12點45分，「列剋星敦」艦長謝爾曼收到損失控制中心打來的電話，對方仍然顯得十分樂觀：「我們撐住了被魚雷打壞的地方，但是，先生，我要建議，如果你想再挨魚雷，就在右舷挨好了。」
兩分鐘以後，謝爾曼感到「老姑娘」猛然一扭，顯然是艦體腹內發生了爆炸。他最初還以為是中了潛艇發射的魚雷，經檢查才知道，是一架發電機忘了關閉，以此惹禍。
在遭空襲時，艦底油艙曾受到魚雷破壞，油霧從油管里漏出，結果被發電機爆出的火花給點著了。
船員們急忙進行撲火，但大火主要來自油艙，無法澆水，只能聽任火勢蔓延。
「列剋星敦」最初還能保持編隊隊形，不久艦艏開始左右擺頭，而且越來越厲害，最後對周圍的其他艦隻都造成了威脅。
弗萊徹向特混艦隊下達命令：「編隊離開『列剋星敦』，由它自己動吧。」
船員們還在盡一切努力進行搶救，然而到下午2點30分，艦體發生了更為嚴重的爆炸，艦體劇烈震動，一名軍官在筆記本上寫下「末日」兩個字。
「列剋星敦」的速度越來越慢，尤為嚴重的是，艦內還存放著一批炸彈和魚雷，而艙內的溫度早已超過了理論爆炸點，也就是說隨時可能發生毀滅性大爆炸。
再也沒有辦法拯救「列剋星敦」了。下午5點，謝爾曼接到了棄艦命令。
弗萊徹派來巡洋艦和驅逐艦，準備接走「列剋星敦」上的倖存者。「列剋星敦」的船員對自己的軍艦有著很深的感情，有的人從1927年軍艦下水時就在艦上服役，因此雖然知道在艦上多待一分鐘，就多一分危險，但沒有人急著離開。
船員們在飛行甲板上井井有條地排著隊，順著繩子逐一滑下去，當輪到自己往下滑時，大家的表情仍是戀戀不捨，他們實在不願離開這個行將沉沒的好朋友。
謝爾曼最後一個離開，他在艦上轉了一圈，看看是否還有活著的人留在上面。臨走時，他又突然停下來，跑進作戰艙，把他那頂鑲金邊的帽子給戴在了頭上。
生死關頭，還惦記什麼帽子！談及這件事，謝爾曼哈哈一笑：「聽說戰爭結束後，就不會發這樣的金邊帽了。我想，還是得把最好的東西保留下來。」
來到艦艉，下面的人催他快點順著繩子滑。謝爾曼卻還有些猶豫，他慢吞吞地說：「現在我離開了軍艦，要是大火滅了，那我不顯得太愚蠢了嗎？」
謝爾曼往下滑時，艦上再次發生爆炸，他被震得鬆開手掉進海里，最後這位戴金邊帽子的艦長被小夥子們提著褲子撈上了摩托艇。
要把一個人從海里拽上來，這恐怕是唯一的辦法。不過謝爾曼還是覺得有些尷尬，他笑著說：「我看把一位艦長弄到艇上，應該用更體面的辦法。」
所有人都捨不得與「老姑娘」分別，但它的「生命」已不可挽回。
下午6點30分，大火終於點爆艦內的炸彈和魚雷。「列剋星敦」發生了最厲害的一次爆炸，巨大的火柱夾著濃煙直衝雲霄，甲板上還來不及移走的整架飛機，以及大塊的鋼鐵構件全都飛上了幾十米高空，碎片濺落在周圍幾百米的海面上。
茫茫暮色中，這個情景不可謂不壯觀，卻深深刺痛著人們的心。船員們再也抑制不住，他們或號啕大哭，或默默流淚。
「列剋星敦」沒有立即沉沒，甚至在它沉沒之前，大火還得燒上幾個小時，而這會給整支特混艦隊帶來危險，因為它在黑夜中就像是一個信號標誌，日軍潛艇或偵察機在一百海里之外，甚至更遠的地方就能看到，他們將毫不費力地在地圖上將特混艦隊的位置標註出來。
弗萊徹下令擊沉「列剋星敦」，驅逐艦奉命向熊熊燃燒的軍艦發射了四發魚雷。
晚上8點，「列剋星敦」消失在滾滾波濤之中。目睹這一情景，一位從艦上撤出的海軍軍官低聲說：「它沉了，但它沒有翻，它是昂著頭下去的。親愛的列克斯夫人（美國水兵對『列剋星敦』的另一昵稱），一位堅持到底的女人！」
當消息傳到太平洋艦隊司令部，原先的喜悅和樂觀氛圍一掃而空，大家心頭都蒙上了厚厚的一層陰影。在經歷過高台跳水一般的心理逆轉後，尼米茲實在忍受不了如此沉重的打擊，眼淚奪眶而出。他在辦公室的狹小空間里不斷地來回走動著，一邊走一邊自言自語：「『列剋星敦』是不該丟的！」
在這種情況下，沒有一個人會好受。覺察到幕僚們也全都垂頭喪氣，尼米茲急忙說：「請記住這一點，我們還不很清楚日軍受損的情況，他們顯然也付出了沉重代價，絕對不會稱心如意。我可以肯定地說，敵人也受到了打擊。」
尼米茲說這番話，不過是為了穩定軍心。畢竟「翔鶴」只是被重創，要是擊沉了還差不多。
值班軍官依據日軍廣播電台的消息得知，「翔鶴」帶傷向北逃竄，正在返回日本的途中。復仇心切的尼米茲立即命令：「馬上派潛艇去追，只要發現目標，就把它徹底擊沉！」
在浩瀚無際的太平洋上，一艘航母就像是森林中的落葉，若不能確定其準確方位，要找到它實在是比登天還難，但奉令出擊的「海神」號潛艇仍竭盡所能，最後在日本四國島以南海域，發現了「翔鶴」及其兩艘護航驅逐艦。
可惜的是，潛艇的速度不及軍艦，「海神」沒能追上「翔鶴」，只得無功而返，返回時潛艇的所有燃料幾乎都已耗光。
失去「列剋星敦」，迫使弗萊徹放棄了繼續進行夜戰的打算，同時這也改變了尼米茲的決心。
尼米茲曾考慮讓特混艦隊繼續留在珊瑚海，等哈爾西艦隊到達後，可以繼續尋找戰機，但他後來想到，山本即將進攻中途島，這個時候己方不能再有任何閃失，因此下令特混艦隊立即後撤珍珠港。
要撤還不一定能撤得下來。美軍的兩艘航母，「列剋星敦」沉了，「約克城」受了傷，「列剋星敦」上的艦載機只有百分之二十被「約克城」所接收，實力已經大減。
高木雖然廢掉了一艘「翔鶴」，但「瑞鶴」卻完好無損，而且接收了「翔鶴」的大部分艦載機。戰局現在明顯變得對日軍更有利，倘若高木對弗萊徹來個緊咬不放，特混艦隊極可能面臨被全殲的危險。可問題是，經過這場生死大戰後，高木也已疲憊不堪，失去了原先嗷嗷叫的勁頭。他率領艦隊在索羅門群島北部航行了一夜，越走越困，便決定停止第二次攻擊，暫時脫離戰場，跑到沒人的角落去歇個腳，比如補充燃料，整修飛機什麼的。
你問我有什麼理由躺下來，「擊沉兩艘美國航母」，還要怎麼樣？
井上對高木彙報的戰果深信不疑，覺得高木有如此成就，確實不好再去催他了。在日軍輕型航母「祥鳳」被擊沉後，後藤編隊和運輸船隊都同時失去了空中掩護，預定開往莫爾斯比港的運輸船隊不敢貿然前行，一直乖乖地停留在原地。
井上認為，高木編隊保存下來的航空兵力有限，不足以掩護部隊登陸，於是下令推遲莫爾斯比港的攻擊作戰，運輸船隊也全部返回出發地。
趁著高木手一松，弗萊徹率特混艦隊撤出了危險海域。
井上、高木的小怯懦，激怒了聯合艦隊司令部，山本和幕僚們都大為惱火，他們的想法與前沿指揮官正好相反：既然已經擊沉了兩艘美國航母，你們為什麼不乘勝追擊，一鼓作氣，把美軍的鍋碗瓢盆全部砸爛？
井上解釋是因為燃料不足，山本的一位幕僚說：「如果燃料用完了，就把一切可燃物通通投進鍋爐里去……」
接到語氣如此尖刻的命令，井上不敢怠慢，連忙拿起考勤表，讓高木受累再出去跑上一圈。
1942年5月9日，高木二度南駛，尋找弗萊徹作戰，可連續搜索了兩天，都沒找到特混艦隊的影子。
自弗萊徹安全撤出後，尼米茲將計就計，按照他的部署，已趕到珊瑚海的哈爾西拉開陣勢，「企業」和「大黃蜂」呼啦啦一字排開。
這招兒果然把高木給嚇住了，他以為太平洋艦隊的所有航母都到了南太平洋，急忙在5月10日晚退出原有區域，並轉攻為守。
珊瑚海海戰很難說誰勝誰敗。在戰術上，日軍毫無疑問佔優，他們擊沉了一艘大型航母、一艘超大型油輪、一艘驅逐艦，但擊沉艦船多，並不一定意味著戰略上取得了勝利。
日本海軍的兩大作戰行動，「南進」已遭挫敗，「東進」亦受到很大影響。總之，這是一個力量對比即將發生重大變化的微妙時刻，尼米茲就要和他的對手攤牌了。