隨著熱西丁和卓的戰敗，南疆全部被匪酋阿古柏佔領。屬於阿古柏自己的王庭在阿克蘇開始動工興建。馬文祿為使朝廷早日向新疆進兵，經過一番思考，竟然主動向清軍投降，讓開了進疆通道。清軍進駐肅州，出關的道路通了，收復新疆的步伐加快了。
哲德莎爾偽汗國成立不過兩月，阿古柏得知了熱西丁和卓正在籌辦自己的六十大壽，各城的防守比較鬆懈，便決定採用偷襲的手段對熱西丁和卓發起攻擊。
為了麻痹熱西丁和卓，在宣布哲德莎爾汗國成立的時候，阿古柏特遣快馬給庫車的熱西丁和卓發了邀請函，以示友好。
熱西丁和卓不僅對來使熱情款待，還回贈了豐富的禮品。
熱西丁和卓憑經驗推斷，阿古柏在一年之內不會出兵來攻擊他，因為一個國家建立的同時要相應地建立起一套管理機制，這起碼要一年的時間才能夠完成。
於是，在送走阿古柏的使者以後，熱西丁和卓放鬆了警惕，準備轟轟烈烈地給自己過一個生日。屆時，他準備給阿古柏和烏魯木齊的妥明、塔爾巴哈台回城的伊瑪木、伊犁的艾拉汗等汗王均發邀請函。
熱西丁和卓私下以為，如果這些汗王肯賞臉來為他祝壽，那麼，他就可以利用這次機會發一倡議，推舉出一位盟主，由盟主領導各汗國發起對大清國的作戰，把清軍一個不剩地全部趕出新疆，讓天山南北重新回到古老的各王朝割據狀態。
熱西丁和卓想到興奮處，索性又差遣了百人攜帶金銀赴北疆及俄國去採辦珍奇，又打發了五百人分三路進關去採辦綾羅綢緞。
他這麼做當然是為了向其他汗王炫耀自己屬地的富有，同時也是為了增加自己在各汗王中的份量，想過把盟主的癮。
庫車、庫爾勒、烏什、阿克蘇、喀喇沙爾各城地域雖廣，但並不是特別富庶，各城的守軍也不是特別精壯。經他這麼一折騰，各城原本就不多的守軍於是就越發地不夠用了。
但熱西丁和卓對此並不放在心上，因為阿古柏汗國的建立，在很大程度上吸引了大清國的注意力，他大可不必再為駐防新疆的清軍日夜擔心。
同年（公元1867年）夏，阿古柏的兩萬人馬在長子伯克·胡里及其金相印的統率下，突然包圍了烏什、阿克蘇二城，並很快發起攻擊。
可嘆烏什、阿克蘇二城此時只有不過三千守軍，面對大兵壓境，竟無法進行有效地抵抗；當金相印把以阿古柏的名義書寫的敦促守軍投降書遞進城之後，二城很快便豎起白旗。
金相印把二城守城頭目按著阿古柏的指令著人押往喀什噶爾，又把守城的軍兵連夜融會進自己的部眾里，等阿古柏任命的二城守城官到後，即連夜提兵撲向庫車、庫爾勒二城。
熱西丁和卓情知不敵，在金相印的人馬趕到前，便帶上身邊的人馬、糧草及金銀等物，倉皇逃往人煙稀少的東路，準備到吐魯番一帶去稱王。
熱西丁和卓出城不久，部眾即大半叛逃，身邊僅剩三百餘人。熱西丁和卓急火攻心，很快病倒，部眾又有二百餘人乘夜攜糧草、槍支離去。他的兩個兒子見大勢已去，力逼其父速分珠寶以謀生路。
躺在擔架上的熱西丁和卓為復王業，力持不可。
其次子小和卓憤怒，竟率身邊二十幾人，在夜半動手，將其兄、父等人排頭屠戮，血染沙丘，釀成吐魯番盆地第一大家族血案。
熱西丁和卓次子小和卓將所有糧草、珍寶悉數盤點，卻是老大一筆財產，可裝備三千人的隊伍。
小和卓手裡現有的這支隊伍，已不成為隊伍，除家眷女傭外，只有二十名親兵。
小和卓讓一名女傭去把親兵的頭領傳進帳篷，他決定向他下達向北路開拔的命令。
女傭走出去不久，二十名親兵卻一齊瞪著血紅的眼睛揮著馬刀衝進來。
二次殺戮於是拉開序幕。
一個時辰後，熱西丁和卓家族不復存在。
至此，阿古柏成了南疆大片領土的最高統治者。
同年（公元1867年）六月底，志得意滿的阿古柏動用大量的人力、物力，開始在阿克蘇建造真正屬於自己的王庭。
左宗棠所上《金軍未能迅速出關折》拜發不久，聖旨開始陸續抵達肅州。
一旨曰：「據左宗棠所奏，眼目昏花，心神恍惚衰態畢臻，特簡賢能接任陝甘總督篆務。等語。覽奏均悉。該大臣辦理陝甘軍務，宣力數年，地方漸就肅清，大功不日告竣。嗣後一切善後事宜及吏治民生，正賴該大臣悉心籌度。至新疆軍務，誠非從內預為布置，從新預為調度不可。將來大軍出關，關內既須重臣鎮撫，而籌餉、籌糧並籌轉運等事，尤恃有大臣實力實心經營布置，庶前敵各營不虞後顧。該大臣素顧大局，諒早籌計及此。應俟甘境敉平，先將餉事、兵事通盤籌畫，據實奏聞。朝廷倚畀方深，豈可遽萌退志！左宗棠著賞假一個月，安心調理。河州、肅州軍情，仍著隨時詳悉具奏，以慰廑系。」
朝廷明知左宗棠所奏均系實情，但為了儘早收復新疆，未敢輕易換帥，只賞了左宗棠病假在營調理，但不準開缺離任。朝廷這麼做，看似無情，但對左宗棠來說，卻分明是一種倚重。
二旨曰：「左宗棠奏金順全軍未能迅速出關一折。稱：現在新谷未收，軍糧缺乏，駱駝亦值歇廠、怯熱之時，不能負重，若展遲兩月，於八月間拔隊西行，局勢似較穩慎。等語，所籌亦系實情。惟白彥虎賊股現又竄擾關外，安、敦、玉等處情形緊急，盼兵尤切。金順仍當趕緊部署統軍出關，相機剿辦。如一時實因糧運、車駝未能應用，或派撥數營先行進發，以資接應之處，著金順酌度情形，妥籌辦理。金順需要糧食、車駝等項，仍著左宗棠飭令該地方官速為預備，毋稍延誤。」
考慮到新疆的實際情況，朝廷同意金順一軍暫緩出關。這其實還是在給左宗棠面子。
就在左宗棠接旨的當日，佔據肅州的回民頭目馬文祿，經過一番思考，竟然自縛雙臂出城赴清軍大營請罪乞降。馬文祿這麼做的目的只有一個，無非是希望清軍能夠早日出關，儘快收復被俄國侵略軍、阿古柏侵略軍佔據的新疆。
馬文祿如此深明大義，倒把左宗棠嚇了一跳。當即滿口應允，很快命馬文祿統帶城內回兵，次第出城繳械受撫。馬文祿一一照辦。
劉錦棠統軍從四門進入肅州接防，料理善後。
一部回眾被遣往蘭州擇地安插，一部回眾被送往涼州，一部留肅州。
至此，除新疆外，陝、甘兩省全境平定。