其實，日本軍人的記憶是非常清晰甚至非常詳盡的，大到指揮整個進攻南京戰役的大將松井石根、師團長中島今朝吾中將，小到普通士兵，他們對13日攻進南京城有太多、太深的記憶了。
這一天對日本人來說，簡直就是「過大節」一樣「歡天喜地」。在東京，這一天早早準備了80萬人參加的慶祝大會。這是天皇的旨意：好好慶祝一番，大和民族自建國以來，第一次勝利佔領另一個國家的首都，且是幾千年來一直在世界上獨領風騷的鄰國——中國的首都。
在給讀者閱讀日軍自己所記錄的進入南京第一天的大屠殺之前，筆者在浩如煙海的《南京大屠殺史料集》第61卷里首先看到了一位東京日日新聞社陸軍隨軍記者鈴木二郎撰寫的一篇題為《我所目擊的「南京悲劇」》的文章。他在「虐待毫無抵抗的俘虜」一段中這樣說——
無論是日本軍部還是我們，都認為如果南京陷落，國民政府就會投降，這場戰爭就能結束了。所以南京佔領軍的士氣十分高漲，另外再加上「勝者」的驕傲和精神上的鬆弛，以及日本軍的「三光作戰」（燒光、殺光、搶光）政策，僅僅在南京就對多達30萬的市民進行了屠殺。
第二天即13日，包括畫家中川紀元、已故的大宅壯一在內的大阪每日新聞、東京日日新聞社的後續記者以及攝影師等一行數十人，將市區內的一家不見人影的磚結構的旅館作為前線本部，並搬了進去，而我則又一次返回中山門。
在那裡，我第一次看見了慘絕人寰的悲慘的大屠殺。
在25米寬的城牆上，俘虜們排成一列，被刺刀一個接一個地刺倒在城牆外側。
其中許多日本兵揮舞著刺刀，大喊著向城牆上的俘虜胸部、腰部刺去。鮮血在空中飛濺，那場面如同地獄一般……看著這一慘景，我長時間獃獃地站在那裡。
但在這殘酷的場景中，有一個我不理解的現象，讓我一直無法忘記。那就是被刺的俘虜們的態度和表情：即將面臨死亡的人們，露出冷冷的微笑，有的人有時還哈哈地大笑著，等待著「依次死亡」。
在這個戰場上，手持紅纓槍的一群人，不畏死亡，一次接一次地襲擊，持續著讓日本兵感到困惑的肉搏戰。
……思維已經凝固，我離開了那個現場。回來的路上，我再次潛入「勵志社」的院門。院內有一棵之前沒有注意到的大樹，在那裡有10餘名俘虜被鐵絲捆綁著。每個人的臉像紙一樣蒼白，光著膀子。有的人坐著，有的人站著，用無神的眼神看著我。
這時，吵嚷嚷地進來幾個日本兵，其中有兩三個人拿著鎬，由此我知道了是他們的工兵。他們沒有向站在旁邊的我看一眼，其中一個人往大樹前一站，叫道：「這些傢伙竟然也想攻擊我們的同伴。」說完就舉起鐵鎬，對準這些毫無抵抗的俘虜中的一個揮下去。閃閃發亮的鎬尖「咔嚓」一聲砍下後，血就「咕嚕咕嚕」地噴了出來。其他人看了之後掙扎著身體，但是什麼也做不了，任由其他士兵進行暴力行為。這簡直是慘不忍睹的瞬間慘劇。在這些俘虜中，既有穿著軍裝、扎腰帶的人，也有看上去像是市民的人。
看到這些，我沒有辦法阻止，只好逃了出去。
被日軍逮捕的守城軍和普通百姓，在這種情形下是無法逃跑的，他們的命運只有一個：死亡。
我們還是來看看那些佔領南京後的日軍官兵們是如何施行暴力以及他們的心境是怎樣的——
這是1937年8月才應徵入伍的高島市良寫的13日當天和第二天所看到的南京城的景象：
黎明前，槍聲戛然而止。看來在山上死守了三天的敵軍撤退了。第6中隊為尖兵向天文台高地進發。
天亮了，炮聲停了，昨天還籠罩在炮火硝煙里的南京城就清晰地浮現在眼前。
「啊，南京！」長長的城牆輪廓分明。這時的喜悅，令大家眼裡不由得泛起淚光……
尖兵激動地在天文台豎起日本國旗。
半開的太平門上寫著「13日上午9時，野田隊佔領」幾個字。
解除了武裝的幾百名俘虜跪在戰壕里，都是些瘦傢伙，眨巴著眼睛看著我軍。
……立刻又要出發。第1小隊抓到了兩百多名殘兵。他們是不知道南京已經陷落而逃來的吧。我去問大島副官如何處置這些俘虜。大島副官說：「不管是200還是500，隨便拖到什麼地方都殺了！」於是把他們裝入了車站的空置車廂，決定由小隊協助重機槍隊在揚子江邊處理俘虜。
貨車中的俘虜「哇哇」地叫喚起來。貨車裡冒出蒙蒙熱氣。把俘虜一個一個地拉了出來，都光著身子，呼吸困難，「哇哇」地叫著，指著水壺說：「大人，大人，水，水。」「混蛋！」我怒罵道。他們捧著積在凹地中的泥水喝。俘虜排成4隊，兩手舉起。我們拉著50人來到江邊。
因為是在他們的腳下放上手榴彈，所以危險性極小。只是小分隊人數少，下級軍官也只有我和近藤兩人，如果他們拚死騷動起來的話我們就控制不了了。把人從貨車和倉庫里拉出來，共1200人，讓他們面朝江水坐在沒膝蓋的泥土中。命令一下，躲在後面戰壕里的重機槍就一齊開火。他們便像骨牌一樣倒下去，血肉橫飛。跳進水裡的數十人被等在棧橋上的輕機槍全部打死，鮮血染紅了泥水。啊，多麼殘酷的情景啊！這種情景在人世間哪兒還有呢？還會蠕動的人，就用繳獲來的槍再打。軍艦漂浮在揚子江上，水兵們在甲板上眺望著這一情景。
扛著一面大國旗進入挹江門，門上寫著：「12月13日下午5時，助川部隊佔領。」在焦黑的屍體上鋪上沙袋走上城樓。不知城樓為何被燒的。燒了一半的屍體散亂在街頭，衣服、刺刀、彈藥滿地都是，還有被遺棄的高射炮。電線杆倒了，電線像蜘蛛網似的絆腳。整修好的寬敞的道路也是沒有可踏腳的地方。我們的戰車拉著繳獲的高射炮，威武雄壯地開過來。草地上有「忠孝、信義、和平、仁愛」八個大字，畫著大大的抗日標語、漫畫。海軍部、鐵道部等官府林立，海軍部成了陸戰隊本部，飄揚著軍艦旗幟，佇立著水兵的崗哨。
寬敞的官邸內，雄偉的建築上飄揚著英國國旗，掛著「大英國駐中華大使公館」的牌子。這就是每次對我們的作戰做出不利的奇怪舉動的英國大使居住的公館么？掃蕩市內。說是市內，除了政府所在街道外，都像是農村街道。第88師司令部倉庫、學兵隊兵營，幾乎什麼也沒有。因為有電話機，就塞進放地圖的包裡帶了回來。手榴彈丟得到處都是。
二三十人一組，反綁著手的俘虜有好幾組。到處可聽見轟響聲，還燒起火來。想必是在用手榴彈處置俘虜吧。
進入南京城後，各個部隊都面帶喜悅，精神煥發……
上等兵井家又一記憶中的13日：
看到南京了！沒想到真的見到了迄今一直進攻的地方，將日本國旗綁在機關槍上，抑制不住地喊出了響徹雲霄的「萬歲」聲。
南京城牆沿著右手方向延伸到遠處的山腳。遠遠看到了南京街道。霞光遮住了視野。「萬歲」的呼聲一遍遍地響起。城牆上一面接一面地飄起幾十面日本國旗……
應徵入伍90多天，在上海戰場上多少次徘徊在生死之間。結束上海戰役後前來南京並登上城牆……當想起天皇，想起父母、兄弟姐妹，祈禱平安無事、歡呼萬歲之時，禁不住流下了止不住的淚水。
日第9師團一等兵水谷庄的記憶停留在13日7時20分登上南京城門的一刻：
站在城牆上，雙手舉著槍，向著東方聲嘶力竭地不停高呼「萬歲」！取出哥哥給我的日本國旗系在槍上，反覆高呼著「萬歲」，大家都激動得淚流滿面。嗚呼！盼望已久的南京城頭，能夠沉浸於這種激動之中的只是包括我們在內的極少數人。全身洋溢著軍人的幸福感，我們百感交集。生為日本男兒真是好啊！
日軍第16師團第20聯隊第2小隊第3分隊士兵增田六助這樣回憶13日：
昭和十二年十二月十三日是攻陷南京的日子，在我國歷史上永遠是輝煌燦爛的一天。不用說，南京是國民黨的大本營、中國抗日排日的中心。南京的一面臨著揚子江，另外三面為山和丘陵包圍，地勢天然險要，易守難攻。憑藉防禦工事，蔣政權欲與皇軍一決雌雄，試驗一下其政權是存還是亡。可惜蔣介石沒有堅固的盾牌來阻止我皇軍，在我正義之劍面前，蔣介石的軍隊不堪一擊，僅三日即告城破。城門上飄揚著我日本太陽旗，皇軍的勇士們如決堤的洪水般湧入城內，臉上的熱淚泛著光。
最先佔領中山門並揚名軍中的是大野部隊的明星部隊——坂清中隊。下午1時，這位血達魔隊長（日軍第20聯隊第4中隊隊長坂清中尉，其在南京市東郊的戰鬥中右腕負貫通傷，故有此別名）帶頭走在前面，隊伍里的士兵捧著陣亡者的遺骨，雄赳赳地開進了城內。中隊官兵無暇休息，隨即在田中少尉的指揮下，開始了對城內殘兵敗將的掃蕩。我們進入了距