1969年，黨中央正式決定進行一次地下核試驗，並任命王淦昌為此次核試驗的總指揮。同以往核試驗一樣，當中央的重大決策下定，所有相關的製造與參加試驗的數百家工廠、數十家研究單位、數萬人將要投入緊張的運轉。
可是人呢？人都到哪兒去了？王淦昌從北京飛抵羅布泊時，昔日人聲鼎沸的戰場，怎麼就見不著幾個人了？
「老院長您總算來了，我們的人都被拉去開批判會了，這兒已有一兩個月沒正經搞生產了！」有人走過來悄悄告訴王淦昌。
一兩個月沒工作？這還是不是核試驗基地了？王淦昌心頭之怒不由直衝腦門。他找到上面派來「支左」的頭目、人稱「惡二趙」的兩個人（兩人後被鎮壓），責問道：「中央的命令可以不執行嗎？」「惡二趙」見中央有文，自知不好正面與王淦昌較量，便悄悄避到一邊去。然而沒有人幹活怎麼行呢？地下核試驗可不是往地里種蘿蔔，缺一個方面的人馬，就會使整個系統無法正常開展工作。身為地下核試驗的總指揮，王淦昌心急如焚。他又一次找到「軍管會」頭目「惡二趙」，要他們趕快停止把大隊人馬整天拉出去搞運動。
「那怎麼行！偉大領袖毛主席親自發動的『文化大革命』，本身就是一場史無前例的革命群眾運動，廣大群眾不參加還叫什麼運動，誰都別想破壞這場偉大運動的開展！」「惡二趙」氣勢洶洶，根本沒把王淦昌這個「總指揮」放在眼裡。王淦昌是個忠於職守的人，想不到碰了如此一鼻子灰！當天，他用機密電話向北京彙報了基地的情況。
「胡鬧！地下核試驗是毛主席、黨中央作出的決定，怎麼能耽誤呢？一定要恢複生產和科研工作，該上班的同志都得回到第一線！這是中央的命令，必須執行！」周恩來得知後，直接向基地打來電話。
「惡二趙」無可奈何地硬著頭皮開會傳達，然而基地的廣大幹部群眾和指戰員恨透了這兩個人，沒有人理他們。這一下，「惡二趙」反倒緊張起來了。他們明白，「文革」重要，可核試驗也不是件小事，每次核試驗執行的都是鐵的紀律和鐵的命令，跟打仗沒有兩樣，誰真要耽誤了，或者在試驗過程中出了什麼事故，那可是天塌下來的事，誰頂得住呀？「惡二趙」只得極不情願地張羅人開工，但已經陷入混亂的基地竟然到了想動也動不了的地步。
無奈，「惡二趙」找到了王淦昌：「王總，這可怎麼好，找不到人上班呀！我們是下了很大工夫的，可還是不見效，是不是由你向中央把這裡的情況彙報彙報？」王淦昌不傻，知道對方想把皮球踢到他這邊來。思忖片刻，他說：「既然這樣，就用我這張老臉去做做工作吧。在中央對地下核試驗定下的時間內，我們一定要按時完成，否則就是對不起毛主席。你們說呢？」危難之際，王淦昌心頭比誰都著急。其實基地廣大幹部群眾、科技人員和指戰員都很關心地下核試驗，只是大家恨透了「惡二趙」破壞生產和整人的那一套，一些膽小的人甚至懼怕他們的瘋狂行徑，所以寧可少找點麻煩，讓「造反」就去「造反」，讓參加「批判會」就去參加「批判會」，啥生產啥試驗，才不管呢！面對如此一盤散沙，王淦昌怎能不急？
「同志們，我們乾的這個事業與西方世界有一大段距離，不能再耽誤了呀！大家應該清楚，科學試驗花的時間是很多的，我們本來就有很多事情要做，再因為運動和整天開會，生產和科研就沒有了保障，這就完不成中央交給我們的任務了！」
「地下核試驗意義重大，它可以豐富我們過去的地面和空中試驗，能掌握許多新的數據。所以大家一定要抓緊時間，全力投入工作，以最快的速度通過地下試驗這一關！」王淦昌一個科研室、一個生產車間地跑，一遍又一遍地跟大家講道理。當時的科研人員連看業務書都被禁止了，只能在自己的家裡偷偷看。王淦昌就利用就餐時間，挨家挨戶去請出科研人員帶著業務書上研究室學習、研究。
生產部件的車間里不見一個人，王淦昌拖著自己有病的身軀，到處尋找車間主任。車間主任告訴他：「王總啊，我們都已經給人家奪權了，再出面也沒有人理我們啦。再說，大夥真的來上班，連食堂里的飯都吃不上啊。大師傅們也都回家的回家了，鬧革命的鬧革命去了，不好辦呀。」看著車間主任為難的樣子，王淦昌急得直搓手，他是個科學家，能獨自運算和設計無數錯綜複雜的中子、原子一類的頂尖難題，也能作為一名核武器科學研究的主要領導與組織者指揮和處理各種千頭萬緒的業務工作，但他卻從來沒有做過行政工作。面對車間主任和下面提出的類似難題，不知如何是好。深思之後，他突然對車間主任說：「能不能把同志們的家屬發動起來，讓她們給大家做飯？」
「這……」車間主任想了想說，「倒是個好辦法。可誰給她們開工資呀？我們職工的錢都是上面按人頭撥下來的，家屬們幹了工作也不能從財務那兒拿得到錢呀！」
「這個問題我能解決。」王淦昌不假任何思索地回答，「可以由我來給她們發工資嘛！」車間主任不由捧腹大笑起來：「王總您有多少錢可以給大家發工資？再說您真給大家發了，人家造反派會說您是在僱工幹活，是『剝削階級』的行為嘛！」王淦昌一下愣住了，心想對呀，這倒是個難題。於是嘀咕道：「那還是我去動員那些燒飯的大師傅吧。」也許正是基地的幹部群眾和科技人員們看在他們老院長這麼認真和天真的分上，再加上王淦昌本來威望就高，所以大多數部門和機構都回到了自己的崗位上。然而，被「惡二趙」人為搞成的兩派只要一發生衝突，基地上的生產和科研就會受影響，甚至停工停產。派別鬥爭已經嚴重到拿槍拿重武器的地步，為了讓雙方停止武鬥，回到生產和科研上來，王淦昌不止一次冒著生命危險親自跑到兩派的「司令部」勸說。
「你們都清醒地想一想，現在是啥時候了？按照中央規定的時間我們已經緊得不能再緊了，你們大家都不能再情緒化了。搞地下核試驗是國家大事，大家要以國家利益為重，否則將來就會變成歷史的罪人！」但由於派別鬥爭和管理上的混亂，一些原先就回北京休假或者辦事的人藉機都沒有回到基地，使得基地不少崗位的人手異常緊缺。從青海到北京，來去需要坐好幾天火車的工夫。王淦昌利用自己經常回北京彙報工作的機會，抽出時間走訪那些留在家裡的同志，勸說他們返回基地。
「九院」家屬大院中不少老同志感慨地對我說：「那陣子王院長天天串東家走西家地找人，碰見一個就盯住一個不放，一直到人家同意回基地為止。好多同志回到基地，就是沖著老院長的面子才離開北京的。沒有他呀，我國的第一次地下核試驗還不知要拖到什麼時候呢！」如果不是王淦昌上上下下動員，如果不是憑著他崇高的威望，被「惡二趙」把持大權的基地在那幾年是絕不可能進行任何實質性的試驗工作的。基地的人們還記得，當時從烏魯木齊通往基地關口的要道，都被兩派的造反派重兵把著，別說物資不易運送，就是行人也常常都要被扣下。
一次，王淦昌和隨行幾個要員剛到烏魯木齊機場就聽到激烈的槍聲，通往基地試驗場的通道被造反派們死死地把守著。「怎麼辦？我們帶的都是機密資料，可不能被壞人搶走啊！」王淦昌著急得在原地轉圈。
有人建議繞道而行。「不行，一旦途中發生情況，資料丟了怎麼交代呀？得重新想辦法。」王淦昌急中生智，連夜給有關部門打長途電話，於是很快來了一架飛機將王淦昌一行安全送抵了核試驗基地馬蘭。
今天很多中國人為自己國家擁有強大的核武器而無比自豪，誰能想到當年王淦昌他們所進行的試驗工作是那樣的艱難！不說國家的物質經濟條件差，不說西方世界對我國技術與情報的封鎖，我們自己給自己卻造成了那麼多的難題！中國的地下核試驗，實際上是在一個人工挖掘的山洞裡進行的，這個洞長達一公里。在這樣深的洞穴里裝配原子彈，其難度要比在地面上大好多，特別是幾百根各式各樣的線路，每一根都要拉幾公里長，接頭與接頭之間、線路與線路之間，稍稍有一點點問題，都有可能釀成大難。
為了確保所有地下裝置與線路不出任何問題，王淦昌一面向各個環節與系統提出要求，同時親自深入洞內指揮和監督每道工序的操作和檢驗。
一次，探測器突然發出「啪啪啪」的響聲，王淦昌立即趕到現場，詢問是不是產品本身有放射性物質泄漏了，是不是山體本身有貧鈾礦存在？為了查清真相，王淦昌一連幾十小時鑽在幽暗潮濕的山洞內，那時的他已是60多歲的老人了。
到底是什麼東西在作怪呢？經過反覆測試，終於查明是一種叫氡氣的東西在作怪。氡氣是一种放射性有害氣體，對人的呼吸系統有很大損害作用。王淦昌得知真相後，看到在洞內工作的解放軍小戰士們根本沒有任何防護措施，便一個個告誡他們：「小同志們，大家在幹完工作和吃飯時盡量不要待在洞內，那樣會很危險的。在工作時，一定要戴上防護口罩