吳三桂春風得意的時候，也是他和他父親、舅舅、親戚及諸多同事們的掛靠單位——「明朝有限公司」日落西山的時候。
天啟七年（1627年），陝西澄城縣的一幫農民兄弟因為吃不飽飯和朝廷玩起了武裝遊戲。它雖然如同一根小煙頭一樣不起眼，但卻很不幸地點燃了「明朝有限公司」的危險品倉庫，明末農民兄弟全國大造反的序幕拉開了。其實自打崇禎初年起，各地武裝起義就沒斷過，農民軍深入到中原各地區，主要活動在山西、陝西、河北、河南、四川、湖北等地。後來成為農民起義軍主要領袖的李自成、張獻忠等就是在這時候開始拉隊伍扯大旗的，經過多年不斷的戰鬥，他們的部隊慢慢發展壯大起來。到了崇禎九年（1636年），各地的農民起義已到了不可收拾的地步，這時候的朝廷幾乎是束手無策，各地官軍也是疲於奔命。
內部出大亂子，外面也不讓人省心。山海關外，滿族建立起的政權，由努爾哈赤開創基業，到皇太極這一代，已變得很強大。皇太極於天聰十年（崇禎九年，1636年）四月在瀋陽稱帝，國號為「清」，他和他的兄弟子侄、文臣武將們野心勃勃地充滿了對奪取全國政權的渴望。明朝此時只能憑藉寧錦防線苦苦掙扎，勉強維持著關外的局面。
曾經在關外同清軍多年浴血奮戰的袁崇煥、熊廷弼、王化貞、孫承宗、楊鎬、杜松、袁應泰、滿桂、趙率教、毛文龍等一批將領統帥，不是早已戰死疆場就是官場失意而遭排斥，還有更慘的則死於黨爭，成為政治鬥爭的犧牲品。這時關外只剩下祖氏、吳氏兩大家族軍閥，還始終堅守著。這兩大家族之所以還沒倒，不是因為運氣，也不是因為皇帝的恩寵，而是因為他們的實力。
崇禎十二年（1638年）吳三桂二十七歲，被任命為寧遠團練總兵。崇禎五年，他還只是個游擊，而六年後，經游擊升到參將，再到副將，最後由副將升到總兵，這個晉陞速度，可以說是創造了明朝官場的記錄。
自明清戰爭以來，寧遠已成為明朝防禦清兵的一大軍事重鎮，與錦州並重，是寧錦防線的重要一環。袁崇煥、孫承宗曾兩次在此與清軍大戰並給清軍以重創。袁崇煥冤死後，祖大壽繼任守此，後又調到錦州駐防。吳三桂則在祖大壽之後，繼續駐守寧遠，這足以顯示出朝廷對吳三桂的倚重。關外八城，以錦州、寧遠兩城最為重要。監軍、巡撫、道台等官都在此城設衙辦公，三桂以總兵官駐守於此，這也提高了他的政治地位。
吳三桂升任總兵要職，等於躋身於封疆大吏之列，這也為他以後事業的飛黃騰達奠定了政治基礎。他能有如此地位，有兩個方面的原因：一是自己的才能；二是家族方面的原因。他有一個好爸爸，還有一個好舅舅，自是不斷能得到提攜與栽培。再加上父親吳襄深通官場之道，廣交朝廷大員，編織起一張緊密的政治關係網，從而保證了他們父子仕途上的順利。吳三桂這次之所以能升任總兵，就是由薊遼總督洪承疇提名，遼東巡撫方一藻推薦，再經總監關寧兩鎮御馬監太監高起潛同意，並由他向朝廷奏請，最後經崇禎皇帝批准的。
這三個人，地位很是顯赫。方一藻為遼東地區最高行政長官，洪承疇為堂堂總督更是大權在握，而高起潛雖然說起來不是太好聽，是宮中掌管御馬的太監，但他卻是由皇帝「欽命」，位列諸將帥之上的「監軍」。他們都與吳家有著千絲萬縷的關係。方一藻剛剛升任遼東巡撫時，三桂「拜其門下」，與其子方光琛「締盟為忘形交」。洪承疇以兵部尚書銜出任薊遼總督，吳三桂「又拜其門下」。洪氏幕僚謝四新博學，深得其信用。吳三桂與之「納交最厚」。高起潛對於三桂來說，更是一個強有力的後台人物。明朝末期，宦官頭子們往往深得皇帝的信任，凡為官為將的，如果得不到他們的支持，是很難在朝廷立足的。整個明朝軍隊，將領們的一言一行都處於「監軍」嚴密監視之下，吳三桂拜高起潛為「義父」不可不謂是一次高明的政治投機。自己本身能力出眾，再加上這些靠山，吳三桂的晉陞自是板上釘釘的事。
吳三桂年紀輕輕就登上如此高位，這應該很讓現代人感嘆甚至是嫉妒，但其實吳三桂的好運也來源於明朝確實需要他這麼一個人。
鑒於當時關外局勢的嚴峻，曾任陝西三邊總督，同李自成等農民軍苦戰十餘年的洪承疇此時被派到這裡。洪承疇雖日後降了清，當了鐵杆漢奸，但這個人確實是有能力的，可以說是一員幹吏。他一上任便明察暗訪了解各將領的作戰能力，更深入基層調查研究士卒的訓練及備戰情況。這一查讓他驚出了一身冷汗，當時的這支邊防軍雖然個別部隊還是有一定戰鬥力的，但總的來說情況不容樂觀。而此時的清軍是虎視眈眈，隨時有可能發起進攻，留給明軍的時間並不多，必須在極短的時間內加緊、加強訓練及備戰，彌補原來的種種不足，消除各種存在的隱患。
洪承疇是老江湖，深知練兵先選將的道理，而吳三桂正是此時被他看中並委以重任的。訓練的重點被放在提高士卒的單兵作戰能力，如劈殺格鬥訓練及熟練使用各種武器等，同時還有布陣及戰術協同等合成科目的訓練。擔任練兵將領的人不僅需要通曉兵法，同時還要有實戰經驗。而吳三桂正是這樣的人。
當時經朝廷批准，關外各部隊分期抽出一部分人馬在中後所及前屯衛兩處進行輪訓，訓練事宜由吳三桂全權負責。吳三桂的部下董永顯因膽勇超眾，屢次建功而被提拔為參將以協助吳三桂。經過吳三桂的訓練，士卒的戰鬥力明顯提高，用了僅兩年時間就訓練出精兵三萬餘人。
在吳三桂升任總兵的第二年五月，明軍與清軍在今遼寧錦縣杏山附近的夾馬山打了一場遭遇戰。當時在夾馬山附近五里台居住的蒙古多羅特部民約有三十餘家，六十餘口人。他們因害怕明軍的堵擊而與清軍秘密聯繫，請求清軍前來接應保護。說來也巧，當時皇太極正在錦州一帶視察，他命令鄭親王濟爾哈朗、多羅貝勒多鐸、多羅郡王阿達禮率他的近衛軍約兩千餘人前去接應這些多羅特部民。這批清軍為躲過明軍的阻擊，於十七日悄悄溜過錦州城，次日天還沒亮便順利到達五里台地區，後護送多羅特部民急速回返。不過他們運氣不太好，黎明時分，被明軍哨探發現，附近明朝駐軍在遼東分練總兵劉肇基率領下出城截擊。
當時準備截擊的明軍兵力約三千五百人左右，吳三桂在距此處十餘里的松山附近駐防，一得到消息便出動三千人馬趕來增援。同時錦州總兵祖大壽派游擊戴明率步兵及騎兵七百餘人也趕來會戰。此時的明軍在兵力上已佔絕對優勢。
清鄭親王濟爾哈朗見己方兵力不佔優勢，為避免被動挨打而避開城下明軍步兵，引誘其騎兵出戰，將所部撤退到離城九里的夾馬山，擺好陣形等明軍殺來。明騎兵很快便趕到，明軍百餘騎兵首先殺出陣來，濟爾哈朗指揮還擊。緊接著，濟爾哈朗親自率眾將沖入陣中與明軍做殊死搏殺。皇太極的近衛軍皆不是吃素的，驍勇異常，更有濟爾哈朗、多鐸、阿達禮等皇親國戚身先士卒，其士氣之高昂，戰鬥力之強不可讓人小視。此時明軍雖也是奮力衝殺，但終究未能抵擋住對方的兇猛進攻。更糟糕的是清兵以吳三桂為目標，竟將他包圍起來，吳三桂率部拚命衝殺，卻始終無法突圍，還好在關鍵時刻劉肇基及時援救，才使他脫離險境。
明軍且戰且退，一直退到杏山城下，清軍怕中埋伏，不敢戀戰，遂回撤。明兵先前已吃了些虧，亦不敢追擊。此戰明軍傷亡約千人左右，參將李得位，副將楊倫、周延州被清軍俘虜，當場被砍了腦袋拿回去請功。好在此役清軍傷亡不比明軍少，明軍這一仗算是打了個平手，值得一提的是此次與明軍交手的是清軍精銳中的精銳——皇帝的近衛軍，參考明清多年的交戰史，這次打成這樣明軍也算不錯了。
這一年的七月間，皇太極又對錦州這座軍事重鎮產生了濃厚的興趣。早在三月，他便派遣濟爾哈朗與多鐸為左右翼主帥，率部進駐錦州北約九十里處的義州，為奪取錦州做好準備。他們一面築城，一面屯種，與此同時，不斷派兵騷擾錦州地區。這次清軍的行動引起了朝廷的高度重視，急令各督撫做好備戰準備工作。遼東巡撫與吳三桂、祖大壽、劉肇基等人商議對策，薊遼總督洪承疇提出對付清兵不能一味防守，要守攻兼顧，才能守得住。戰也不能一味猛打猛殺，應採取多種作戰方式，如奇襲、伏擊等，才能見效。這一方針，成為此次明軍作戰的主導思想。
在這一方針指引下，明軍一反常態地開始對清兵主動出擊，展開多種形式的進攻。七月八日夜，吳三桂指揮步、騎兵約五百餘人奇襲錦州附近的清鑲藍旗營地。清貝子羅托等人倉促率兵出戰，雙方在夜色中展開一場廝殺。吳三桂的作戰意圖很明確，就是對清軍進行騷擾。將大批清軍引出後，吳三桂便引兵撤退。清軍一時摸不清明軍的底細，怕中埋伏，不敢追趕。據史料考證，此次戰鬥明軍僅陣亡八人，作戰時間也很短。卻迫使清軍移營，吳三桂用極小的代價達到了他的目的。
八日