吳三桂得了陳圓圓，也不免俠骨柔情，但關外警報不斷，崇禎又催促吳三桂從速離京返寧遠。他只得別了嬌妾，趕赴關外。
松山決戰，明軍大敗，清軍連克松山、杏山、塔山、錦州四城，明朝苦心經營二十餘年的寧（遠）錦（州）防線因此瓦解。錦州作為這條防線的中樞一節現已落入敵手，而寧遠則孤零零地面對著清軍的直接威脅。如今清軍手中距寧遠最近的城池是塔山，兩城相距不過百里，騎兵奔襲用不了幾個時辰，清軍攻打寧遠，已是不可避免。清軍攻取錦州四城後，對明軍已無顧忌，他們不但自由來往於四城之間，而且可以沿著大道，越過寧遠，直達山海關。在山海關與寧遠之間，明朝還有前屯衛、中前所、中後所三城，但這三座城池兵力薄弱，防衛空虛，自保尚難，更談不上對寧遠的增援，寧遠在事實上已成為一座孤城，它的命運似乎已被清軍牢牢掌控。這是寧遠自天啟六年（1626年）以來，近二十年中最危險的時期，它能逃過此劫嗎？
松山決戰後，寧遠已成為清軍必攻的目標。但奇怪的是，此時遼西走廊呈現出極其反常的平靜，未發現清軍有發動大規模進攻的任何跡象。有著豐富作戰經驗的吳三桂隱約覺得這種平靜很可能是一場更大規模戰鬥的前兆。
吳三桂非常明白寧遠的危險境地，但多年浴血沙場的經歷使他在任何時候都臨危不懼。他雖處孤危之地，但畢竟城池是易守難攻的，如今寧遠還在他的手上，而朝廷也已全力加強寧遠的防禦。崇禎十五年四月初，在松山失守兩個月後，崇禎任命原兵部左侍郎范志完為督師，總督遼東寧錦軍務兼巡撫以收拾殘局，穩住陣腳。四月十二日，崇禎更是親自發下手諭，指示範志完「寧遠守御以積峙糧餉」最為重要。松山戰役後，明在關外僅剩前屯衛、中前所、中後所及寧遠四城，若寧遠失守，其他三城根本無可能守住，而若其他三城失守，寧遠也很難獨力支撐。因此，崇禎特彆強調對寧遠的防禦，要兼顧其他三城，多積貯糧餉，做固守的準備。崇禎發帑金十二萬，戶部發銀三十萬兩，再調天津漕米、錢糧陸續運至寧遠。依指示這些錢糧將「酌量分貯各城，俾處處有備，庶保無虞」。四城原存貯的糧食，七成給三桂，三成給白廣恩、李輔明所部。如吳三桂能招募到新兵，可按戶給食。
在錢糧充足的情況下，吳三桂等將又向朝廷請示增撥弓箭、槍炮、盔甲等軍需物資。四月二十日崇禎批示兵部：「即速察發。」兵部不敢遲緩，令兵杖局迅速籌辦，由兵部差官「速解赴軍前，以資援剿之需，萬勿延緩」。
在短時間內，寧遠就集結兵力三萬餘人，軍需物資等也得到根本保障，防禦能力自是大大增強。崇禎很清楚守住寧遠的戰略意義，凡是吳三桂所奏請，無不允准，他視吳三桂為遼西安危的保障。儘管此時李自成、張獻忠農民軍也鬧得很兇，明朝廷的危機日益加深，但崇禎寧可調白廣恩等將進關增援，也不讓吳三桂離寧遠一步，同時朝廷盡全力加強寧遠的戰備。
松山戰役後到皇太極去世前，有一年多的時間，這段時間中，清軍對寧遠一直沒有發動像樣的進攻。原因有多種，其一，皇太極希望利用祖大壽及其他降將與三桂的親故關係勸其投降，可不費一兵一卒，就拿下寧遠。另外他的父親和他本人曾兩次攻打寧遠，都以失敗告終，寧遠的城堅炮利給他留下了深刻的印象，強攻寧遠在他看來絕非上策。在袁崇煥死後，吳三桂是他遇到的最難纏的對手，對於這樣的硬茬，逼急了反而會激起對方死拼的決心，所以他寧可多花些時間苦口婆心地勸降，只要能勸降成功，花點時間和精力都是值得的；其二，松山決戰後，他派自己的弟弟阿巴泰等為「奉命大將軍」率軍進關作戰，此時若發動對寧遠的進攻，兵力怕是捉襟見肘；其三，皇太極本人這段時間身體一直不太好，總是生病，而他深為寵愛的宸妃又剛剛去世，他的情緒一落千丈，這些都大大削減了他在軍事上大幹一場的興趣；其四，崇禎十六年（1643年，清崇德八年）八月，皇太極突然病逝，他的第九子，年僅六歲的福臨即位，第二年改元順治。因新皇帝年紀太小，眾議：以鄭親王濟爾哈朗與和碩睿親王多爾袞攝政。同時為皇太極大辦喪事，清軍在這一時期基本停止了軍事行動。寧遠算是過了一段安靜的好日子，這點和平安寧的時間就像是撿來的。
但撿來的東西又總是容易失去的，在皇太極死後僅一個月左右，濟爾哈朗、多爾袞與諸王貝勒大臣便做出了攻打寧遠的決策，凡出征的將領大臣均先除喪服，為出征做準備。清軍此次的作戰計畫是這樣的：首先是攻取寧遠以西至山海關之間的中前所、中後所、前屯衛三城，以切斷寧遠與大本營山海關的聯繫，從而把寧遠徹底孤立起來，再集中力量發動決定性攻擊。
崇德八年九月十一日，鄭親王濟爾哈朗、多羅武英郡王阿濟格統領大軍，帶著紅衣大炮及各種火器自瀋陽出發，直奔寧遠。
九月二十四日傍晚，清軍越過寧遠，首先攻擊中後所城。清軍先填平壕塹，蜂擁至城下，用雲梯、捱牌攻城，後又用紅衣大炮轟擊城牆，激戰一夜後於次日攻下此城，生擒明軍游擊吳良弼、都司王國安等，並斬殺於城樓之上。此戰清軍殲滅明軍馬步兵約四千五百餘人，俘虜約四千餘人。接著，九月二十九日清軍轉攻前屯衛，十月一日破城，明軍總兵李輔明、袁尚仁等戰死，明軍損失約四千餘人，被俘約二千餘人。
濟爾哈朗想乘勝擴大戰果，派護軍統領阿濟格尼堪率部攻擊中前所。守城的明軍總兵黃色在得知前屯衛已陷落後，竟棄城而逃。清軍輕鬆拿下中前所。
吳三桂的掛名舅父祖大壽在降清後，曾建議先取中後所，俘獲吳三桂的家眷做人質，以脅迫他投降。但吳三桂遠比祖大壽想的聰明，在清軍攻城前，他已命人將其家眷撤離中後所，不久後他的父親便攜著家眷進京享福去了。
前屯衛等三城失陷後，從錦州至山海關四百裡間只剩下寧遠這座孤城。雖然濟爾哈朗、阿濟格在奪取三城後並沒有立刻向寧遠發起攻勢，但寧遠毫無疑問已處在清軍的包圍之中。城內人心惶惶，不斷有逃跑及降清的事發生。崇禎十六年十二月，守備孫友白從寧遠逃出，向清軍投降，受到優待。寧遠城和吳三桂的處境更加兇險。
吳三桂很無奈，那三城的命運不是他所能左右的，他眼睜睜地看著清軍把它們一一攻克。他常登上城樓，舉目遠眺，觀察清軍動態。在大道上，清軍的哨探不斷出現，遠處山巒上的烽火台、哨所、台堡等都已被清軍奪下。吳三桂常不由自主地想，將來會是什麼樣，他該往何處去？他開始有些迷茫起來。他依然謹慎地關注著局勢的變化，同時他也非常清楚地意識到，在三城失守後，繼續死守寧遠已無實際意義，硬要死戰下去，最多只能在死後博個忠臣的虛名，這絕不是他想要的。
吳三桂會做出怎樣的抉擇呢？
明崇禎十七年，清順治元年，公元一六四四年，在歷史上這是值得大書、特書的一年。
農曆大年初一，李自成在西安正式稱帝，國號大順，改元永昌。封牛金星為天佑殿大學士、丞相，封宋獻策為軍師。設置尚書、直指使、統會、從政、尚契司、驗馬寺、知政使、文諭院、弘文館、諫議、書寫房等官職，並以五等爵位大封功臣。李自成稱帝改元，標誌著農民軍已從一支單純的軍事組織逐步發展成為一個政治組織，表明它已成為一個新興的政權，具有了改朝換代的能力和準備。大年初八，農民軍將士在痛痛快快度過一個「黃金周」後，在李自成的率領下自西安出發，東渡黃河，分兩路向北京進軍。一出山西，經太原、寧武、大同、宣化等地，殺向居庸關；一出河南，經衛輝、彰德諸府，入河北，經邢台、河間，殺向保定。然後準備兩路大軍會師於北京城下。
農民軍打得很順利，勢如破竹，「近逼畿甸」。農民軍在進軍途中，不斷散發討明檄文，並向明兵部轉送通牒，表明他們決心與明朝「非你死，即我亡」的堅定立場。
其實這已經不是明朝第一次領教李自成的狠了，崇禎十四年（1641年）正月二十日，農民軍攻克河南洛陽，這是明朝福王府所在地。福王是崇禎皇帝的親叔父，明神宗最寵愛的兒子，他原本早已準備好了老百姓的衣服，逃出城去並不是不可能完成的任務，但只怪他自己太貪吃，硬是給吃出來三百來斤的分量。那年頭老百姓不餓肚子就算不錯了，誰能有他那麼大塊頭啊，他想裝窮都裝不像。
福王跑出城沒多遠，便讓農民軍追上認出，押回城內時正遇到被俘的南京兵部尚書呂維祺即將被處斬。呂尚書見福王垂頭喪氣的樣子，忙激勵道：「名義甚重，王爺切毋自辱！」同時不斷高喊：「李闖，逆賊！」英勇就死。呂尚書人頭落地，身首異處，福王嚇得尿了褲子。
福王被帶到李自成處，嚇得立刻跪倒在地，叩頭如搗蒜，把腦袋磕得青紫，哀乞饒命。李自成放聲大笑，看著堂下跪地哭喊饒命的三百斤肥王爺，他厭惡至極，心想這豬狗不如的東西一刀劈了算了。但從