜之三分之一、約七千人在揚子江畔槍殺。我們去護衛，於是全部處置完畢。殘餘未死者以刺刀刺殺。
月亮掛在山頂上。在皎潔清幽的月光下，臨死者痛苦的呻吟聲真是無比凄慘。如若不是在戰場上是見不到這種景象的。九時半左右回來。這番場景終生難忘。
日軍在16、17、18日三天內，對從幕府山下來投降的17000多名中國俘虜，用同樣的方法實施了集體屠殺。
為了求證這樣的血腥事件，筆者從史料中找到了當時的日軍現場記錄。比如與近藤榮四郎同一個聯隊的黑須信忠在16日的「日記」中這樣說：午後一時，從我炮彈兵抽出20名去幕府山方面掃蕩殘敵。二三日前俘虜的支那兵之一部分五千餘人被領到揚子江岸邊用機關槍射殺了。其後再以刺刀恣意刺殺。我也在此時刺殺了絕對可憎的支那兵約30人。
登上成山的死人身上去突刺時的心情，就是要拿出壓倒魔鬼的勇氣，用足了力氣去突刺。支那兵在嗚咽呻吟，既有年長的，也有小孩，一個不留統統殺死，試著用刀把頭砍下來。這樣的事真是迄今從來沒有的稀罕事……回來已午後八時，手腕相當疲勞。
聽聽，這樣的魔鬼殺中國人時的心境是何等殘暴，把他們的暴徒與魔鬼心態表現得淋漓盡致！
士兵目黑福治的「日記」記得簡單，卻把日軍犯下的事實和殺害中國俘虜的數量說得再清楚不過：
16日：午後四時山田部隊槍殺了俘虜的敵兵約七千人。揚子江岸上一時間成了死人山，其狀極慘。
17日：午後五時去執行任務，槍殺了敵兵約一萬三千名。這兩天內山田部隊殺了近二萬人。各部隊的俘虜似要全部槍殺。
18日：午前三時左右起風下雪。早上起床見各山頂都頂著白雪，這是初雪。南京城內外集結的部隊約十個師團。休養。午後五時槍殺殘敵一萬三千餘人。
19日：本來應該休息，卻於六時起床。把昨天槍殺的敵屍體一萬數千名扔到揚子江里，一直到午後一時。
沒有比這樣的暴行更殘忍的了！殺人在日軍眼裡已經變得很平淡很平常，中國人甚至連豬狗都不如。
俘虜兵的可憐無法想像。當時從幕府山等其他地方敗下陣來的中國軍人投降以後，他們以為日軍至少會按國際慣例尊重俘虜的基本生存權利，但日軍根本無視國際法和基本的人道主義。在俘虜們被押至江邊關進倉庫後，仍不知即將到來的死亡，中方俘虜中還有人向看管他們的現場日本軍官寫紙條懇求給一點點飯吃，從其文字里我們可以看到這些俘虜的悲慘情形和日軍根本無視他們直至殘殺俘虜的暴行。保存這份中國俘虜懇請紙條的是日軍少尉天野三郎，當時他將這份東西寄給了國內的親屬：
報告
我們離了隊伍投到大日本軍隊繳槍，希望給我們一個安置的辦法。但是到了這處已有三天，究竟有沒有辦法處置？數萬可憐的人，餓了四天多了，粥水都沒有半點食，我們快要餓死了，在這生死的頃刻中，要求大日本來拯救我們數萬人的命，將來服從大日本的驅使，報答你給我們的恩惠，赴湯蹈火，我們也甘願，懇求大日本維持我們一粥一飯……
大日本長官 釜核
投降軍臨時代表呈
呵，我可憐的投降了的中國官兵兄弟們，你們太天真和幼稚了！身為「勝利者」的日本皇軍不可能發出「大日本」的慈善之心，帶著屠刀來到中國的他們，根本就沒有這樣起碼的善良！永遠不可能！
餓著肚子，被騙到江邊，等待死亡是中國軍人唯一的命運。
這一點，數萬放下武器的中國守城軍人是不曾想到的，他們的悲哀也在於此。
當時的日軍認為，除了在13日晚和14日上午逃亡到下關一帶的中國守城軍人外，南京城內應該還有2萬左右隱藏著的中國軍人，因此日軍見到街上50歲以下的男人不管你穿著什麼衣服、什麼打扮，或者你自己說什麼職業，基本上都被作為「中國軍人」而抓起來。抓起來的若是人數在幾個、幾十個和一二百人的，便隨意找個地方「處理」了。
日軍第16師團步兵第33聯隊松田五郎等人，14日在城內參加「掃蕩」，在一個巷子內抓到了25名俘虜。抓到後怎麼辦成了這些基層日軍碰到的難題，問長官，長官說不知道，又說：「反正由你們自己處理吧。」
於是分隊長就下令：讓俘虜們排成隊，然後每人前面站一個持刺刀的日軍。「我拿刺刀『嗬』的一聲刺去，哪知那人穿著棉襖，刀刺扎不進去，反而給緊緊地拽住了。我想這怎麼行，就扣動了步槍的扳機，『砰』的一響，那人馬上死了。」松田五郎說。
「我進城後只抓敗兵，結果就