先是為王芝祥任直隸都督一事，內閣總理唐紹儀與總統袁世凱出現分歧。袁世凱本來同意王任直督。後來想到王是靠近同盟會的軍人，讓他來掌直隸兵權不放心，遂改任他為南方軍宣慰使。
宣慰使是個有名無實的官職。對於革命黨要人，袁世凱既要籠絡，又不願給實權，便設了諸如宣慰使、籌邊使、屯墾使、經略使等官職相送。章太炎也得了個東北籌邊使的職務。他是個學者革命家，不懂袁世凱的權術，把這個職務很當一回事，抱著宏大的計畫去東北籌邊。誰知東三省官場根本就不買他的賬。他要召見的人都不來見他，氣得他大喊大叫：「本使是政府大員。他們不肯來見本使，就是目無本使；目無本使，就是目無政府。」一時傳為新官場上的笑話。
唐紹儀見袁世凱出爾反爾，不免發了幾句牢騷，兩個老朋友之間鬧得很不偷快。袁透出風來，除非唐辭職，否則總統與內閣難以協調辦事。唐紹儀深知袁之為人，便不得不辭去了總理的職務。從三月底任職到六月中旬辭職，唐紹儀只做了不到三個月的總理。中華民國的第一任內閣總理任職時期竟是如此之短促，國人大為驚訝。
接任的是陸征祥。陸當上總理後提出六個閣員的補充名單交參議院審查。各位參議老爺見陸演說時提不出任何政見，又說什麼補充閣員好比開出一個新菜單的話，便斷定他是一個庸才。他所提出的六個閣員候選人全部被否定。這個外交家總理嚇得住進醫院，死也不肯再出來了。還是袁世凱有辦法。他指使北洋袍澤們發通電，寫匿名信，打電話，散傳單，使出各種手段來威脅議員們。這些文人出身的議員老爺們文的不怕，就怕武的，經軍人這麼一鬧騰便嚇慌了。第二次提出的六名閣員統統予以通過。國人於此看出，所謂民主，其實是假的，左右中國政壇的真正力量還是槍杆子。
這期間又穿插一個黎元洪借刀殺人的政治陰謀血案。
當年黎元洪被革命黨人從床底下拉出來，原是顫顫抖抖地當上首義總頭領的。卻不料洪福齊天，武昌起義成功了，短短一年多時間裡，他就先後做了兩任臨時副總統。黎元洪對人謙和，不擺架子，大家對他印象都很好。到了醞釀正式大總統時，他又公布一個電報，說自己決不做大總統。大總統一職，袁世凱、孫中山、黃興做都可以，又將他們三人與自己一一作了比較：「沉機默運，智勇深沉，洪不如袁項城；明測事機，襟懷恬曠，洪不如孫中山；堅苦卓絕，一意孤行，洪不如黃善化。」
這封電報傳頌海內外，都說黎元洪謙退無野心。其實黎也並不是一個謙誠君子，革命元勛的桂冠戴在頭上，他自知有愧。當他眼看著那些真正的元勛們在他的面前恃功而驕的時候，他便有一種巨大的壓迫感。給他這種壓力最大的要數張振武。
二十九歲的原武昌共進會頭領、現武昌軍政府軍務部副部長張振武一向看不起黎元洪，常常當眾藐視他。黎懷恨在心，想出了一個計策。黎叫張去北京，說是中央政府有要職委任。當張興沖沖地帶著幾個人進京的時候，黎又給袁世凱一個密電，說張在武昌煽惑軍隊，請袁在北京逮捕張就地正法。袁對革命黨頭領本是一百個不放心，黎的電報正中下懷。
張進京後，袁命北洋軍高級將領輪流設宴招待張，又親自在六國飯店大宴在京革命首領，張振武也被邀請出席。不料次日一清早軍警部便逮捕了張振武一干人馬。當天審訊，當天判決，當天便執行槍斃。速度之快，匪夷所思。黎正在慶幸袁為他不露聲色地除去對頭時，袁卻公開宣布，此舉系按黎之密電辦事，將黎置於萬分尷尬之中。
過不了多久，北京又鬧得熱熱火火起來。原來是聞名中外的三個大人物：孫中山、黃興、梁啟超相繼入京。
梁啟超半個月前才從日本回國。兩年前，還是載灃當國的時候，楊度給載灃上了一折，說方今籌備憲政之時，應當啟用人才；梁啟超學識淵邃，冠絕等倫，宜赦其罪而用其才。還說倘若梁啟超被赦後或有不利於國之行為，請皇上殺他以為不忠之誡。誰知此折上去後，不但沒有赦免梁啟超，連他自己都差點被抓了。梁啟超擁護民主共和制，見袁世凱做了民國的總統，也便捐棄前嫌，應袁之邀進京。
袁世凱對孫、黃、梁一律待之以國家元首的禮儀，將自己乘坐的金漆朱輪雙馬車飾以黃緞迎接他們，又打開正陽門讓他們進城。北京市民萬人空巷，前去瞻仰他們的丰采。袁世凱更是執禮甚恭，把他一向擅長的拿手好戲演得淋漓盡致，無懈可擊。孫、黃、梁對他都有極大的好感。
此時同盟會與國民共進會、國民公黨、共和實進會聯合起來，組成一個大黨，名日國民黨，推舉孫中山為總理，黃興為協理。黃興邀請袁世凱加入國民黨，又多次動員楊度也參加。
袁世凱覺得黃興真正是天真可愛，他笑著問楊度：「皙子，你看我像個革命黨嗎？」
楊度望著袁世凱直笑，不知說什麼好。
袁世凱收起笑容說：「他們國民黨提倡政黨內閣，我是堅決不同意的。君子不黨，我這個總統以天下為公，怎麼能結黨營私呢？皙子，我勸你也不要入國民黨。」
當年孫中山勸他入同盟會，他沒有答應。現在他正跟著袁世凱做事，袁反對政黨政治，他自然更不能參加國民黨。他對黃興說：「除非你們放棄政黨內閣，我就加入國民黨。」
黃興對楊度有條件入黨的態度很不滿意，遂不再提起此事。而楊度這句話卻惹怒了一位人物，此人即宋教仁。
三十一歲的宋教仁是一個熱情煥發才華橫溢的政治活動家，他醉心於法國的政黨內閣制度，同盟會聯合國民共進會等組成國民黨，便是宋教仁活動的結果，只是因為資望不及孫、黃，他只能坐第三把交椅。其實，他才是國民黨的真正黨魁。他設想由國民黨獲得議會的多數，然後組成清一色的國民黨內閣，他自己出任總理，把總統袁世凱架空，將他的一套治國大計在全國推行。因此，他以極為高昂的政治熱情遊說各地，肆無忌憚地鼓吹他的政黨內閣方案。宋教仁滔滔雄辯的口才，出色的組織才能，使得他的政黨內閣制贏得了許多人的理解和支持。然而正因為此，他成了袁世凱的大敵。袁世凱感覺到宋教仁正在強有力地威脅著自己至高無上的權力，必須拔掉宋！
就這樣，宋教仁先後在長沙、武漢、南京等地發表競選演說，取道上海回北京的時候，突然在上海車站遭人槍擊，第三天即氣絕身亡。當時內閣總理已由陸征祥換成了趙秉鈞。兇手不久後即被抓獲。經審訊，事情牽連到趙秉鈞和袁世凱。但宋案後來不了了之，而國民黨則從此與袁世凱結下了不共戴天之仇。
隨即袁世凱解除了國民黨籍的江西都督李烈鈞、廣東都督胡漢民、安徽都督柏文蔚的職務。李烈鈞不服，在江西組織討袁軍，黃興也接著在南京組織江蘇討袁軍。袁世凱派兵鎮壓，很快便把各路討袁軍打了下去。於是袁世凱的地位空前鞏固，許多人都把袁世凱當作中國真正的救世主。
因為宋案的緣故，趙秉鈞又做不下去了，總理一職落到熊希齡的頭上。熊希齡此時是進步黨的骨幹。自從國民黨成立後，參議院中另一些議員們就商議著也要合成一個大黨。仿照西方議院中兩黨對立的樣子來互相競爭互相監督。這樣，共和黨、統一黨、民主黨便聯合起來，組成一個名曰進步黨的黨派，推舉黎元洪為理事長，梁啟超、張謇等人為理事。熊希齡做了內閣總理，梁啟超便積極為他出謀畫策。
熊希齡雄心勃勃，想組建一個第一流的人才內閣。他請梁啟超做他的財政總長，楊度為交通總長，前清駐英、德公使汪大燮為教育總長，張謇為農工商總長。梁、楊、汪、張均為海內第一流人才，熊希齡自認他的內閣將是名副其實的第一流人才內閣。但袁世凱卻不認為梁啟超是合適的財政總長，他只能任司法總長，財政總長宜由周自齊出任。進步黨又不願意放棄財長一職，他們想出一個法子，讓熊自兼，這樣旁人便無話可說了。周自齊則出任交通總長，熊希齡想讓楊度改任教育總長。交通部是個實力很強的部，楊度想藉此來施展自己的抱負。失掉這個總長，他心裡頗為不快。
熊希齡勸他：「皙子，你幫忙改任一下算了。」
楊度隨口答道：「我幫忙不幫閑。」
因為交通總長是忙職，教育總長是閑職。這句俏皮的話傳出去後，大家都稱讚楊度的機敏。袁世凱見楊度第二次入閣又未成，便特任他為政治會議議員。
那時總統府已由鐵獅子衚衕搬進中南海。袁世凱特地安排楊度住進他的辦公樓居仁堂附近的純一齋，以便早晚和他商量事情。楊度丟掉了交通總長的職務，卻住進了中南海，令北京官場一片艷羨，有人甚至認為他才是真正的國務總理。
袁世凱的臨時總統已做了一年多，他對「臨時」二字頗不滿意。但當時代替憲法的臨時約法只能產生臨時總統，要變臨時為正式，則必須先由國會制定憲法，再依憲法選舉總統。憲法的制定非一朝一夕之事，於是有人建議先制定總統選