當吳軍與清軍在正面戰場對峙之時，左翼與右翼兩個戰場，雙方則打得難解難分。
吳三桂曾試圖打通與耿、王兩部的交通線，使反清勢力連成一片。但康熙帝看出了他的意圖，派大軍分別在江西、浙江、陝西、甘肅等地阻擊吳軍，使吳三桂、耿精忠、王輔臣始終未能會師。
相對於左翼，右翼的西部戰場更加靠近京城。陝甘地區為西北邊防重地，直接關係到北京的安全。對於這個心腹之患，康熙帝以恩威並用、剿撫結合的手段，試圖儘快平息王輔臣的叛亂。除去這個卧榻旁的猛虎，清廷就可以騰出手來對付吳三桂。
康熙十四年底，寧夏兵變，提督陳福被害後，陝甘的形勢更顯緊迫。康熙帝認為陝西的叛亂，根子還是出在王輔臣的身上，只有攻陷他的老巢平涼，才能徹底解決這個問題。
康熙帝在招撫失敗後，下決心以武力解決問題。他認為，「欲平陝西諸寇，必先取秦州。」秦州（甘肅天水）位於蘭州、鞏昌（甘肅隴西）、平涼、漢中等戰略要地之間，靠近陝西。只要能奪取秦州，就能切斷叛軍之間的聯繫，從而使清軍握有主動權。
秦州城高牆厚，要打下它，必須靠火力兇猛的紅衣大炮。康熙帝命都統海爾圖等，率兵護送紅衣大炮至秦州。康熙十四年三月四日，「定西大將軍」多羅貝勒董鄂率大軍將秦州包圍。城內叛軍在一萬人左右，圍城的清軍大約有兩萬人。圍城半月，四月二十日，從四川、平涼來救援的叛軍萬餘人，與城內被困的部隊裡應外合，向清軍展開攻勢。清軍靠著火力上的優勢，將叛軍擊潰。其後，雙方又屢有激戰，但叛軍始終未能擊潰清軍。戰鬥呈焦灼狀時，清軍總兵孫思克率部奉命從鞏昌前來增援。這支部隊起了決定性的作用，勝利的天平，壓向清軍一方。城內的叛軍，戰鬥意志崩潰，在總兵陳萬策的帶領下，出城投降。增援秦州的四川和平涼的叛軍及城內的將領巴三綱等一併逃走。收復秦州後，董鄂即遣「振武將軍」佛尼勒、內大臣坤巴圖魯、總兵孫思克乘勝追擊，一舉收復了秦州附近的禮縣、清水（今仍名）、伏羌（甘谷）、西和等縣城。
收復秦州後，康熙帝派一部分清軍開赴棧道，增援漢中。另一部開赴平涼南的隴州（陝西隴縣）守衛。都統海爾圖等護送紅衣大炮，向平涼進發。
失去秦州，王輔臣大感震驚，急忙將兵力收縮至平涼固守。除平涼外，叛軍還佔據慶陽、定邊、固原、延安、蘭州等處，但基本屬於孤立無援的狀態。
在清軍圍困秦州的同時，已向蘭州、鞏昌叛軍發動進攻。康熙十四年五月，西寧總兵王進寶部包圍了蘭州。蘭州為「河西五郡咽喉」，叛軍拚死防守。一個月來，清軍數度將衝出城的叛軍擊潰，清軍自身也傷亡慘重。因後勤補給通道被切斷，叛軍造木筏百餘只，企圖渡黃河突圍。王進寶在黃河岸邊埋下伏兵，叛軍未能逃出。王進寶與布政按察使伊圖派人到城下，宣諭朝廷的招撫政策，承諾如投降，即赦免一切過犯。叛軍走投無路，六月二十七日，在總兵趙士升及原任布政使成額帶領下，共計五千餘人出城投降。
張勇親自率部隊包圍了鞏昌，王輔臣急派副將任國治等率三千人，由鞏昌東門潛入城內增援。與原城內守軍合兵一處，共計萬餘人，分四門殺出，直奔清軍大營。城上城下炮聲隆隆，激戰中，雙方都有不少人死於對方及己方的炮火下，清軍游擊張大選追至城下，中炮而死。
六月二十五日，「安西將軍」穆占、總兵孫思克趕到鞏昌增援，將城池團團圍住。清軍派已投降的陳萬策、謝輝等人入城，宣諭康熙帝的赦免詔。叛軍總兵陳科等率部出降。
六月二十九日，「平逆將軍」都統畢力克圖攻佔延安，及延安府下轄的膚施、保安、安塞、宜川、延長、安定等縣。陝甘邊界重鎮定邊，也於六月初被清軍收復。
清廷一邊不斷給西北叛軍在軍事上給予打擊，一邊加緊對王輔臣的招撫。康熙帝知道王不敢降，怕被秋後算賬。於是在七月，給其發去一道敕諭，為其寬心。
數日後，王輔臣回奏康熙，仍稱康熙為「皇上」，表現得很是恭謹。奏疏稱：「皇上念及兵民，概從赦宥，但如何安撫，天語未及。在事兵將，未免瞻顧。」
王輔臣的這份奏疏，無疑是投石問路，康熙看出他已有降意，只是對朝廷的承諾還是不放心。鑒於王輔臣以往的反覆，康熙帝並不急於再給他承諾，他深知「撫」的前提是，要拿得住對方的死穴。現在給他再好的保證，都不如軍事上再來一次痛擊，這樣以後的思想工作就好做了。
康熙帝下令張勇、董鄂諸將，速行攻取平涼。同時，儘快破固原，以便夾攻平涼。但就在此時，興安游擊王可成等復叛，總兵黨塞與道臣興永朝開赴西安，將軍席卜臣率部離漢中，不知去向。不久，得到席卜臣報告：因軍糧告急，被迫離開漢中，於八月六日至西安。而興安叛軍已與四川叛軍會師，攻破舊縣關，直逼西安。南山「群盜」又從各處殺出。形勢可謂急轉直下。
形勢的突變，令人猝不及防。康熙帝下詔嚴厲責備陝西總督哈占及諸將領，隨後命令「諸將當益急攻平涼，勿得稍緩」。為保證攻取平涼，他令駐守榆林的土默特、鄂爾多斯兵「速赴西安」。
在康熙帝的嚴厲督促下，董鄂、畢力克圖、阿密達等部已於八月十五日抵達平涼。但因兵力不足，所以包圍得並不嚴密。這時，王輔臣命人從城樓給董鄂射下一封信，信中說：他曾派官員王起鳳赴西安，談判受降，已過兩月，不見回來，因此士卒都很疑懼，以致不敢降。董鄂接到信，向康熙帝請示。康熙帝斥責其迂腐，所謂兵貴神速，在如此有利的情況下，應該先打了再說。把對方打痛了，也就不會再提那麼多條件，自然也降得爽快。他嚴令「速行圍城，務期剿滅」。至於王起鳳，可以遣還平涼。
從奏報康熙帝，到接到回覆，這裡面有個時間差。同時也許是覺得兵不血刃，降伏對方功勞更大，也許是對己方兵力沒有信心，怕強行攻城，將王輔臣逼上絕路，反而有失。董鄂部在平涼城下，就這麼鬆散地圍著。比起這位董大人，王輔臣可老辣許多。他一邊加強城防，一邊竟然還分出部分兵力，增援固原、慶陽等城叛軍。慶陽叛軍本來已接受朝廷招撫，但被王輔臣派遣的周養民部包圍，又重新反水。
平涼告急，驚動了吳三桂。他深知此地的意義，連忙遣雲貴地區數萬名少數民族士兵，趕到平涼協助王輔臣，並命令四川叛軍急援平涼。王屏藩接到命令，親率大軍開赴秦州，吳之茂率部出川，進入屯單家和等處，譚弘也率所部向平涼增援。還有興安的叛軍，也進犯商州大峪口。
一著不慎，滿盤皆輸。清軍從具有大好形勢，到身陷險境，完全是因為董鄂到平涼日久，卻「高坐不即攻取」，致使王輔臣敢於分兵援助其他處叛軍，由於清軍集結平涼，又招致四川叛軍前來會戰。如果能及早攻取平涼，那麼叛軍也就沒了應援之念。
康熙帝質問董鄂：你們擁大軍於平涼，所司何事？現在不攻取，更待何日？他又下了一道命令：速取平涼，剿除逆賊！
誰知知都統海爾圖又彙報說：運炮的屯夫都逃跑了，請求從京師調發熟悉火炮的滿漢軍前來平涼。真是要把康熙帝氣瘋了，立刻解除海爾圖參贊的軍職，令董鄂仍遵前旨，速攻平涼。
九月二十三日，王輔臣突然下令部隊出戰，這出乎圍城清軍意料，清軍倉促應戰。雙方剛一接觸，清軍副將賈從哲、游擊張太經部便開始退縮，這樣把清軍的陣腳全部攪亂。清軍傷亡不小，提督陳福等於二十八日退至靈州（甘肅靈武）。康熙帝閱戰報後，批示將賈、張兩人陣前斬首示眾。並指示清軍或攻取固原或會合大軍取平涼，視具體情況而定。十二月，清軍再攻平涼，克取第一關廂。離城三里許，在南山屯營。欲前進攻城，因溝深地險，難以下營，城未能速下。康熙帝指示，叛軍長據平涼，皆因有糧有恃無恐，如斷其糧道，叛軍自困。城西北通固原要路，你們要速斷糧道以困之。
此時四川的叛軍正向平涼方向進發，若他們與王輔臣會師，將給平定陝西帶來極大困難。同時還將影響到進剿湖南乃至整個戰局。康熙十五年（1676年）二月，康熙帝決定派遣都統、大學士圖海為「撫遠大將軍」，授以全權，總轄陝西滿漢大軍，前赴平涼，剿滅王輔臣。離京時，率每佐領護軍二名，組成一支數千人的部隊，增援圍攻平涼的清軍。在此之前，新授寧夏提督的趙良棟至京陛見，康熙帝命他兼程赴寧夏。同時，又授都統畢力克圖為「平逆將軍」，負責統轄現駐寧夏的滿洲與蒙古兵，鎮守地方。
圖海，姓馬佳氏，滿洲正黃旗人。初任筆帖式加員外郎銜。順治二年，改授國史院侍讀。後被皇帝賞識，授秘書院學士，累升至宏文院學士、列議政大臣、加太子太保，管刑部尚書事。因犯律被革職，後又再次起用，授滿洲都統。康熙二年，剿滅李自成余部郝搖旗、李來亨有功，屢屢獲得升遷，被任命為戶部尚書。不久，察哈爾蒙古首領布