談了這麼多北方的事兒，再來談談南方。
自打公元一四二一年明成祖朱棣遷都北京以來，明朝就有了兩個首都。南京不再履行首都之責，雖無首都之實，但卻繼續享有首都之名，並且原有的組織架構都被很完善地保留了下來，從遷都到明朝最後滅亡，兩百多年來一直如此。也就是說，只要皇帝願意，南京作為首都隨時可以運轉起來。要不明朝的官吏老是自稱我大明兩京一十三省如何如何呢。
一六四四年三月十九日那天，北京城被大順軍攻破，但此時南京卻沒有得到一點消息，官吏百姓仍一如既往地過著平靜日子。到二十九日左右，開始有傳言說北京已陷落，南京的官吏對於這個驚天的消息不知該如何應對，原本想的是，既然此事無法確認，那隻能是以不變應萬變，但後出於謹慎和恐懼，南京方面開始實行戒嚴。以南京兵部尚書史可法、戶部尚書高弘圖等人為首的大臣聚在一起商議後，覺得老是這樣坐等下去也實在是太被動，並且若是北京真的被攻破，南京方面什麼也不做，似乎對天下不大好交代，於是便發布公告，號召天下臣民起義勤王，捐獻資財，佐助國家討伐農民起義軍。當然這僅僅是表面文章，南京方面在軍事上並無實際動作。
四月十二日起，陸陸續續有在北京陷落時倖存的京官逃難到南京，此時北京陷落、崇禎皇帝已上吊自殺的消息才最終被確認。雖然在內心中已有所準備，但當這個可怕的消息最終被確認時，百官仍是感到無比的震驚與不寒而慄，難道真的要亡國了嗎？他們本能地意識到，國不可一日無君，此時大明朝最需要的就是擁立新君，穩住局勢。
此時崇禎的幾個兒子都在李自成手上，生死不明，自是無法迎立。好在有幾位宗室子弟已趁亂逃出，作為近支，具有王爵，較有資格繼承王位的有潞王朱常淓、福王朱由崧。此時這兩位王爺已安全抵達江蘇淮安，淮揚巡撫路振飛將二人妥善安置。潞王朱常淓是隆慶穆宗帝之孫、簡王朱翊鏐之子、萬曆神宗帝的侄兒。而福王朱由崧是萬曆神宗的孫子、老福王的世子。從虛偽的封建道德來講，做皇帝的自是該有幾分賢德，潞王名聲不錯，一直有賢王的美稱，從這一點上看似乎他繼承大統比較合適，他是南京諸多大臣內心中理想的人選。但是有一個人卻對他不甚滿意，此人便是朝廷中的實力派人物，握有重兵的兵部侍郎兼右僉都御史、鳳陽總兵馬士英。
馬士英頗有政治野心，他很明白絕大多數同僚都是要擁立潞王的，他如果也一起燒這個熱灶的話，那他在新皇帝心中便沒有什麼特別的印象，新皇帝會認為自己這個皇位是天經地義得來的，不會感激任何人。所以他馬士英要燒冷灶，擁立一個弱勢君王，這才符合他的利益。而在他的心中，福王朱由崧才是理想的人選，福王和他父親一樣，名聲極壞，在藩地時，便荒淫不法，早有惡名。別說其他人，就是宗室內部也有不少人厭惡他們。崇禎十五年（1641年）福王的封地被大順軍攻破，他那肥豬般體型的父親，讓大順軍的弟兄們給煮了吃了。他因為體型相對輕盈些，跑的快，總算保住了一條小命。這些年他是帶著家眷東躲西藏，最後連老娘都給弄丟了，猶如喪家之犬一般，最後逃到淮安的時候，身邊只剩下幾名內侍。此人要才無才，要膽沒膽，就連他自己，對自己的政治生命都未敢抱有任何奢望，到了淮安後，只是慶幸終於安全啦，又可以過上體面舒適的王族生活。
馬士英提議福王繼承大統的理由倒也不算牽強，因為福王和剛死的崇禎皇帝在禮法上來說關係更近一些。禮法在封建時代可是一個很重要的東西，所以他的提議並不容易被推翻。當時在南京還有一個人，是完全有實力有資歷能與這個馬士英抗衡的，此人便是參贊機務兵部尚書史可法。但碰巧此時他不在南京，而在浦口督師勤王，兵部侍郎呂大器、都御史張慎言、詹事姜曰廣等人聯名給史可法上書，明確表示反對立福王。指出此人有「七不可立」：不孝、虐待下屬、擅權干預政務、不讀書、貪鄙、淫亂、酗酒，可謂五毒俱全！他們一致認為潞王賢明，可承大統。史可法贊同他們的意見，說：「非英主不足以定亂！」
歷史總是那麼有趣，翻翻史書，很多人會沮喪地發現，似乎卑鄙、無恥戰勝光明、磊落的概率總是大的多。我們一次又一次地嘆息，但歷史卻從來無法改變。
無恥者固然無恥，但他們的工作效率確實很高。馬士英搶先秘密派人前往淮安，向福王傳遞他的擁戴之意。而淮揚巡撫路振飛又是馬士英的人，在馬士英的授意下，他迅速為福王備舟急速趕往南京。同時馬士英致書史可法、呂大器等人，反對立潞王，稱絕不可壞了祖宗禮法，並說福王的惡名俱是謠傳，不可輕信，而據他了解，論賢能，沒有一個宗室能比得上福王。
刀把子上出政權，馬士英很明白這個道理。他用重金賄賂了操江誠意伯劉孔昭，及總兵劉良佐、黃得功、高傑、劉澤清等手握重兵的將領，讓這幾個人派重兵護送福王至江蘇儀征，準備伺機進入南京。然後他又以時勢緊迫，擁立新君王不可久拖不決為由，召集眾臣商議。兩派商議時火藥味極濃，從早晨一直爭到中午，還是沒議出個結果，馬士英黨羽給事中李沾發狠道：「今日有異議者，以死處之！」而其餘黨羽則集中火力圍攻謾罵呂大器，稱其妖言惑眾，罪可當誅。因此時南京城兵權全部被馬士英所掌握，所以呂大器覺得李沾所喊殺人之話，恐怕並非妄語。呂大器暗想好漢不吃眼前虧，三十六計走為上。沒有與馬士英等人再繼續理論下去，扭頭便走，其餘反立福王一派的官員見領頭的呂大器如此，也紛紛效仿。雖然未能逼迫呂大器等人同意自己的主張，但反福王一派的集體沉默，對於馬士英來說已經足夠了。他張羅屬下，開始準備福王登基慶典的事情，同時為了防止史可法殺回南京，他再次加強了南京城的戒嚴與防禦。
呂大器回府後，當即修書一封，派得力屬下化裝後將信帶出城，送往史可法處。看到呂大器的信，史可法大驚，他感到很棘手，此時若是要挫敗馬士英，唯一有效的辦法就是與馬士英兵戎相見，他並不怕見血，但此時京城及北方眾多江山已丟，現在若是內訌，這大明恐怕是真的要保不住了，這是他非常不願意看到的。同時他想到了更深一個層次，福王或是登基後的新皇帝並不可怕，這新皇帝只是光桿皇帝，起不到什麼真正的作用，真正的心腹之患是馬士英，即使此次登基的不是福王而是潞王，他們仍然要面臨這樣一個對手，所以為了究竟讓何人登基這個問題與馬士英打內戰，顯然並不值得。史可法想了一夜，給呂大器回了信，讓來人一清早便火速帶回南京城。
沒了史可法等人的反對，馬士英辦起事來更為暢快。他很快便派禮部官員前往儀征迎接福王，崇禎十七年五月十五日（1643年）福王朱由崧在南京即帝位，以次年為弘光元年。
朱由崧即位後，封賞百官。以史可法、馬士英為兵部尚書、高弘圖為禮部尚書，同時這三人還被封為東閣大學士。其他各官也都有封賞，張慎言為吏部尚書，黃得功為靖南侯、左良玉為寧南侯、高傑為興平伯、劉澤清為東平伯、劉良佐為廣昌伯。
史可法是辦實事的人，對封賞沒什麼興趣，他提出，應分長江以北地區為四鎮：劉澤清轄淮海，駐於淮北，掌管山東一帶軍事。高傑轄徐州、泗州（安徽泗縣），駐於泗州，經略山東、河南開州、歸德地區的軍事。劉良佐轄鳳陽、壽州，駐於臨淮（安徽鳳陽東、淮河南岸），掌管河南陳州、杞縣一帶軍事。黃得功據滁州、和州，駐於廬州（安徽合肥），掌管光州、固始地區的軍事。各鎮設額兵三萬，所需額糧錢，由各鎮自行征取。各轄區軍民，州縣各官均受本鎮節制。設督師一人駐揚州，節制四鎮。這四鎮大都與大順軍所佔地區接壤，設置的目的是想以四鎮阻擋大順軍南下，並以此作中興計。史可法說得很清楚：「國家設四藩於江北，非為江左偏安計也，將欲立定根基，養成氣力，北則為恢複神京之計，西則為澄清關、陝之圖，一舉而遂歸全盛耳。」
鬧騰完了，這南明小朝廷好歹是有些穩定的氣氛了。這朱由崧雖是酒囊飯袋，但人際關係方面倒是拎得清，會做人，會來事。馬士英擁戴有功，自然得大賞。聖旨是這麼寫的：馬士英保障東南，膚功更著，著加太子太保，蔭一子錦衣衛指揮僉事世襲。
眾大臣都知道，馬士英從來就不是省油的燈，成事不足，敗事有餘，所以大家都希望他出外督師，而讓史可法留在南京，主持大政。這馬士英可是把權力看的比命都重的主兒，他怎麼可能同意離開南京這個權力中樞呢？他對史可法假稱：您的威名早已遠揚，軍士們對您是欽佩有加，您若是經營於外，而我居中，各盡其才，各盡其用，豈不更好。這等屁話，史可法當然聽的出意思，作為一個忠臣，他無心玩權力鬥爭的把戲，他明白馬士英是鐵了心要留在南京，自己要是留下不走，雖馬士英也不能把他怎樣，但這軍務大事就沒人管了，這對朝廷是很不利的，他史可法是真真正正想為朝廷做事的人，離