北京就是好，多爾袞在北京住了一段時間，覺得非常爽，於是便決定遷都。順治元年九月十九日，順治皇帝正式遷入北京。此時清廷說話算數的其實還是多爾袞，在他的安排下，順治皇帝於十月初一告祭天地，即皇帝位。
十月十三日，順治封賞滿漢諸王，開盛宴慶賀。吳三桂因功勛卓著，位列恭順王孔有德、懷順王耿仲明、智順王尚可喜等異姓諸王之首，封賞優厚，特賜平西王冊印、白金萬兩、鞍馬一匹、不帶鞍之馬兩匹。
多年的努力，巨大的代價，清廷終於在京畿之地紮下了根，但此時擺在他們面前的形式仍然是極為嚴峻的，它的對手們與清廷並存在神州之上。雖然自山海關以來，清軍一直給李自成不斷的重創，但大順軍一直都沒被消滅。他們退入山西，還存有強大的軍事力量。張獻忠已奪佔了蜀地，眼前雖算不上大的威脅，從長遠來說，絕對不能輕視。拒絕同南明議和，正如史可法指出的：「今日之計，和不成，惟有戰。」這南明無論版圖、財力與軍力，都是可以同清拼一拼的。消滅自己所有的對手，控制全國，統一天下，是多爾袞及清所有統治者共同的心愿與理想。他們沒有被眼前的勝利所陶醉，他們非常清醒，他們仍然準備戰鬥下去。多爾袞曾派人向隨軍進京的朝鮮鳳林大君傳達他的志向：「既得中原，勢將混一，自此事無可疑。」足可證明他們的雄心壯志。
此時在山西的李自成，出於戰略整體利益的考慮，沒有組織抵抗，放棄了山西。清軍佔領了河北、山東、山西等省及河南部分地區。多爾袞審時度勢，命清軍乘勝追擊，絕不給大順軍及南明喘息的機會。清軍兵分兩路，南北出擊，對大順軍與南明發起了戰略總攻。
十月十九日，多爾袞以順治帝的名義，發布命令，任命和碩英親王阿濟格為「靖遠大將軍」，率軍出征陝西，平西王吳三桂、智順王尚可喜率所部從征，共同追擊大順軍，目標直指大順政權目前總部所在地西安。
同時，多爾袞決定二十五日出征江南，命和碩豫親王多鐸為「定國大將軍」，恭順王孔有德、懷順王耿仲明隨征。不過多鐸等還沒有出發，河南巡撫羅綉錦便發來緊急軍情，稱李自成的騎兵一萬、步兵二萬餘人正向懷慶、衛輝兩城發動進攻，並已攻下濟源、孟縣等地，離懷慶三十里紮營。懷慶總兵官金玉和出戰，在柏香鎮以西被農民軍擊斃。此戰清軍共陣亡各級將官二十二人，士卒達一千七百五十五人，可謂傷亡慘重。根據戰略分析，大順軍此次恐怕不僅僅是奪取懷慶城那麼簡單，而是要佔據黃河渡口，與黃河南農民軍連成一片，若果真如此，那麼形勢將對清軍極為不利。懷慶守軍已全部撤回城內堅守，籲請朝廷「亟敕兵部，速催大兵星夜兼程前來」。河南此次出現的情況，令多爾袞感到非常意外，他沒有想到大順軍還有勇氣與實力進行反撲。他很清楚，如不徹底擊敗大順軍，就無法順利進軍江南。於是，他改變出征江南的計畫，迅速通知已出征的阿濟格、吳三桂，並令多鐸部停止南下，先救懷慶，轉攻陝西，取潼關，兩軍突擊，會師西安，務期合力進剿，將農民軍徹底打垮。
李自成此次的行動，應該說還是很有創意的，但還是有些晚了。當他撤到山西時，河南、山東的原明朝降官和地方士紳紛紛反水，到處截殺大順軍。李自成的得力幹將李岩曾主動請兵兩萬，趕赴河南，以鎮壓原明朝降官和地方士紳。李岩原本就是河南人，在這裡頗有人脈關係，若是此次他真的帶兵前往，應該還是有可能控制住當地形勢的。但遺憾的是，李自成同歷史上眾多當老大的一樣，都有一種職業病，就是總疑神疑鬼，懷疑手下要篡權奪位。再加上身邊有牛金星這樣的三流文人搬弄是非，他不採取李岩的建議也就罷了，反而對他的動機產生了懷疑。最終竟發展到在一次宴會上，設下伏兵把李岩給殺了。
李岩的被殺，讓大順政權中劉宗敏、宋獻策等實力派人物既感到寒心與不平，同時也讓他們對自己的安危感到擔心。廣大底層士卒，對此事也是唏噓不已。李自成無疑做了一件極愚蠢的事，他的自毀長城之舉，註定了從此之後，這支部隊已無可能團結一致，對外英勇作戰。
李自成自山海關敗退，直至固關為止，雖然遭到了一連串的沉重打擊，但還是保存下來一些實力。目前山西、陝西、甘肅、寧夏、湖北、及河南部分地區還在他手上，理論上還有數十萬軍隊。憑著這些，還是可以同清軍再打一打的。李自成回西安後，重新進行軍事部署，準備反攻。
李自成在失去山西之後，他僅在懷慶地區展開了局部反攻。雖一度得勢，但當多鐸大軍趕到懷慶後，大順軍抵擋不住，很快便敗退了。多鐸率清軍從河南孟津渡黃河，經陝州（河南陝縣），直驅潼關二十里外駐紮。
當李自成得知清軍南北兩路夾擊的消息時，已感到自己腹背受敵，危機重重，原先的部署很難再實施。他與劉宗敏率部出西安，北行至洛川縣，稍事停留，以便他能對清軍的兩路進攻作出評估。根據偵查情報，吳三桂與阿濟格部行軍速度較慢，短時間內還趕不到，而潼關方面的形勢卻非常危急，他果斷決定增援潼關。
潼關之戰於十二月二十九日打響，劉宗敏首戰失利，延至次年正月，大順軍幾次反攻，都被多鐸部擊退。這時，李自成得到北路清軍已向西安推進的消息，他無奈之下，被迫撤回主力，回師西安。守潼關的大順軍將領馬世耀眼見守城無望，一咬牙，投了降。清軍於正月十三日，佔領潼關。這是一場關鍵性的戰役，十餘天的苦戰，大順軍再次遭到了失敗。潼關失守，西安便失去了屏障，形勢極為危急。
多鐸部於十六日離開潼關，十八日到達西安城外。李自成失去了死守西安的決心與意志，於十三日下令燒毀宮室，然後率部撤出西安，出蘭田口，奔商州而去。西安為清軍所佔領。當多鐸佔領西安時，吳三桂同阿濟格、尚可喜部在途經宣府、大同時，把這兩城鎮的降兵盡數隨征，搜刮無遺，兵力已達八萬。他們還擅自出邊至土默特、鄂爾多斯，繞道索取駝馬，復轉入邊，收穫可謂頗豐，但是，這卻貽誤了進軍時間。本來他們的戰略目標是，出大同，渡黃河，會同蒙古兵，取陝北的榆林、延安，擊陝西大順軍之背。他們原本是先出征的，但現在卻落在了後出征的多鐸後邊，為此受到了多爾袞的嚴厲斥責。
遲至年底，他們才率部由山西保德州（今保德）結筏渡黃河，進入陝北地區。此時大順軍正迅速瓦解。降將唐通招撫了河堡營、唐家會下營、黃甫川、清水營、木瓜園、孤山鎮、永興、神木、大柏油堡、柏油堡、葭州（佳縣）等處大順軍余部。降將王大業，差人招撫了自響水至寧塞等十一營堡。唯有榆林守將高一功，多年來深得李自成賞識與器重，為報知遇之恩，堅拒抵抗，拒不投降。榆林是陝西重鎮，李自成令高一功鎮守的目的就是要堅決阻擊清軍南下的步伐。阿濟格、吳三桂眼見一時攻不下，怕誤了行期，便於十二月三十日，任命隨同出征的大同總兵姜瓖為總督，率領唐通、王大業等將繼續圍攻榆林，而他們則率主力南下。
唐通這廝是個圓滑之人，不想死賣力氣去打，估計死打他也沒這等膽量與本事。他給高一功寫了一封信，大概意思是說：自己很佩服高將軍的為人，也知道大順軍死守榆林，是為了防止清軍南下，而如今清軍大部隊已走，剩下的部隊只是想佔領榆林而已。我唐通本人其實對這破地方並沒啥興趣，只是如今我換了老闆，不比從前給「明朝有限公司」打工那麼好混，如今的新單位「大清無限公司」紀律嚴格的很，我要是不把這破地方攻下，腦袋就得搬家，你高大哥大人有大量，反正你的任務也完成了，不如就把這榆林讓給我好了！大家都有得活，豈不好？
高一功接到此信哭笑不得，不過根據偵查來的情況看，清軍大部隊確實已離開。高一功權衡再三，覺得再死守下去確實沒多大意義，不如保存實力，以圖日後再戰。於是順治二年正月十四日，高一功部悄悄撤出榆林。
十五日唐通率部進入榆林城。十六日，姜瓖、王大業也率部進入。接著到處招貼安民告示，這老百姓也真好糊弄，數日內，便有不下兩萬人返回城中。辦完這些事兒，唐通奉命赴西安。
阿濟格、吳三桂離開米脂，南下綏德，直奔延安。李自成侄兒李錦率部拚死抵禦，雙方相持不下。正在這緊要關頭，高一功率部趕到延安，同李錦合兵一處，堅守延安。清軍採取分道進逼戰術，大順軍漸漸招架不住，二十多天後，被迫撤出。清軍佔領延安。在榆林、延安的受阻，也是阿濟格進軍遲緩的一個原因。
雖然阿濟格所部誤了進軍時間，但他仍然給西安的大順軍造成了腹背之患，由於該路的清軍日益逼近，李自成感受到了兩路夾擊的沉重壓力，被迫決定撤離西安。
到二月間，多爾袞才接到阿濟格發來的戰報：自入邊，八戰皆捷，攻下陝西州縣四城，投降的三十八城，共獲白銀千兩，馬三千餘匹、駱駝四百餘只。
拿下西安後，清廷高層歡呼「大業已成」