一連丟了那麼多地方，清廷的形勢危急。吳三桂下一個目標會是哪裡？康熙帝判斷，廣西地接雲南、貴州，形同一體。吳三桂要打的必是此地無疑。
朝廷下令「撫蠻將軍」孫延齡，堅守廣西。此人雖品性不好，但朝廷對其恩寵有加，料想吳三桂也出不了更高的價。況且這孫延齡雖無藩王之名，卻也如同地方軍閥一般，他應該不願屈居吳三桂之下。
康熙十三年二月二十一日，朝廷給孫延齡、都統線國安、巡撫馬雄鎮、提督馬雄等廣西軍政要員發出指示：「保固粵西，唯你們是賴。今大兵已抵武昌，倘賊犯武岡（湖南武岡）、寶慶（湖南邵陽），你們即率所部官兵，進剿叛軍之後，大兵迎擊於前。量此逆丑，自可剋期撲滅。你們身在地方，必有確見，要同心協力，謀定而後行動，以副朕倚任之至意。事平之後，自將帥以至卒伍，朝廷都不吝重賞。凡有機密軍情，可報告給寧南靖寇大將軍勒爾錦。」
康熙帝原本的設想是，廣西清軍偷襲吳三桂大軍後路，而清援軍則正面攻擊，形成夾擊之勢，將吳軍主力殲滅於湖、粵之間。但老辣的吳三桂卻撇下武岡、寶慶等地，直奔沅州、常德一線，而清軍增援也遲遲沒到，康熙帝的戰略構想未能實現。
這還不是最要命的，讓康熙帝萬萬沒想到是，二月二十七日，孫延齡竟然叛清，投了吳三桂。
孫延齡也是遼東人，其父孫龍原為孔有德手下的小官吏，後隨孔有德降清。孔有德南下，留鎮廣西，其父也升為將領。後孔有德將自己的獨生女兒孔四貞許配給延齡，不過此時孔小姐尚年幼，所以他們暫時未成婚。再後來，孔有德死在了桂林，孫延齡的父親也戰死。清廷特給予恤典，孫延齡襲了他父親二等男爵之位，另加一等雲騎尉，而孔小姐則得到朝廷賞銀萬兩，每年俸祿視同郡王待遇。孔小姐長大後，便與孫延齡完了婚。康熙五年五月，康熙帝任命孫延齡為鎮守廣西將軍，統轄孔有德舊部，駐守桂林。
孫延齡是典型的小人得志，在自己的地盤上，驕狂的很。凡本省武官任免，他都擅自做主。康熙十一年九月，御史馬大任彈劾他隨意任免武官。兵部奉康熙帝的意思駁斥了馬大任的參劾（應該是為顧全大局）。而孫延齡反過來，卻請旨要求嚴斥馬大任。康熙十二年七月，他的部下都統王永年、副都統孟一茂、參領衚衕春、李一第等人上疏舉報：其貪污公款、縱容部下殘害百姓、晝閉城門、鄉民不敢入城等罪狀。舉報材料送到了廣西總督金光祖手上，他據實上奏。
康熙帝派兵部侍郎勒德洪前去審理此案。這時，御使鞠珣乘機進言，說孫出身微賤，又屬外姓，享有已故定南王孔有德的待遇，不知感恩圖報，卻膽敢為非作歹，委任其兄孫延基總管屬下兵事，軍心未服，已引起「訐告紛紛」。他請求將孫延齡調回北京，其屬下兵士，或令歸屬八旗，或仍令駐守廣西，另派一將官統轄。
康熙帝考慮到孫延齡已為王永年所揭發，現已派人前往桂林調查，應等待其調查結果，然後再議。
勒德洪到了桂林，很快查清王永年等舉報的事情，大都屬實。康熙帝再三考慮，沒有對孫延齡治罪，只是警告一番了事。
經過此事，孫延齡和王永年是徹底翻了臉。吳三桂反清後，曾給孫延齡一封親筆信，希望他能與自己共舉大事。對於自己的胡作非為，為何沒有受到懲處，其原因，孫延齡是很清楚的。他料定，若等天下大定，朝廷必然還是會對其下手。所以和吳三桂合作，也許是一種更好的選擇。
細究起來，孫延齡與吳三桂還算是親戚。孔有德當年曾與吳三桂聯姻，將女兒孔四貞許配給吳三桂的次子。但其次子未成年就夭折了，吳三桂便認了孔四貞為乾女兒。後來這位乾女兒下嫁給了孫延齡，而孫自然也就成了吳三桂的乾女婿。
除此之外，孫延齡歸順吳三桂還有一個重要原因：他深知自己能這麼受清廷及吳三桂待見，完全是自己手上有人有地盤，若這些都沒有了，他就等於是個屁。而眼前，如果不歸順吳三桂，吳三桂大軍必然要攻打他。自己的能耐自己清楚，他不是吳三桂的對手。大戰之後，就算能保住命，逃回北京，清廷也不會給他什麼好果子吃。既然如此，那還不如跟著吳三桂干算了！康熙十三年二月，孫延齡宣布叛清歸吳。
二月二十八日這天，孫延齡假稱開會，把所有將領都騙到府中。裝模作樣開完會，當將領們陸續離開時，孫延齡布置在府中的伏兵突然殺了出來。他的仇人王永年，第一個被殺。而副都統孟一茂、參領衚衕春、李一第等三十餘人隨後也全部被殲。緊接著，孫延齡派兵包圍了廣西巡撫馬雄鎮衙署，將馬雄鎮全家圍在裡面。
馬雄鎮知情況不妙，讓家人化裝趁亂逃了出去，向朝廷報信。
孫延齡隨即接到吳三桂要他攻打平樂等地的命令。
兩廣總督金光祖聞訊，派人火速進京報告。康熙帝下旨平叛，並懸賞孫延齡的部下，但凡有能將其擒斬者，優加爵賞，或以兵馬城池納款者，論功敘祿，或力有不逮，能自拔來歸者，亦免罪收用。同時為了顯示朝廷的寬厚，與孫有瓜葛者，無論是在京城，還是直隸各省，概不株連。
孫延齡叛清後，曾要求廣西提督馬雄從叛。這馬雄雖然並不忠於清，但他歷來看不起孫延齡這種靠裙帶關係上位的人，所以他們之間的關係一直不好。孫延齡見馬雄不聽話，很是惱怒，發兵攻打柳州，卻被擊敗。這馬雄雖然打了勝仗，但他知道廣西畢竟是孫的地盤，時間長了，估計也撐不下去，於是他趕忙聯繫吳三桂，要求歸順。第一次有人主動請降，吳三桂很高興，他封馬雄為「懷寧公」。廣西都統線國安，很快也步其後塵降吳。
這時福建的靖南王耿精忠已反，向江西展開了進攻，而吳三桂在湖南督戰，與清軍激戰正酣，沒有多餘兵力進入廣西。所以此時的廣西，仍然是孫延齡說了算。他自稱「安遠大將軍」，向廣西平樂、梧州等各處發布命令，起兵反清。他收編了萬羊山一帶的土匪，派人前去整編，把他們分成五鎮，每鎮兵士兩千人，縱容他們劫掠附近各縣邑。他又自封為「安遠王」。吳三桂給廣西各州府頒發印信，授其黨羽傅奇棟為廣西巡撫，李迎春為布政使，程可則為按察使。
由於孫延齡及馬雄、線國安等相繼降吳，廣西文武官員大都也歸順。有趣的是，雖然如今換了老闆，在同一面旗幟下，孫延齡與馬雄仍然一如既往，互相攻擊。康熙十年十一月初，孫調兵前去征剿馬雄，結果又被打敗。
他們的內訌讓老闆吳三桂很惱火，也很擔心。他多次調解兩人的矛盾，卻未有明顯效果。吳三桂在湖南大戰，很希望孫延齡能助一臂之力。但孫延齡「以部眾不從」為由，多次拒絕。次數一多，吳三桂起了疑心，密令嚴密監視此人動向。
孫延齡是靠岳丈上的位，所以在家很怕老婆。孔四貞作為女性，對外面的事不大了解。她覺得自己的父親在清朝是親王，很受朝廷恩寵，一家人也享盡榮華富貴。所以對於老公叛清，她一直是反對的。
吳三桂手下，有一位「信勝將軍」，名叫傅弘烈。此人雖在吳營，心卻在清廷。他與孫延齡私交甚好，在他的鼓動，及夫人枕邊風的作用下，孫延齡開始變得有些搖擺起來。
傅弘烈密書朝廷，稱如果能賜敕赦免孫延齡罪，封孔四貞為郡主，他有信心說服孫延齡，從而擺平廣西的事。
吳三桂在京城的眼線不是吃乾飯的，孫延齡反覆之事，很快被吳三桂得知。他讓孫子吳世琮前往桂林，明裡是來調解孫延齡與馬雄之間的矛盾，暗中卻是要試探孫。若孫仍然不願為吳三桂效力，那就果斷除掉。吳世琮率軍到了桂林，在城外安營紮寨，派人請孫延齡前來議事。孫延齡見是吳三桂的親孫子，所以沒有多心（暗殺的任務危險，一般不會讓孫子干）。至於在城外，他估計是馬雄怕他，所以不敢進城。想到這裡，他還挺得意的。
在城外他見到吳世琮，但未見到馬雄，吳世琮解釋說，吳三桂更看重他，所以先讓自己來徵求一下他的意見。這話讓孫覺得很有面子。兩人談了一會兒他和馬雄的事，後來話題又轉到要孫出兵一事上，孫照樣找理由推脫，至此吳世琮也下定了除去孫的主意。談完事，孫延齡告辭。剛出營門，便被兵士從背後一劍刺穿前胸，孫當即倒地身亡。
吳三桂與孔有德之間有交情，孔四貞又是個女流之輩，所以吳家並不打算難為她。吳世琮對她也很客氣，不準部下傷害他。此後孔小姐及親屬都被護送到昆明妥善安置。吳三桂派大將李成棟留守桂林，而孫延齡的部屬仍由孔有德舊部統轄。
烽煙四起，康熙帝是焦頭爛額。一個又一個他未曾料到的人，都反叛於他。相對其他地方，福建方面應該還算平靜。但康熙十三年三月，杭州將軍圖喇上奏：耿精忠踞福建反叛，福建總督范承謨被幽禁、福建巡撫劉秉政從叛。
耿精忠是耿藩的第三代王，他是耿仲明的長孫，耿繼茂的長子。他於順治十一年留京入侍，順治帝把他大哥肅親王豪格的