上海的風波也是「徹底批判資產階級反動路線」惹起來的。中共上海市委在「文革」之初，按照劉少奇的部署，也派出了大量工作組。甚至在毛澤東回到北京之後，中共上海市委還不知道北京的「行情」，仍在那裡派出工作組。上海的學生、工人起來驅逐工作組，中共上海市委強調：「北京派工作組是錯誤的，上海派工作組是對的！因為中共上海市委向來是正確的！」
「徹底批判資產階級反動路線」的浪潮在上海興起。上海的紅衛兵、造反派炮轟陳、曹，如同北京炮轟劉、鄧。陳，陳丕顯，中共上海市委第一書記；曹，曹荻秋，中共上海市委書記兼上海市市長。在陳、曹之中，曹是炮轟的重點。因為陳丕顯在1996年3月查出鼻咽癌，處於休養之中，日常工作由曹荻秋主持。
上海第十七棉紡廠保衛科幹事29歲的王洪文，成為上海「徹底批判資產階級反動路線」的風雲人物。他組織上海各工廠的造反派們，籌備成立「上海工人革命造反總司令部」
（簡稱「工總司」），他被推選為「司令」。
11月9日下午，「工總司」在上海文化廣場召開成立大會，要求曹荻秋到會，予以「承認」。曹荻秋沒有理睬。會後，王洪文帶領幾千工人造反隊員到中共上海市委，要求見曹荻秋。曹荻秋仍不予理睬，因為曹荻秋給陶鑄打過電話，陶鑄明確答覆，成立跨行業的全市性的「工總司」是不適當的，是違反了中央有關規定的。
王洪文帶領「工總司」的造反隊員們鬧了一夜，還是見不到曹荻秋，便鼓動造反隊員們「進京告狀」！
11月10日清晨，王洪文率隊沖入上海北站，搶上列車。上海北站秩序大亂。
據當時擔任中共中央華東局第三書記的韓哲一告訴筆者：考慮到上海北站地處鬧市，「工總司」在那裡鬧事影響很不好，曹荻秋和他商量，決定發車。原定把列車開到蘇州附近的崑山站停下，使鬧事者遠離上海市區。但是列車啟動後，上海鐵路局考慮到停在上海遠郊嘉定縣境內的安亭車站更合適些，於是，那列裝滿「工總司」造反隊員的列車便駛入安亭附近的岔道，停在那裡。
「這是陰謀！這是上海市委的陰謀！」王洪文豈肯善罷甘休？「司令」存心擴大事態，在11月10日中午攔住了上海開往北京的十四次特別快車。那一段鐵道是單軌，十四次列車停在那裡，滬寧線便阻塞了！
震驚全國的「安亭事件」爆發了。在此之前，「文革」之亂還只是亂在貼大字報、揪斗「走資派」，從「安亭事件」開始，「文革」之亂造成工交生產癱瘓，使大動亂升級了。
告急電話打到李富春那裡。李富春是中共中央政治局常委、國務院副總理，當時主管工交。倘若發生在安亭的交通中斷事故僅僅因為自然原因，如脫軌、相撞、地震、水災等等，李富春親自處理也是可以的。可是，這一回卻是因為「徹底批判資產階級反動路線」引起的，李富春不能不急告「中央文革」組長陳伯達。
陳伯達與李富春商量，馬上派人前往安亭，勸阻工人不要攔斷交通。派誰去呢？陳伯達提出派張春橋，因為張春橋既是「中央文革」成員，又是中共上海市委書記處書記。李富春同意了。據陳伯達回憶，當時並未意識到「安亭事件」的嚴重性，派張春橋去是他匆匆決定的，沒有請示過毛澤東，不是張春橋後來所吹噓的那樣是「偉大領袖毛主席派我去安亭」。
事情緊急，張春橋必須坐飛機趕往上海。據王力回憶，是陳伯達要他掛電話給空軍司令吳法憲，調來一架軍用專機。王力送張春橋到機場。張春橋上了專機，於11月11日晚8時離開北京，飛往上海。在上海機場接張春橋的，是韓哲一。
在張春橋出發前，陳伯達給安亭發去一份急電。他的電報的調子，跟寫給在國防部鬧事的學生的信差不多。
王洪文畢竟不像那些衝擊國防部的學生好對付。當張春橋在安亭宣讀了陳伯達的電報之後，，以王洪文為首的「工總司」刷出大標語，說陳伯達的電報是大毒草。消息飛快地傳進了林彪的耳朵。據陳伯達對筆者說，林彪尖銳地批評了他：「大道理管小道理，這是毛主席說的，當然是對的。可是，你把生產當成了大道理，這完全錯了。大道理是什麼？大道理是革命！革命才是第一位的。革命管一切！」
面對林彪的批評，陳伯達趕緊承認自己的電報寫錯了。陳伯達馬上轉為支持王洪文，支持張春橋在上海跟王洪文談定的五項協議。
張春橋在1966年11月16日的談話中，也講到這一過程：
我把五條協議以及對這個問題的認識報告給他（引者註：指陳伯達）。這樣中央文革小組就討論我在文化廣場所講的五條。到了晚上，文革小組給我打電話來，我在文化廣場對這個問題的判斷，認為對這個問題的處理，是完全正確的，是應該這樣做的。
王洪文造反之初，正是得到了陳伯達、江青、張春橋的支持，得到「中央文革」的支持，這才逐漸成為上海一霸，以致後來成為「四人幫」中的一個。陳伯達從發出那個「大毒草」電報，到迅速「急轉彎」，到支持王洪文，不過兩三天工夫，又一次顯示了他的政治投機的看家本領。
這時，中共上海市委由第一書記陳丕顯出面，給陳伯達打電話。陳丕顯在電話中質問陳伯達：「你們的一個文革小組副組長，究竟有沒有權力背著華東局和上海市委與群眾組織簽訂反對華東局和上海市委的決定？你們還要不要國家的法律？」
陳伯達慢條斯理地回答：「不要那麼發脾氣，冷靜一點嘛！字已經簽了，中央在研究。」
陳丕顯又給陶鑄打電話，陶鑄明確表示不同意張春橋的做法。
陳伯達得知陳丕顯給陶鑄打電話，擔心陶鑄會去找毛澤東。陳伯達馬上帶著王力去見江青，江青說：「要搶在陶鑄前面見主席！」他們深知，如果毛澤東支持陶鑄的話，那他們就會陷入被動。
11月16日下午3時，毛澤東在北京釣魚台十二樓召開中共中央政治局常委擴大會（但常委劉少奇、鄧小平、朱德、陳雲沒有參加），「中央文革」小組江青和王力參加了會議。
毛澤東拿出了《中華人民共和國憲法》，念了其中的「結社自由」一段，說上海的「工總司」符合憲法規定的「結社自由」。毛澤東又談到了張春橋在上海跟「工總司」簽訂的五項協議，他說：「可以先斬後奏，總是先有事實，後有概念。」毛澤東是當時中國的最高權威。他的話，一錘定音。