回到引接寺後，趁科士達不在跟前的機會，李鴻章小聲對李經方、馬建忠、吳永說道：「倭人想佔領大沽、天津、山海關，並要我官軍繳械，是想把京師團團包圍，他這不是異想天開嗎？倭人再兇狠，充其量不過是只狼，我大清雖不富強，可畢竟是只虎。他想把大清一口吞進肚子里，他也總該看看自己的肚子有多大，能不能吃得下。你一會兒帶人起草個文書，拒絕他們提的這些無理條款。還有，起草文書的時候，不要讓科士達知道。美國現在是日本的幫凶。」
李經方默默點了一下頭，又道：「父親，如果倭人堅持不肯停戰，怎麼辦呢？」
李鴻章道：「倭人若堅持如此，老夫也無可奈何，只能先議和，後停戰了。」
馬建忠這時道：「老中堂，職道看日本人的態度，是要獅子大張口啊！有一樣達不到要求，怕都不行啊！」
李鴻章忽然長嘆一口氣：「萬一談判不成，只有遷都陝西，和日本長期作戰，日本必不能征服中國，中國可以抵抗到無盡期。日本最後必敗求和。」
「太后和皇上能同意嗎？」伍建芳小聲問道。見科士達走進來，李鴻章慢慢端起茶杯。
二月二十八日，李鴻章按日方的要求，再次來到春帆樓。伊藤博文見到李鴻章遞交的拒絕文書後，馬上凶相畢露，說道：「貴中堂既然不肯答應我國提出的這些條件，那我國就不能停止進攻。」
李鴻章撫須說道：「這是貴國的事情，老夫做不了主。如果貴國執意不肯按《萬國公法》辦理，老夫也沒有話說。」
伊藤博文站起身道：「好吧，既然貴中堂這麼說，本大臣也沒有辦法，我們午後就舉行正式議和會商吧。但會議期間，我國並不停止對貴國各地的繼續攻擊。」李鴻章聽後沒有答話，只是吩咐隨行回驛館歇息。日本代表剛剛退出去，科士達便對李鴻章大吼道：「你們為什麼要這樣？貴國既然拒絕日本的和談條件，為什麼還要來議和？」李鴻章冷靜地答道：「這是中日兩國間的事。」
因日方要求毫不鬆動，會談無法進行下去，只得約定次日再談。
李經方扶著李鴻章步出春帆樓以後，馬上便有侍衛搶先一步來到綠呢大轎旁。李鴻章舉步來到轎前，卻並沒有立即上轎，而是回頭望了一眼春帆樓，長嘆了一口氣。
李經方見李鴻章心事重重，不由勸道：「父親，先上轎吧。」這時，由春帆樓到引接寺的這條路上，正是人多的時候。
李鴻章的八抬大轎前有兩名侍衛引轎，左右亦有侍衛隨行保護，李鴻章的轎後則是李經方，李經方的後面是科士達，科士達之後便是馬建忠、吳永等一應隨行人員。除李鴻章外，其他人乘坐的全是人力車。
當李鴻章的轎子走到江村仁太郎雜貨鋪門前時，小山六之助見機會難得，當即從門裡躥出，旋風一般跑到轎前。轎夫不明所以，慌忙落轎，侍衛也甚是驚慌。李鴻章不知發生了什麼事，急忙掀開前面的轎簾向外觀瞧。小山六之助一見轎里的老人衣冠華貴，當即認定是李鴻章無疑。轎前的侍衛正詫異之間，小山六之助忽然從懷裡掏出一隻手槍，口裡大吼了一句，對著李鴻章就是一槍。
李鴻章的左眼下部中彈，登時血流如注，官服都被打濕，很快暈倒在地。現場頓時亂作一團，行人紛紛躲避。小山六之助本想再補上一槍，哪知轎簾已經放下，何況轎前的侍衛已向他撲過來，後面的李經方、科士達等人也都跑過來。小山六之助略一猶豫，抽身便混進行人里逃走。
見李鴻章遇刺，隨員們慌了手腳，急急忙忙把他抬回引接寺，隨行的醫生馬上進行急救。
李經方、馬建忠、吳永等中國員弁守在床邊，科士達等所有外國人，俱被侍衛擋在門外。雖然急如籠中困獸，卻也無可奈何。幸好子彈沒有擊中要害，李鴻章蘇醒後，發現科士達等外國人沒在床邊，便小聲吩咐李經方、馬建忠等人，立即草擬函文，命人悄悄分頭遞交各國駐日公使館，發布自己被刺一事。同時囑咐隨員，將換下來的血衣保存下來，不要洗掉血跡，言稱：「此血可以報國矣。」同時發誓「終身不履日地」。各國駐日公使館很快便知道了這一消息，世界登時嘩然。
行刺事件發生後，馬關警方很快抓到了小山六之助。但小山六之助堅稱「自己無罪有功」。
伊藤博文聞訊後，親自提審小山六之助。
伊藤博文氣急敗壞地大罵道：「你這個混蛋，你壞了我大日本帝國的好事！你知道嗎？這一事件的發生，比戰場上一兩個師團的潰敗還要嚴重！」伊藤博文話畢，對著小山六之助就是兩耳光。伊藤博文為什麼發這麼大的火呢？原來，日本政府本來擬就的談判方略是借戰爭逼迫清政府簽訂不平等條約，然後見好就收。李鴻章到馬關後，伊藤博文最擔心的就是有什麼把柄落在列強手中，讓一直虎視眈眈的西洋各國從中干涉，坐收漁翁之利。小山六之助的行為，恰恰無異於授人以柄。
李鴻章被抬進引接寺不久，日本方面便把李鴻章送到醫院搶救。日本天皇得到消息後，馬上派代表到醫院慰問，又連派三名御醫到醫院為李鴻章療傷。
當晚，伊藤博文在到醫院看望李鴻章的時候道：「為表示對你的尊重，經請示天皇，日本決定，日中議和期間，日方可以在有限時間內，暫時停止對中國的攻擊。」
伊藤博文的話李鴻章聽得清清楚楚，但他卻把兩眼閉上，沒有理睬伊藤博文。
伊藤博文離開醫院後，各國駐日公使也秉承其國內的旨意，相繼到醫院看望李鴻章。各國醫生會診之時，日本醫生建議開刀，但德國和法國醫生堅決反對。理由是既然這顆子彈對李鴻章眼睛的正常工作無害，不如暫時留在體內。他們擔心，如果貿然開刀，將會危及李鴻章的性命，李鴻章畢竟是耄耋老人。
但李鴻章此次傷得並不重，匪徒所用槍支系短銃，裡面發射的是砂彈而非子彈。院方驗傷後稱，只要把眼下皮肉切開，將砂彈取出，再將養月余即可痊癒。
李鴻章不想拖延時間，他希望儘快與日本議和。經過反覆考慮，他讓經方向醫院提出，不準醫生給他動手術，只讓醫生將傷口縫合起來。醫院經向首相請示後，只得尊重李鴻章的意見，同意按李鴻章的要求去做。李鴻章得到院方答應的當日，又派經方通知日本外務省，三日後即正式談判。伊藤博文亦不敢不對李鴻章肅然起敬了。
雙方於是在李鴻章被刺三日後便開始舉行正式議和談判。坐在談判桌前的李鴻章，頭上包著厚厚的白紗布，只露出一隻右眼。醫院按著當局的指令，派了兩名醫生跟在他的左右換藥。
中國承認朝鮮獨立，是大清國總理衙門向田貝允諾過的事，雙方談的重點是割地與賠款的問題。經過討價還價，賠款數額為二萬萬兩；經李鴻章請旨後，光緒帝照準。但日方提出割讓台灣、割讓遼東半島及其附屬島嶼、澎湖列島等，李鴻章卻堅決不肯答應，聲稱需要請旨。
談判再次陷入僵局。
臨別，伊藤博文兇狠地對李鴻章說道：「我們只能給你五天的請旨時間。如果五天後，貴中堂拒絕簽字，我國便恢複戰爭狀態。」李鴻章面無表情地站起身，在李經方的攙扶下慢慢走了出去。
當日回到醫院後，李鴻章背著科士達等外國人，老淚縱橫地對李經方、羅豐祿、馬建忠、伍建芳等人說：「想不到，日本的胃口這麼大！不僅要台灣，還要割讓遼東半島及其附屬島嶼、澎湖列島，而且缺一不可！他這是想讓我大清亡國呀！」
羅豐祿小聲道：「日本此次同意和議，就是既要我們賠款，還要我們的土地。」
李經方說道：「父親，不答應他們的條件，恐怕和議不成啊！」李鴻章長嘆一口氣，陷入深思之中。
李經方的擔心不無道理。幾乎與此同時，美國駐華公使田貝又站了出來，開始配合日本，約見總理衙門大臣孫毓汶、徐用儀、恭親王、慶親王等，恐嚇道：「日本國已向本公使表示，若貴國不肯答應日方提出的割地條款，他們就要向中國增兵，一定要打進北京來。」
就在田貝講話的當晚，日艦突然駛向台灣，並很快對台灣進行了攻擊，台灣遂被佔領。光緒帝聞報之下，一邊大罵李鴻章誤國，一邊讓軍機處緊急給李鴻章發電報，著李鴻章快速答應日方提出的割地條款，不準延誤！一旦和議破裂，損失將會更大，失地將會更多！他這皇帝也就當到頭了！電報發走，光緒又罵了許久的娘，活脫脫一個市井無賴。
李鴻章接電後，仍不甘心割讓如此多的土地。他思考了一天，當晚約見了俄國駐日公使、德國駐日公使及法國駐日公使。得知三國公使來看望李鴻章，科士達急忙來見李鴻章，但卻被侍衛和李經方擋在門外。
李經方說道：「很對不起科士達先生，父親有話交代下來，他要與幾位公使談點私事，不方便外人在場。」科士達蠻橫地說道：「鄙人是中堂的談判顧問，鄙人有權過問有關談判的所有事情！」李經方冷著臉子答道：「很對不起科士達先生