雖然事情已過，但若重新定性，也能起到「亡羊補牢」的作用，在安撫人心方面，朝廷也會收到奇效。
於是，曹操便將他對當年陳蕃、竇武一事的看法和意見，以及當今應採取的補救措施，等等，寫成有理有據的一篇意見書，上呈朝廷。其最終便是一句話：為所謂的陳蕃、竇武「叛亂事件」平反。
曹議郎的意見書在朝廷引起極大反響，因為此時朝廷仍完全在宦官的控制中，關於「第二次黨錮之禍」的事，誰敢提起?這是一個很忌諱的事情，極容易引起宦官集團的懷疑和惱怒。而曹操，居然公開提出為「第二次黨錮之禍」的首要人物陳蕃和竇武平反，這無異于晴空里響起一聲炸雷，令滿朝文武和宦官一片震驚。
朝中官員都認為曹操太冒失了，剛剛復職，又去刺老虎屁股，這一次定會使宦官更加惱怒。而曹操何嘗沒有想到這一點?但他這樣做，一是他的氣度和責任感使然，二是他想到，既是出於無可奈何要他復職，也會出於無可奈何把他繼續留下，何況他是向朝廷合法上疏，採納不採納全在於朝廷，上疏本身是沒有過錯的。
曹操估計對了，宦官集團雖然對曹操大為惱怒，但又不好把他怎麼樣，只得遊說皇帝，不要理睬曹操。因此，曹操的意見和提議便石沉大海了。
曹操上疏之後，久等朝廷迴音，但一天天過去了，依然沒有任何反應。他完全能夠直覺到其中的原因，便只有仰天長嘆而已。他不能不又陷入一種心灰意冷之中，自言自語道：「這朝廷如此下去，是再也無望了……」
早在漢和帝永元十七年，即公元一○五年，司隸地區就發生大饑荒，朝廷居然無力賑濟，導致饑民相食，並涉及涼州地區，更發生了饑民以牙互咬的暴亂事件。
桓帝建和元年，即公元一四七年，荊州及揚州地區發生大饑荒，餓死者滿山遍野。
建和三年，即公元一四九年，京師地區大水，加上地震，饑民屍體大街小巷到處可見，朝廷居然束手無策。
桓帝永壽元年，即公元一五五年，荊州饑荒，到處發生食人事件。桓帝延熹九年，豫州發生饑荒，死者居半數以上，情況非常嚴重。次年，桓帝去世。
靈帝繼位之後，情況更為惡劣，飢餓的農民忍無可忍，終於爆發了全面反抗，其中規模最大的便是由張角領導的黃巾起義。
張角乃河北省鉅鹿縣人，他們弟兄三個，大哥張角，二哥張寶，三弟張梁。兄弟三人給人治病，用「太平道」的宗教形式，聯絡群眾。大約十年光景，太平道傳遍了青州、徐州、幽州、冀州、荊州、揚州、兗州，豫州等八個州，教徒多達幾十萬。
張角弟兄三人在全國範圍內設置了三十六方，大方一萬多人，小方六七千人，各立首領。他們還傳著四句話，作為內部的暗號。四句話是：「蒼天已死，黃天當立；歲在甲子，天下大吉。」「蒼天」是指漢朝，「黃天」是指太平道。意思是約定天下三十六方在甲子年，即公元一八四年，漢靈帝中和元年，一同舉行起義，那樣就「天下大吉」了。
張角要他的弟子秘密地用白土在各地寫上「甲子」兩個字。字有大有小。大街小巷，店鋪住家的門口有「甲子」兩個字，不必說了，就連州郡官府的大門，甚至京師各城門都寫著「甲子」兩個字。
大方的首領馬元義首先召集了荊州和揚州的教徒幾萬人，準備跟張角商議決定哪一天起義。他親自帶著大量金銀財寶到了京師，把禮物送給中常侍封諝和徐奉，約他們作為內應。他們約定甲子年三月初五日全國同時起義，內外夾攻，來推翻東漢腐朽的皇朝。馬元義聯絡了封諝和徐奉，立即把日期通知張角，自己留在洛陽，暗地裡把同黨的人布置一下。
可是，在這個緊急關頭，張角的弟子，馬元義的助手唐周叛變，上書告了密。馬元義即遭逮捕。馬元義堅決拒絕了拜官封侯的「賞賜」，忍受了各種慘無人道的刑罰，終於慷慨就義。朝廷得不到馬元義的任何口供，可是從唐周嘴裡問出了一些線索。很快捉拿了與張角有關的人，光京師一地就被屠殺一千多人。
漢靈帝下詔書，囑冀州刺史捉拿張角弟兄。張角只好臨時改變計畫，火速派人分頭通知三十六方提前半個月，全國同時起義。所有起義者頭上都裹黃巾以為標記，稱「黃巾軍」。
不幾天功夫，三十六方黃巾軍一齊攻打郡縣，火燒官府，打開監獄，釋放囚犯，沒收官家的財物，開放糧倉，懲辦贓官、土豪。不到十天功夫，天下響應。青、徐、幽、冀、荊、揚、兗、豫八個州的郡守、刺史紛紛向京師告急，漢靈帝如熱鍋上的螞蟻。
漢靈帝拜國舅何進為大將軍，首先保衛京師，在臨近京師的八個緊要關口設置都尉，加緊防禦，再發朝廷掌握的精兵，分兩路去鎮壓起義農民。一路由尚書盧植帶領，向黃河以北進軍；一路由北地太守皇甫嵩和諫議大夫朱俊帶領，去攻打潁川一帶的黃巾軍。
為配合對黃巾軍的討伐，曹操被拜為騎都尉，率五千騎兵趕赴潁川助戰。
曹操第一次發揮了他的軍事指揮才能，在「長社之役」中，率騎兵隊全力猛衝，使張角軍團大亂，成功地配合了皇甫嵩的行動，很快將黃巾軍團擊潰。曹操在率騎兵猛衝時，身先士卒，以他精湛的騎術，高超的劍法，所向披靡。皇甫嵩正是趁這個機會，向黃巾軍發起全線攻擊的。