小時後，日本異國敦煌考古研究隊準備妥當，集結待命。
黑澤治也挑選十名士兵，連同太田日川、渡邊雄、內田峻、河野承平、宮本次北實施本次行動，其他人員留守日軍營地。小白與父親告別後，與秦昀三人跟隨黑澤治也來到地下水道，龐大的黑色潛艇已經等候多時。這是一艘二戰時期日本建造的潛艇，早過了服役期，日本人廢物再利用，將它拆裝後運到這裡組裝起來，開展地底探索任務。潛艇水面排水量1475噸，水下排水量1830噸，長約75米，寬6.5米，水面航速15節，水底航速12節，潛深可達到350米，載有8具533mm魚雷發射管，還裝載有20枚水雷。眾人走上船舷，打開頂部一道水密門，通過直梯進入潛艇內部，士兵快速進入崗位。太田日川負責指揮潛艇航行。
這還是秦昀第一次進入潛艇內部，他好奇地四處看，潛艇過道狹窄，兩人並行時必須側著身體，艙壁上布滿了管路、線路和各類機械裝置，從入口往前走，首先進入指揮艙，這裡的設備更多，艙壁上掛滿了轉盤，還有雷達和聲納顯示儀、潛望鏡、航跡自繪儀、電羅經、水壓計程儀、地下湖海圖、航海系統和長波、短波、超短波通信系統，再往前是前蓄電池艙、首魚雷艙。往回走，經過指揮艙後，就能看見後蓄電池艙、柴油機艙、推進電機艙和尾魚雷艙，各艙由水密門區隔。黑澤治也、太田日川在前蓄電池艙有相對舒適寬敞的床位，秦昀與其他人的床位則位於後蓄電池艙，床都是用鐵鏈懸吊在艙壁，每組分上中下三個鋪位，非常擁擠、髒亂。
情報車通信監測系統和控制電腦已按秦昀要求搬運上艇，堆放在指揮艙控制台上，秦昀暗自琢磨如何在日本人不注意的時候查看到莫爾斯電碼。
隨著太田日川一聲令下，主壓載水艙注水，潛艇緩緩下沉，然後以5節速度駛出隱秘基地，進入到地下湖。它的第一目標便是那爛陀，日本人在地底經營數十年，已繪成詳盡地下圖，潛艇雖在水底航行，但根據航跡自繪儀、電羅經、潛望鏡等觀通設備，可精確測算航行地點。地下湖廣闊，要抵達目的地需二三天時間，也就是說，秦昀只剩下二三天時間去尋找答案，他決定儘快破譯密碼，可日本人對他們進行了嚴密監視，只要運行電腦，就必然會被發現。秦昀苦思良久，終於想到辦法。
他讓袁真和將數字每4個一組，將順序打亂，做下暗記，再在中間插入大量無序數字，這才大大方方地來到指揮艙控制台，對黑澤治也說：「我在黑蝙蝠背包里發現了一組數字，懷疑它們是莫爾斯密碼，因此想用情報車控制電腦查一查。」
黑澤治也欣然同意，立即命人安裝電腦，幾乎所有日方研究人員圍攏過來查看，袁真和將幾千個數字一一輸入莫爾斯密碼查詢系統，它們要麼是錯誤的，要麼產生前後毫無邏輯關係的漢字，他足足花了一個小時才完成查詢，內田峻一把搶過破譯稿，令翻譯官翻譯成日文。翻譯官精通中文，但對這些亂七八糟的玩意毫無辦法，抓耳撓腮半天，才譯出一段令人啼笑皆非的句子，不過日方考古學者如獲至寶，將它捧在手心，日夜鑽研。袁真和卻已掌握核心信息，它果真是伊藤司原傳出的中文心電密碼，共六個字：
答案在慈航號！
趁日本人在專心研讀文稿，袁真和將秦昀三人拉到一邊，輕聲說：「這是第三次出現『慈航』二字了，看來，地底謎題與它有莫大關聯。」
劉虎迷惑地問：「有三次么？瘋和尚圓寂前說過一次，今天是第二次。」
袁真和回答：「藏經洞8932號文件最後一頁有一句話『普渡眾生，共駕慈航，同往涅盤』，跟瘋和尚的話如出一轍，我想它所說的『慈航』就是通往佛經和佛祖頂真骨藏身地的暗語。」
秦昀一拍大腿，「一定是的！慈航！慈航號！它的秘密到底是什麼？」他來回走了幾圈，堅定地說，「我們必須重返慈航號。」
「可是——父親曾親駕慈航深入地下湖，也沒能找到藏經；我們也曾仔細搜查過慈航號，沒有任何有價值的發現，現在回去，會有用嗎？」小白不安地說，「而且，王素甫可能會再次攻擊我們……」
秦昀沉吟片刻，大膽推測：「你父親留下這句電碼一定含有深義，也許——他已經找到藏經位置圖，甚至已經得到藏經，並將它存放在慈航號上，正因為這樣，他返回船塢時才遭到玉素甫攻擊，最終——受傷不起。」
「你說的很有道理，但假如這是對的，玉素甫在佔領慈航號後，一定會全力搜查它，如果有藏經或藏經地圖，早落入他們之手。」袁真和說。
「這就是疑點所在，我想以伊藤司原的睿智，它藏的東西，一般人很難找得到。還有一點，我們在駕駛慈航號進入地下湖時，有玉素甫跟蹤監視，返回基地後，又受到了攻擊，這是不是說明玉素甫還在試圖尋找慈航號里的答案呢？」秦昀繼續推理。
劉虎不認同這種說法：「慈航號再大，也不過是艘考察船，在裡面找不到，玉素甫完全可以將它拆散，一塊木板、一顆鉚釘的找，就算藏一根頭髮也會被揪出來。」
這不失為一個辦法，雖然粗暴，但很有效。秦昀思忖片刻，說：「如果輕易拆毀慈航號，很容易破壞內部結構，損壞可能以任何方式存放的秘密，造成難以修復的災難，玉素甫不可能不顧慮這一點。」
大家點點頭，小白又問：「玉素甫怎麼知道地底秘密跟慈航號有關？」
這也是令秦昀迷惑的問題，他推測說：「玉素甫祖祖輩輩在地底世界搜查了一千多年，總會有超越我們的發現，而且，瘋和尚能對我們說到慈航，也自然會對玉素甫說起，玉素甫知道慈航號也合情合理。」
「那瘋和尚又是怎麼知道的？于闐國流亡者既然將秘密隱藏得如此深，又怎麼會讓一個瘋子洞悉答案，並且逢人就說？而且，瘋和尚怎麼進入地底的？」小白追問。
劉虎插話：「瘋和尚會不會是于闐流亡者留在地底的後裔？」
袁真和驚問：「你的意思是說于闐流亡者還在地底繁衍生息？」這個想法太不可思議，也只有說話不經大腦的劉虎才會想到。
秦昀搖搖頭：「玉素甫可以自由出入地底，才能生存下來，而于闐人一千年來都住在這個沒有陽光的地方就太可怕了，除非他們也能自由出入地底。」他用力拍拍發熱的腦袋，「唉——算了，別管瘋和尚的來歷了，先到慈航號再說。」這個神秘的地底世界遠遠超出普通人的常識與想像力，企圖立即找到答案必將徒勞無功，秦昀決定放棄。
這也是無奈的選擇，大家都點頭。