熊希齡回國交差後，楊度開始為中國未來的憲政精心構思藍圖。他詳細地分析了行君憲制度的幾個主要國家的憲政，找出他們各自的長處。比較來看，他認為最適宜中國國情的是日本的憲政，中國的憲政應多採取日本的成法。又設想中國實施憲政應分為三個主要步驟：第一步召開國會，第二步制定憲法，第三步推行憲政。完成這三個步驟大致需要五年的時間。
正在這時，國內傳來驚人的消息：五大臣啟程的那天，車廂里發生爆炸事件，行刺者為安徽桐城籍革命黨人吳樾。吳當場被炸死，載澤、紹英受傷，五大臣打道回府。楊度很擔心考察之事因此而流產，寫信給熊希齡，要他設法促使此事早日成行。兩個多月後，五大臣再次啟行。這次紹英不去了，以順天府丞李盛鐸代替。又因吳樾行刺一事，朝廷急建巡警部，袁世凱推薦徐世昌任該部尚書。於是徐也不去了，改以山東布政使尚其亨代替。楊度這才放了心。
不久《中國新報》正式創刊，楊度的《金鐵主義》在該報上連續刊載，引起很大反響。《中國新報》辦得有聲有色，很快便成為與保皇黨的《新民叢報》、革命黨的《民報》鼎足而三的大報紙。楊度的名氣更大了。到了這年十一、二月間，日本留學生界里又出了一件大事。
十一月二日，日本文部省應清廷的請求，頒布了一份《取締清國留學生規則》，限制留日學生的活動。同時，日本報紙還低毀中國留學生「放縱卑劣」。此事激起了所有留日學生的公憤。全體留日學生團結一心，決定罷學回國。身為總會幹事長的楊度認為全體罷學回國不合適，他一面以幹事長的名義向日本政府遞交抗議書，一面又以個人的名義與日本政府交涉，企圖說服日本政府修改這個規則。
不久，留學生界領導層內部又出現了分歧。宋教仁、胡瑛、秋瑾等人成立了學生聯合會，主張自辦學校。以汪精衛、胡漢民為首的學生維持會主張忍辱負重，繼續求學。
這時，有一個熱血澎湃的青年，見分歧不能彌合，又感於國事多艱，決心以一死來喚醒國人的覺悟，遂毅然於十二月八日在東京大森灣蹈海自殉。此人就是《警世鐘》、《猛回頭》的作者、華興會同盟會的主要發起人之一、《民報》撰述人，三十一歲的湖南新化籍革命家陳天華。
陳天華憤然投海的事在日本在國內引起了巨大的震動，有些留學生埋怨楊度在這個事件中態度不夠堅決，有人甚至揚言要殺掉他。楊庄姐弟得知後很擔心，一再勸說哥哥暫時避避風潮。於是楊度離開東京城，到鄉間住了兩三個月，直到大家的心情都平靜下來後才回到田中寓所。
轉眼到了夏天，五大臣在海外遊盪了七八個月，提著一箱箱裝滿了各式各樣奇器巧具、衣料、皮鞋、首飾、香水，以及自己完全看不懂的洋文原版書報回到了上海。熊希齡再次東渡日本找到楊度。楊度的兩篇文章《中國憲政大綱應吸取東西各國之長》及《實施憲政程序》，早已恭恭正正謄抄完畢。兩篇文章加起來約有五萬多字，博採眾論，規畫精詳，熊希齡看了很滿意。和楊度一起再去見梁啟超，誰知這位梁才子根本還沒動筆。楊度責備他爽約，他笑嘻嘻地說：「不要緊，二位在橫濱寬住十天，我把文章趕出來，決不會比皙子的差。」
熊希齡啼笑皆非，然事已至此，再無別法，只有等他筆下出東西，但眼下如何向五大臣作交待呢？
楊度給熊希齡出了一個主意：「你請載澤領頭向朝廷上個摺子，說東南士民得風氣之先，於立憲多有卓識，宜應趁此機會用十天半月時間召集官紳會議，並深入里巷實地考察，為立憲多做一點實務。上海十里洋場，夠他們花天酒地一些日子了。如果有雅興，還可以到蘇州、杭州一帶走走，半個月時間他們只會嫌少不會嫌多。朝廷也會覺得他們言之有理，定會允准。待到梁卓如的文章一出來，你就趕快乘船送到上海去。」
打開卷宗，孫毓筠的壽州籍貫，立即引起了端方的警覺：孫家鼐也是壽州人，此孫與彼孫是否為一家？他拍了一封電報給孫家鼐，問孫毓筠是否華族？回電很快到了南京，然則答非所問：「此子頑劣異常，請嚴加管束。」
孫毓筠乃安徽壽州人。其先世為山東濟寧州人，因荒年逃難來到壽州城外，見當地有一棵出奇高大的柳樹，認定此地風水好，可發後人，便在此定居下來，將此地取名為大柳樹村。孫姓逃荒者有兩個兒子，他叫長子學做生意，叫次子讀書。心裡盤算著無論是發財還是做官，他家裡都沾得上。
「是要好好想想，什麼時候想通了，就告訴大哥我一聲，大哥一定替你幫忙。」
先議軍機處。坐在主位上的慶王奕劻及大學士瞿鴻機都是軍機大臣，大家都不便開口，冷清的場面使得眾位大員們都很尷尬。實在挨不下去了，左都御史張百熙首先發言打破僵局，說軍機處乃雍正爺由內閣中分設，取其接近內廷，每日入值，承旨辦事較為密速，相承至今尚無流弊，自毋庸改變。張百熙剛一說完，載澤、世續、那桐等人都表示同意，眾人不好再說什麼了。奕劻的兒子載振於是建議，改革官制有許多事要辦，軍機處不如暫不議，先議別的。眾人也只好同意。
再議內務府。內務府大臣世續端坐不語，眾人大眼看小眼，也不說話。大學士那桐說，內務府管的是大內事務，外官不清楚，不好議。於是內務府也不議。理藩院尚書壽耆說，內務府既然不議，太監事也不能議，因為它牽涉到老佛爺和各位太妃、皇后、皇妃，臣子們豈能插嘴，此事宜由老佛爺來定。眾大員一致同意。
工部尚書陸潤庫說，內務、太監既不議，則還有一事不能議。大家問何事。陸潤庫說，八旗牽連到所有的王公貴族，事關重大，弄不好得罪元老勛舊，老佛爺也會頭痛。眾人都說是。於是八旗亦不議。
狀元出身的孫家鼐說，翰林院設於順治元年，二百多年來沿襲不改，向為儲才養望之地，更為大學士出身之所，為天下士人所仰慕，若撤了翰林院，會使士人寒心失意。翰林出身的瞿鴻機、張百熙、徐世昌、陸潤庫等立刻擁護。翰林院遂亦不議。
熊希齡只得照此辦理。十天後梁啟超拿出了《東西方各國憲政之比較》，也有三萬餘字，洋洋洒洒，縱橫自如，是一篇典型的飲冰體論文。熊希齡如獲至寶，連夜乘船回國。
次日會上，袁世凱先發言。他以一種帶兵統帥的威嚴果斷，一掃十天來的懶怠、鬆懈、客套、虛偽之風，開門見山地提出他的中央官制改革的設想，擬設軍機處和十一個部。其中外務部、學部、吏部依舊，巡警部改為民政部，戶部改為度支部，原財政部併入該部，原太常、光祿、鴻肪三寺併入禮部，原兵部改為陸軍部，將練兵處、太僕寺併入該部，刑部改為法部，工部併入商部，改為農工商部，新設郵傳部，專司輪船鐵路電信郵政，理藩院改為理藩部。
端方懷著這種心思，親筆給楊度回了封信：「孫生文理通順，門第清華，當秉高誼，求人於輕。」
關鍵是官員的安排。袁世凱提出每部設尚書一員，侍郎兩員，不分滿漢。眼下這個時候再分滿漢畛域，顯然違背時代潮流，沒有人敢發表反對意見。慈禧不願意將滿人的權利拱手，讓給漢人，她正要借不分畛域之機多安排滿員，遂表示同意。
中央官制定了後，以鐵良為代表的滿人強硬派欲趁此機會削掉漢人的權力，鑒於各省督撫自湘淮軍興起後漢多滿少的現狀，力主削減督撫之權。身為直隸總督的袁世凱竭力反對。爭爭吵吵議不出個結果，最後不了了之。
「那怎麼行！」孫毓筠說，「杜三叔，你現在哪裡供職？」
孫毓筠離開東京後接替其庶務總幹事一職的是宋教仁。黃馬起義失敗後，宋教仁從武漢逃到上海，在去日本的船上結識了楊度。宋教仁長相英俊，談吐倜儻，二人在船上一見如故。於是宋教仁來找楊度，請他幫忙，並指出孫毓筠與孫家鼐的關係。楊度一口答應。
孫毓筠的父親為人慷慨，親友們在銀錢上凡有所求，都肯幫助，這個性格也傳給了兒子。孫毓筠見他說得真切，相信他是父親的朋友，說：「這樣說來，我該叫你杜叔了。」
楊度提筆作書，不談孫毓筠加入同盟會的事，也迴避他此番回國的目的，大談特談孫賣田產辦小學的事，稱讚他是響應朝廷廢科舉辦學堂的號召，是愛國愛民的表現，且本人出身世家，學問優長，乃國家有用的人才。信的末尾說：
湖南官場一片驚駭，對禹之謨恨之入骨。一個月後，禹之謨參與湘鄉學界反對鹽捐浮收的風潮，湖南巡撫下令將禹之謨逮捕入獄。清政府與人民為敵的面目充分暴露了。去年馬福益因再次籌備起義被官府逮捕殺害，早就想為大龍頭報仇的哥老會眾，圖謀藉此人心浮動的時候重舉義旗。所有這些情況，為遠在東京而密切注視湘省動態的黃興、劉揆一等人所掌握。兩人計議後，派劉道一回國聯絡會黨並策劃湖南新軍一起行動。
誰識捐軀士，溫然孝友身。
弟兄同許國，夫婦並成仁。