上野的地底下為什麼會有這麼大的地道呢？
根據學者調查得到的報告，原因大致如下：
從本鄉到小石川的白山附近有一些原住民的遺迹。所謂「原住民」，是指在大和民族來此以前就定居在這裡的人，他們挖洞居住，采貝為食，直到現在，在這類原住民的穴居遺迹中仍會發現很多貝殼，學者稱之為「貝家」，是考古學土的重要資料。
「夜光怪人」藏身的這個洞穴大概也是原住民的穴居遺迹。
金田一耕助、三津木俊助和御子柴進慢慢穿越漆黑的地道，終於看到前面發出一點點亮光，好像是從門縫裡面透出來的。
他們彼此點了點頭，來到透出亮光的房間前面，悄悄地從門縫往裡面看去。房間裡面沒有傢具，只是一間空房，點著一盞微亮的燈泡，四周連一點聲音都沒有。
金田一耕助握緊手槍，輕輕推開門。
他們迅速看一下房間內部，察覺不到任何陷餅之後，才小心地爬進房裡，然後關上門。
這時，某處傳來輕微的呻吟聲，接著有人說：
「藤子，狗已經不在這裡，你可以放心了。」
他們循聲一看，只見房間的另一邊有一扇通往隔壁房間的門。
三人輕輕地點點頭之後爬到門邊，往門縫裡看去，裡面的景象讓他們倒抽一口冷氣。
那個房間跟金田一耕助他們這邊不同，裡面點著很亮的燈，燈下放了一張床，床上躺著一個少年。
（難道那個少年就是藤子在找的弟弟——龍夫？）
金田一耕助的精神為之一振，更加仔細地觀察房裡的動靜。
那個少年趴在床上，被人用繩子綁著，身上只穿一件內褲，纖細的背部被粗繩索深深地嵌人，光看都覺得好痛。
藤子則無力地靠在床鋪的扶手邊，「夜光怪人」站在她的面前，不停地搖晃她。
不管「夜光怪人」怎麼叫喚，藤子還是昏迷不醒。
於是，他從旁邊的架子上拿起一個小瓶子，拔掉瓶塞後，將它放在藤子的鼻子下面。只見藤子的身體動了一下，然後就張開眼睛了。
（「夜光怪人」一定是讓她聞阿摩尼亞之類的藥物。）
當藤子的視線停在少年身上時，突然跳了起來。
「龍夫，你果然在這裡，我是姊姊啊！龍夫，你醒一醒！」
可是龍夫不僅沒有回答一個字，他連動都沒有動一下。
藤子氣憤地轉身看著「夜光怪人」，怨斥道：
「這到底是怎麼回事？你把龍夫怎麼了？」
「沒什麼，我只是讓龍夫睡一下而已，因為我怕進行那個實驗時，他醒著會亂動，才讓他睡著。對了，藤子，你把藥水帶來了嗎？」
藤子聞言，趕緊按住右邊的口袋。
「拿來了，可是你必須答應我，否則我不會給你。」
「答應你什麼？」
「假如實驗結果令你滿意，你就必須把龍夫還給我。」
「夜光怪人」冷笑著說：
「實驗結果如果讓我滿意，我當然會把龍夫還給你。」
「真的？」
「真的，你可以放心地把藥水給我。」
藤子還有一點猶豫，但是被「夜光怪人」一催促，使毅然決然地從口袋裡拿出一個小盒子。
「夜光怪人」從股子手中接過盤子，從里商拿出兩瓶注射液，然後拿出一支注射器。
「喂，藤子。」
「夜光怪人」一拿到藥水，說話的口氣馬上改變。
「哪一種先打？」
「標藍色的先打，五分鐘之後，再打無色的那瓶。」
「好。」
「夜光怪人」先將注射器消毒一下，然後吸進藍色注射液，注射到龍夫的右手上。
「然後等五分鐘？」
「是的，要等五分鐘。」
「夜光怪人」從口袋裡拿出手錶，放在旁邊的桌子上計時。
「這五分鐘的空檔，我們就來聊聊吧！」
「我跟你沒什麼好聊的，等你打完針、得到你要的結果，馬上把龍夫還給我。」
藤子的聲音中充滿怨恨，「夜光怪人」卻淡淡地笑著說：
「別擔心，我會把龍夫還給你，老是帶著一個小孩我也覺得麻煩。你跟你老爸很像，早知如此就趕快把藥水給我，我也可以早點把龍夫還給你。」
「先前我不知道這種藥水的效用，爸爸只是要我好好保存它而已。」
「哈哈哈！你老爸也太謹慎了，在兒子的背上刺青，然後把顯現刺青的藥水交給女兒保管，也就是說，你們姊弟倆必須在一起，才能夠知道大寶庫的地點。哈哈！他真是太厲害了！上次我逼向龍夫，終於讓他說出這件事情；既然知道這些，一柳博士就沒有利用價值，因此我乾脆把他殺了。」
「你是個惡魔！不，鬼跟惡魔都比你還有情義……我爸爸一心想救回龍夫，只要是你的命令，他什麼都去做，甚至還去偷『人魚之淚』，我不忍心讓爸爸這麼做，只好自己先去偷，可是沒想到你一拿到『人魚之淚』就殺了我爸爸。」
「哈哈！這都是為了那個大寶庫啊！一柳博士被我逼問之後就瘋了，完全忘記大寶庫在哪裡，也記不起他將寶庫的地圖刻在兒子身上，並且發明顯現刺青的藥水這件事。
「幸好龍夫被我關著，我從他的口中間出這件事情，接下來只要拿到你的葯，問出使用方法就好了；如果接下來的一切能夠順利進行，大寶庫就是我的了。就在這時候，我又想到一柳博士會永遠發瘋嗎？說不定哪一天他又恢複正常，想起大寶庫的地點，那對我將是一大阻礙，所以我乾脆殺了他。」
金田一耕助、三津木俊助和御子柴進聽到「夜光怪人」做的壞事，頓時吃驚得瞪大雙眼。
這時，「夜光怪人」再度用注射器吸入第二種注射液說：
「已經過了五分鐘，該打最後一針了。」
當第二劑注射液注入龍夫的肌肉里，「夜光怪人」馬上丟下注射器，仔細觀察他的背部，並且命令藤子說：
「你不可以看！」
說完，他隨即往藤子的身上撲去，迅速用繩子綁住藤子，並將她的眼睛蒙上。
「哈哈……這樣就沒問題了。龍夫說打了第二劑，三分鐘之後刺青就會山現，而刺青只停留五分鐘就會消失……啊！出現了！」
金田一耕助他們三人聽見「夜光怪人」驚喜的叫聲，偷偷伸出頭去看。
只見龍夫纖細的背部浮現出一幅地圖，旁邊還寫著一些文字。
「夜光怪人」趕緊按下快門，拍了兩、三張照片。拍好照片後，他把藤了拿來的盒子丟到地上，用腳踩得粉碎。
他為了獨佔大寶庫的秘密，甚至連藥水都毀掉，使龍夫背上的刺青永遠不會再出現。
沒多久，龍夫背上的刺青逐漸消失不見……