當李鴻章與伊藤博文談判的時候，日本要割走台灣的風聲漸漸傳到了台灣。台灣人民聞聽此消息如晴天霹靂。台北，老百姓們鳴鑼罷市，湧入台灣巡撫衙門，哭聲震天，向巡撫唐景崧力陳民情，要求朝廷設法保住台灣——台灣雖然孤懸海外，但它是大清的領土，母親不能拋棄孩子。
唐景崧上奏北京了。而朝廷的答覆是：我們也有苦衷啊，是不得不棄台也。
受到百姓情緒感染的唐景崧這回也天不怕地不怕了，他再次上奏章，直接質問光緒皇帝：如果割走台灣，千百年後，人們會怎樣評價您這個皇帝？您又有何面目去見祖宗於地下？臣為祖宗守土，唯有與台灣人民一道，與台灣共存亡，只怕到時不敢奉皇上之詔！
此時的唐景崧，是一條硬漢。可是，評價一個人不僅要聽他是怎麼說的，還要看他是怎麼做的，並且要看他是持續怎麼做的。唐景崧很快會告訴我們答案。
見到台灣人民的強硬態度，光緒不得不反覆權衡，但在日本強勢的野心面前，他很難保住台灣，御前會議上，大臣們的意見是：「台灣雖重，但也比不上北京啊（比之京師則台為輕），如果我們不答應日本人的條件，日本人乘勝直攻大沽，唯恐京師危在旦夕……」
光緒只好安撫唐景崧，要求他立即來北京做官。對於台灣百姓，朝廷歡迎他們回到祖國的懷抱，在兩年內回大陸的（內渡者），朝廷一律接納安排，兩年後，「台民即為日民，改衣冠……」
《馬關條約》正式簽訂了，台灣將正式割讓給日本。當天，這個消息便傳到了台灣。台灣的大街上擠滿了憤怒和哭泣的人們，學校停課，工廠停工，商人停市，人們奔走相告，所有的民眾、官吏、駐軍一齊發表通電：發誓台灣永遠屬於清國，永遠是清國領土不可分割的一部分，即使朝廷不要台灣，全體台灣人也決不屈服。如果日本人強攻，即使朝廷不出兵，台灣人也將獨自與倭賊血戰到底！通電還號召在外地的台灣人立即返台，拿刀戰鬥。
在台灣士紳的商議和要求下，「台灣民主國」成立，這是在朝廷棄台後，台灣成立的整合各方力量、抗日保台的領導機構。唐景崧被推舉為「民主總統」，年號「永清」（表示永遠歸順大清之意），「國旗」為藍地黃虎旗，虎頭低頭朝向內地，表示永遠臣服於內地。
「台灣民主國」並非為分裂的國家，相反，它表達的是一種決心。從巡撫衙門改為「民主國」，便表示台灣可以不聽從朝廷割台的政令，全體台灣人民生為大清之人，死為大清之魂，與倭寇抗爭到底，台灣永不屬日本！
在「台灣民主國」統一領導下，抗日聯軍成立了，並制定了四條備戰措施：一、停止向北京交稅；二、停止賣鹽，用以備戰；三、台灣本土官庫里的銀錢，一律不準外流，全部留作抗日經費；四、各地加緊趕製武器。
台灣如此強硬的行動讓朝廷深感不安，這是會激怒日本人的啊。李鴻章的兒子李經方成為了割台大使，要迅速辦理向日本交割台灣的一切手續。而李鴻章也專門給伊藤博文拍了封電報，「善意」提醒他：「你們日本應自己派遣水陸各軍，以資彈壓，保持平安。」
朝廷對日本的懼怕如此之深，而對台灣的放棄又是如此之絕情！
而日本也終於明白，雖然在《馬關條約》上得到了台灣，但在台灣人民的武裝備戰前，這還是一紙空文，日本必須付出血的代價。
此時，日本本土已經無軍可派（他們都在清國的東北和山東）。「那就派近衛師團吧！」睦仁說。
近衛師團也就是睦仁的御林軍，師團長名叫北白川宮能久，他是一位王爺，曾被睦仁的父親收為養子。出征前，睦仁來為北白川宮能久送行，並告訴他一句話：「無論出現任何情況，日本的國旗必須遍插台灣土地！」
7000名日本御林軍攻陷了台北。唐景崧從總統府後門溜走，兩天後乘輪船逃到廈門，安全到達祖國懷抱，「台灣民主國」破滅，台灣抗日聯軍解散，台灣似乎已經失去抵抗力了。
但北白川宮能久高興得有點太早，因為接下來的，是更加艱難的旅程。如果說「台灣民主國」是台灣士紳組織的抗日機構，也就是有錢人的抗日，那麼接下來，日軍將面對的是「野蠻人」的抗日！
當北白川宮能久率領大軍從台北南下，企圖迅速佔領台中時，苗栗人吳湯興夫婦率領著他們的隊伍出現在了前面。日軍見到了一支他們從沒有見過的隊伍，他們的武器大部分是鳥銃、弓箭，光著腳，身上插著羽毛，雙手握著戰刀！
「如果文明是要我們卑躬屈膝，那我就讓你看見野蠻的驕傲！」——《賽德克?巴萊》。
這是一支包括台灣客家人、原住民在內的抗日軍，一支真正屬於台灣普通山民的抗日武裝。他們雖然只有鳥銃等簡單的武器，甚至連新式步槍都沒有見過，然而，他們並不缺乏抵抗侵略軍的熱血和決心！
當北白川宮能久聽說這些人連槍都沒有的時候，認為對付他們只要半天時間就夠了，不過是去開兩槍嚇唬一下這些蠻人而已。於是日軍輕輕鬆鬆地上路了，吳湯興的軍隊迅速散去，看來一切如北白川宮能久所料。
當日軍來到山間時，悲慘的命運到了。
前方的道路上布滿陷阱，掉進陷阱里的日軍被鋒利的竹籤刺穿，手持鳥銃的原住民狙擊手埋伏在道路兩旁，彈無虛發，一顆子彈消滅一個敵人。而當日軍發動進攻時，他們又迅速消失在茫茫大山之中。
可憐的日本人，整整走了10天才到達新竹。不過他們來不及高興，因為這又是噩夢的開始。
在日軍進城後，吳湯興率軍包圍了新竹城，發起襲擾之戰，當日軍出城時，他們就退入山中，等待日軍的又是無處不在的狙擊手和滿布陷阱的道路。戰鬥一天天進行著——原住民先後格殺了近4000名天皇御林軍！
北白川宮能久終於崩潰了，他感到了莫大的恐懼，他想到了一個辦法——放火燒了新竹，逃回台北。
可是，逃也不是那麼容易的。當北白川宮能久率領殘兵敗將逃到新竹城外的牛埔山時，吳湯興率人埋伏在這裡。高山密林中，一支支利箭射向了北白川宮能久，北白川宮能久中箭身負重傷，血盡而死。
清日開戰以來日軍級別最高的指揮官——近衛師團師團長，就這樣被沒有先進武器的台灣原住民格殺了。而這也是日本皇室成員第一次在本土之外的地方死亡，睦仁感到了恐懼。
為了穩定軍心，北白川宮能久死亡的消息被封鎖，睦仁指示大本營：把在清國東北的日軍撤回來，並且日本本土一個兵都不要留，調遣一切能調動的軍隊去台灣！
增援部隊在台北集結，兵力很快達到了驚人的近八萬人（正規軍五萬，預備役2.6萬），這幾乎是日本全國的兵力了。大軍分成兩路，一路從台北正面進攻新竹，另一路乘運兵船抵達台灣南部的高雄，在登陸後北上，南北夾擊，同時，聯合艦隊全部出動，從海上向新竹發炮支援陸軍！
日本以一國而敵一島！
吳湯興和原住民軍三面被圍，在形勢萬分危急的時刻，另一路抗日大軍從台南趕來支援。
它就是劉永福的黑旗軍。
1883年，法軍進攻大清屬國越南。法軍在平定越南後，繼續進犯廣西，企圖侵入清國的領土，廣西人劉永福率領3000名黑旗軍進入越南大敗法軍，差一點就擊斃法軍司令。然後，黑旗軍一路乘勝收復越南失地，劉永福被越南國王封為一等男爵。
黑旗軍原本是廣西地方武裝，而他們的任務是反清復明，以七星黑旗為戰旗，被稱作黑旗軍。黑旗軍戰鬥力之所以十分彪悍，除了劉永福治軍嚴格外，還跟軍中有一位著名的武術教練有關——他就是黃飛鴻。在劉永福平定越南後，對於這樣一種有強大戰鬥力的軍隊，朝廷是不能不提防的，於是派出招安大使，劉永福被朝廷派到台南鎮守，但在招安後他的黑旗軍也從3000人被裁到300人。
當日軍開始進攻台灣後，劉永福開始為抗日作準備。以300名黑旗軍嫡係為班底，迅速招募和訓練新兵。當吳湯興告急的消息傳來，劉永福派出部將帶領一支部隊進入台中，增援吳湯興。
「哪怕台灣只留下一片瓦一塊土，也要血戰到底，不令倭兒得了！」援軍出發之前，劉永福跟部將盟誓。
有了援軍的吳湯興實力大增，他們仍然利用熟悉的地形在日軍前進道路上設伏，開展阻擊戰和游擊戰，日軍每走一步都要遇到頑強的抵抗，傷亡慘重。而日軍採取了殺光和燒光政策，每到一處，他們將村寨中的男女老少全部殺光，放火燒光房屋，用大炮開路，日軍最終進入台中。
此時，吳湯興已經率領部隊頑強阻擊日軍三個月，雖然他們仍然士氣高昂，但由於日軍採取燒光和封鎖政策，吳湯興的部隊面臨最大一個困難——缺糧。很多士兵都已經疲憊不堪，又累又餓，只能以野草充饑，戰鬥力受到了很大的影響。在彰化之戰中，日軍終於將吳湯