慈禧太后在發布籲請皇太后訓政詔書的同時，便下令捕殺譚嗣同、林旭、楊銳、楊深秀、劉光第、康廣仁等六人，通緝早已出京師的康有為、梁啟超，罷免維新派官員陳寶箴、江標、黃遵憲等數十人，同時下旨宣布，除京師大學堂尚可保留外，廢除全部新政。
面對慈禧捕殺康梁餘黨的旨意，李鴻章暗道：「我是決不做刀斧手了」。不久，兵部尚書協辦大學士軍機大臣剛毅，又上奏嚴劾休致歸籍之原軍機大臣翁同龢，稱其曾面保康有為，實屬昏庸，不能不究。
慈禧太后於是又頒懿旨一道，著將翁同龢即行革職，永不敘用，交地方官嚴加管束。
漸漸地，大清國又成了過去的大清國，人們以前幹什麼，現在仍幹什麼。
光緒二十五年十月（公元1899年11月），李鴻章七十七歲，仍是賦閑相國。雖然他在上年的十一月奉旨勘考了一趟黃河後，便一直告假。
這一天他對趙蓮和小紅說道：「『戲』演完了，該殺的都殺了，該跑的都跑了，該革職的都革職了。恭親王也不在了，老夫已經七十七歲了，這回可真到了告老還鄉的時候了！」
趙蓮點頭說道：「賤妾也覺著，朝廷該讓您歇著了。」
李鴻章當夜也說不準是第幾次讓張佩綸擬懇恩休致的奏稿了，他此次一定要休致了。
摺子遞進去後，李鴻章便開始安排下人打點行裝，希望聖旨到府，便能如期上路，免得手忙腳亂，但朝廷卻一點動靜都沒有。
李鴻章思考了良久，仍然想不出個究竟，只好把張佩綸傳進書房，吩咐接著擬懇請休致的摺子。張佩綸才高八斗，於此種文字早已經是輕車熟路，沒用李鴻章說什麼，他便一揮而就。
李鴻章聽他讀了一遍，便令謄寫，他準備第二天一早再遞進去；聖旨偏在這時候下來了。
旨曰：「李鴻章久歷外交，功勛卓著，著為欽差商務大臣，克日起程，前往通商各埠考察商務。欽此。」
李鴻章接旨在手，當夜對夫人趙蓮與侍妾小紅苦著臉說道：「太后怎麼還不放老夫走啊！京師沒有老夫容身之處啊！老夫官做夠了，可還沒有活夠啊！」
李鴻章一面依例遞折辭差，一面苦苦地思考著辦法。辭差照例是不準，不過倒許他從容動身辦差。
李鴻章苦思不得良策，當夜便去慶親王府拜見慶親王，想向慶親王討個主意。慶親王悄悄對李鴻章說：「有些人不想休致，但朝廷要勒令他休致；你李少荃想休致，太后可不能隨便允准。何也？你是文華殿大學士，又賞有三眼花翎，太后還要你表率百官呢！」
李鴻章苦笑著說道：「王爺呀，下官都七十七了。手抖氣喘不說，這兩腿一跪下呀，沒人扶都站不起來了！下官若年輕十歲，也不能這麼不識抬舉呀。王爺呀，您無論怎麼樣，得找個機會跟太后說說，放下官南歸吧。父母的墳頭，都長蒿草了！」
慶親王笑道：「少荃哪，你就打消休致這念頭吧。譚文卿今年都七十八了，還是個外官，太后才准他休致。他的聖恩，怎麼跟你李少荃比哪？你別說剛七十七，就是九十七，太后也不會放你回籍的。你呀，還是回去，早點動身去考察商務吧，別胡思亂想了。」
李鴻章當晚回到府里，只喝了碗燕窩粥便讓小紅伺候著躺下。小紅見李鴻章沒情沒緒，不由小聲問道：「老爺，王爺怎麼說呀？您老還非得走這一趟差啊？」
李鴻章聽這話沒有答言，口裡卻輕輕地冒出這樣一句話來：「太后允准兩廣總督譚鍾麟譚文卿休致了！譚文卿比老夫長一歲！」
小紅聽得莫名其妙，卻又不敢多問。
第二天晚飯後，李鴻章忽然傳人備轎，要進園子里去見太后。
李鴻章是免帶領引見官員，進見較其他官員方便。施禮畢，慈禧太后徐徐問道：「李鴻章啊，這麼晚了，你進園子有什麼事嗎？想說什麼你就說什麼，我不怪你。」
李鴻章答道：「稟太后，臣風聞兩廣總督譚鍾麟休致了。臣忽然間，有幾句話要對太后講。」
慈禧太后道：「譚鍾麟是休致了。他呀，年紀大了，有些糊塗了。再不讓他休致啊，兩廣非出亂子不可。」
李鴻章答道：「回太后話，太后所言極是。臣連夜趕來，也是想對太后說，兩廣是我大清的南大門，關係非輕，若沒個老成點兒的人去守，定然要出亂子。我大清局面剛好，不能再大意了！廣州是通商要地，洋人天天進進出出，稍有不慎，便要有交涉。臣語無倫次，想到什麼便說什麼，還望太后恕罪。太后若無其他吩咐，臣就此告退。」
慈禧太后忽然道：「李鴻章啊，我看你身子骨不錯呀，怎麼總想著休致呢？」
李鴻章答道：「回太后話，臣雖老邁，但還不糊塗。臣累次懇請休致回籍，是因為臣不想尸位素餐，還想著為太后干幾件實事。太后為大清辛苦了這麼多年，尚未道出一個『苦』字，臣卻空食俸祿，有愧呀！」正說著忽然雙膝跪倒，邊磕頭邊道：「望太后能體察臣的一片赤膽忠心！」
慈禧太后忙道：「李鴻章啊，你快起來。你說的這些，我心裡都知道。你這些年，為大清辦的那些事啊，朝廷忘不了，我也都記著哪。」
李鴻章回到府里，一連等了十幾天，卻仍是沒有接到聖旨。他無奈之下，只好乘轎趕到總理衙門，和慶親王商量動身考察通商口岸的事。
慶親王卻沉思著說道：「少荃哪，你先不忙著動身。兩廣那裡呀，出了點岔子。譚文卿不是休致了嗎？上頭原本打算放王文韶過去。可今兒，上頭又傳下話來，說王文韶年紀大了，又不太熟悉交涉的道理，讓軍機處重新選人。少荃哪，你以為，兩廣放誰去合適呢？」
李鴻章忙道：「這等軍國大事，下官哪敢亂說話呀。不過呀，下官以為，兩廣非比尋常，是我大清的門戶。不放個老成持重的人去呀，恐怕上頭不能答應。」
李鴻章當日高興地回到府里，暗令管家，讓下人作速收拾東西，並吩咐張佩綸暗找掮客，力爭在最短的時間內把宅子賣掉。
趙蓮驚道：「我的爺，看您春風滿面，莫不是上頭允准您休致了？」李鴻章笑著擺了擺手。
小紅小聲道：「老爺，如果奴婢沒有猜錯的話，上頭要放您老外任了！是不是？」
李鴻章神秘地一笑道：「聖旨還沒下來，說不準。但不管怎樣，老夫是決意不肯再在京師住下去了！」
聖旨於當晚便下來了，命李鴻章毋庸考察商務，馳赴廣州先行署理兩廣總督。李鴻章接旨以後笑了。他在京師不過沉寂兩年，便以七十七歲的高齡，再度被授以督撫實職，再度崛起，再次成為大清國官民議論的焦點人物。請訓以後，李鴻章很快攜眷屬離京南下。
李鴻章抵達廣州的第二天便拜印視事，彷彿又回到了從前。兩月後，正逢光緒帝三旬萬壽，賞李鴻章穿方龍補服。
李鴻章心情開始日漸開朗，整日滿面春風；趙蓮受其影響，病情也開始轉好，並很快離開了廝守幾年的床榻，能操持家務了。
也就在這時，以「扶清滅洋」為口號的義和團開始興起了，至光緒二十六年（公元1900年）三月，已由山東蔓延到全國各地，京、津一帶聲勢尤為浩大，僅北京城內設壇即達八百餘所，許多王爺、貝勒的府里，亦設起神壇。
義和團最早稱拳民，興起于山東一帶，後向直隸蔓延，聲勢並不是很大。
拳民以練習拳、棒為主要活動形式，有的並持符念咒、降神附體，參加者主要是農民、手工業者和其他勞動群眾、無業游民，基本單位是壇口、壇場和拳廠，以某一城鎮或自然村為基點，各自形成獨立的拳團單位。每壇設老師、大師兄、二師兄等名目，主持練拳、指揮戰鬥及管理日常事務。進入京、津後，拳民統稱義和拳，後又改稱義和團。義和團提出「扶清滅洋」的口號後，吸引了更多的群眾參加，聲勢這才浩大起來。
山東一帶很快便出現多起義和團圍攻教堂、焚毀教堂、殺害教民等事件。眼見義和團群情激昂，聲勢越來越大，加之提出「扶清滅洋」的口號，所有在華洋人登時便緊張起來。
是年四月，英、法、美、德等國公使，聯合照會總理衙門，限令在短期內將聲勢浩大的義和團「剿除凈盡」，隨後各國政府以「保護使館」為名，開始陸續派軍隊進入京、津一帶駐防。但總理衙門並沒有向各國公使表明態度，蓋因御前會議還沒有作出決斷，慈禧太后還沒最後拿定主意。她在等待山東巡撫毓賢的奏摺。
毓賢字佐臣，監生出身，內務府正黃旗漢軍。以同知納資為山東知府。光緒十四年（公元1888年），署曹州，旋實授。累遷按察使，權布政使。光緒二十四年（公元1898年），調補湖南，署江寧將軍。光緒二十五年（公元1899年）初，山東興起大刀會，圍攻德國教堂，有多名會民被打死，教堂亦有二教士亡。巡撫李秉衡為此被革職，命毓賢代之。毓賢蒞任，大刀會已改稱義和拳，並提出「扶清滅洋