就在「大鳳」號施放第二批出擊艦載機的時候，「隼鷹」號上的奧宮突然看到一股巨大的黑煙騰空而起。他感到莫名其妙：要說是飛機掉了下來吧，即便燃燒也不會冒這麼大的煙呀？
隨著距離縮小，輪廓也越來越清晰，看樣子很像一艘軍艦，而且是航空母艦。不過這就更讓奧宮費解了，因為到這時為止，小澤部隊還沒有見到一架美軍戰機。
只有一種可能，軍艦是受到了潛艇的攻擊。會是哪一艘軍艦倒霉呢？二航戰司令官城島高次眼睛要比奧宮尖，他憂心忡忡地小聲對奧宮說：「好像是『大鳳』號。」
奧宮心裡一驚，他生怕其他船員知道後會動搖軍心，因此只是默默地向城島點了下頭，以示回答。
果然是潛艇發動的攻擊，中招的也正是小澤的旗艦「大鳳」號航母。
現在的太平洋海面之下，全是美軍潛艇的世界，曾經也擁有擊沉對方航母紀錄的日軍潛艇部隊早已銷聲匿跡。到1944年年中，大西洋戰場上的盟軍取得了對德國反潛戰的完全勝利，所有反潛武器以及反潛戰的經驗也隨之傳送到太平洋戰場。日軍在馬里亞納一帶原本部署了大約25艘潛艇，其中17艘都被美軍驅逐艦、反潛護衛艦和飛機擊沉。僅在1944年5月的最後兩周內，美國反潛護衛艦「英格蘭」號就創造出了單艦擊毀6艘日軍潛艇的優異戰績。
發現小澤部隊向馬里亞納群島逼近後，美軍潛艇部隊司令洛克伍德少將即把「正方形」向西南方向移動了250海里，同時他允許各潛艇先行向日艦發起攻擊，攻擊完了再向他報告。「大鳳」號就這樣一頭撞進了這個看不見的陷阱，剛好出現在「大青花魚」號攻擊潛望鏡的十字標線上。
「大青花魚」號一連發射了兩發魚雷，接著便潛入深水，以防深水炸彈的襲擊。水聽器隨後偵測到了兩聲沉悶的爆炸聲，潛艇上的人員便知道兩發魚雷都先後爆炸了。
當「大青花魚」號射出魚雷時，魚雷航跡被一架正飛離航母的「彗星」式轟炸機發現，飛行員當即轉彎，以弧形向其中的一發魚雷作自殺性俯衝。在距離「大鳳」號約100碼處，飛機頭朝下鑽入水中，正好截住魚雷，只聽一聲雷鳴般的爆炸，二者同歸於盡。
這便是第一聲爆炸的由來，緊接著，第二條「魚」箭一般地朝「大鳳」號衝來。
再沒有幫自己擋子彈的炮灰了，小澤及其幕僚在艦橋上瞧得真切，趕緊讓航母拐彎，但是已經來不及了，「咚」的一聲悶響，魚雷鑽入右舷艦身並發生爆炸。
「大鳳」號起初並沒有起火，從當時情況來看，航行也不成問題，只是魚雷炸壞了前部升降機，艦載機不能起飛了。小澤於是下令「大鳳」號上的艦載機向「瑞鶴」號轉移，第一輪迴歸飛機也改在「瑞鶴」號著陸，同時向聯合艦隊司令部發報：「『大鳳』號略受損傷。」
自從得知小澤部隊的第一輪突擊飛機全部成功起飛後，豐田、草鹿等人就在等著舉杯慶祝，但是兩個小時過去了，什麼消息也沒有，「大淀」號上的氣氛終於從喜慶轉向不安，又從不安變成懷疑，懷疑小澤那裡是不是出了狀況。
小澤的電報證實確實出了狀況。讀完電報，豐田一言不發，幕僚們面面相覷，眼光憂慮，草鹿則有了一種預感——壞消息後頭可能還有更壞的消息。
如果說的是「大鳳」號，損失似乎已經止步於此。作為太平洋戰爭爆發以來日本海軍所擁有的最強大航母，「大鳳」號外表威武雄壯，給人一種很可靠的感覺，與它比起來，周圍其他航母猶如一個個小火柴盒，顯得十分孱弱。在內部結構上，「大鳳」號也堪稱堅固，龐大的飛行甲板上鋪有很厚的裝甲，據說可以經受得住250千克的重磅炸彈打擊。
對於這樣一艘巨無霸式的「不沉軍艦」，一發魚雷能起多大作用呢？
事實上，致命的不是魚雷，而是船上的婆羅洲原油。魚雷在炸壞升降機的同時，也炸破了汽油油箱，油箱中沒有經過精鍊的原油具有極強的揮發性，氣體馬上竄入了機庫。
為排除機庫里的揮發性氣體，艦長命令打開所有的艙口蓋和水密門，但此舉不僅沒能把氣體排掉，反而讓氣體進一步擴散，艦內到處充滿了燃氣體的刺鼻氣味，「大鳳」號已不由自主地成為一髮漂浮的炸彈。
處於驚恐中的航母不止「大鳳」號一艘。當天下午，美軍潛艇「棘鰭」號艇長從潛望鏡中觀察到了一艘航母，不過他看不清航母上掛的是哪一國國旗。再次觀察，一面很大的太陽旗映入眼帘。
那是一幅「美得令人無法相信」的畫面，眼前的航母正是尼米茲念念不忘的「翔鶴」號，它在回收飛機呢。
送過來的不僅是菜，還是主菜，「棘鰭」號毫不客氣地迎上去，在距離「翔鶴」號只有1000碼時，它一口氣發射了六發魚雷，其中的三發命中「翔鶴」號，產生了如同大爆竹一樣的連續爆炸。「翔鶴」號被炸得面目全非，海水從升降口湧入機庫，這艘老資格的航母終於翻身入海。
在「翔鶴」號沉沒後半小時，婆羅洲原油的揮發性氣體已令「大鳳」號烈火熊熊，日本人曾經引以為傲的加厚版飛行甲板「像富士山那樣鮮花盛開」，中央鼓起老高，艙體的四面八方也都騰起赤色火龍，而消防水管里連一滴水都沒有。
不一會兒，火焰包圍了艦橋，人們只好戴上防毒面具。眼見在「大鳳」號上已無法實施指揮，小澤的參謀長建議改變旗艦，他讓人放下小艇，然後對小澤說：「請按我說的做吧。」
沒有擊沉一艘美軍航母，自己的兩艘航母倒都沉了，其中還包括旗艦，小澤當然難以接受這一事實，他連掐死自己的心都有了，哪裡肯就此離開？
「大鳳」號還在如同爆竹一樣繼續爆炸，許多人被炸死炸傷，飛行甲板附近躺滿死傷人員，連下腳的地方都沒有。幕僚們急忙進一步勸說小澤：「仗還在打，你還要繼續指揮到取得最後勝利。」言下之意，你不能一死了之，身上還負有責任呢。
這種解勸最有效，也顧及了對方的面子，小澤這才一言不發地下了小艇，轉移至一艘巡洋艦。
下午4點28分，「大鳳」號沉沒。揮髮油氣燃起的大火異常兇猛，以致周圍的驅逐艦都無法靠近救援，全艦2150名官兵中，僅有500人得以逃生。
日沒後，各航戰飛行隊報來殘餘飛機的數目，小澤得知艦載機已由430架減少到了100架。加上兩艘航母的損失，下場已經跟中途島戰役時差不多了，到底該怎麼辦呢？
小澤這裡是暫時落敗了，但別處未必。小澤就當天的戰況與角田進行了聯繫，角田大言不慚地說，他已擊沉幾艘美軍航母，並有相當數量的日軍艦載機在關島機場降落，目前可由他進行掌握。
原來美軍也遭受了嚴重損失，原來角田部隊還保存著實力，小澤冷卻的胸腔一下子又沸騰開來，他決定放下「主角」的架子，協同角田發起反擊，爭取把損失和面子再撈回來。
如果小澤願意擦亮他的鈦合金大眼，他就會發現，角田又撒了謊。事實上，角田從未對第58特混艦隊實施過大規模襲擊，擊沉美軍航母云云不過是子虛烏有，只是角田一貫給人以「耿直不屈」的印象，所以當他很沒有節操地再次扯淡時，才沒有引起小澤的任何懷疑。
藉助夜色的掩護，小澤下令部隊後撤，他決定補充燃料，調整狀態後隔一天，也就是6月21日再戰。
可是已經大獲全勝的斯普魯恩斯、米徹爾不會給他這個機會了。